Выделение, генотипирование и анализ полной нуклеотидной последовательности сибирского изолята вируса паротита

18.10.2007
Штамм NP P 1 V М F SH HN L все белки
(549) (391) (171*) (224) (375) (538) (57) (582) (226) (5148)
кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен % кол-во замен %
HUSXX881 4 0,73 5 1,28 4 2,34 4 1,79 2 0,53 1 0,19 2 3,51 10 1,72 5 0,22 37 0,72
GUk96Glo 3 0,55 15 3,84 9 5,26 9 4,02 2 0,53 16 2,97 6 10,5 20 3,44 13 0,57 93 1,81
XRu62L31 4 0,73 15 3,84 10 5,85 12 5,36 5 1,33 13 2,42 6 10,5 17 2,92 15 0,66 97 1,88
BJP68Miy 6 1,09 13 3,32 9 5,26 9 4,02 3 0,8 14 2,6 11 19,3 20 3,44 14 0,62 99 1,92
BJP67Ur1 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 13 0,57 102 1,98
BJP67Ura 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 13 0,57 102 1,98
BXXXX871p 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 20 3,44 14 0,62 103 2
CRU94Dra 8 1,46 13 3,32 10 5,85 10 4,46 4 1,07 14 2,6 10 17,5 22 3,78 13 0,57 104 2,02
XXXXXSip 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 21 3,61 14 0,62 104 2,02
BJP67Ur2 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 22 3,78 14 0,62 105 2,04
BJP67Ur3 11 2 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 10 17,5 22 3,78 14 0,62 106 2,06
BXXXX875p 10 1,82 13 3,32 8 4,68 9 4,02 4 1,07 15 2,79 11 19,3 21 3,61 15 0,66 106 2,06
XKo98Dg1 4 0,73 17 4,35 10 5,85 10 4,46 3 0,8 19 3,53 8 14 16 2,75 40 1,77 127 2,25
AUS64JI2 12 2,19 26 6,65 17 9,94 17 7,59 4 1,07 18 3,35 13 22,8 32 5,5 28 1,24 167 3,24
AUS64JI1 12 2,19 26 6,65 16 9,36 16 7,14 3 0,8 24 4,46 11 19,3 37 6,36 25 1,11 170 3,3
AUS64JI3 12 2,19 26 6,65 16 9,36 16 7,14 3 0,8 24 4,46 11 19,3 37 6,36 25 1,11 170 3,3

Таблица 3. Анализ вариабельности белков штаммов вируса паротита с расшифрованными последовательностями полного генома

Филогенетический анализ, отдельно для каждого гена, показал, что нет явных различий между дикими и вакцинными штаммами. С незначительными перестановками внутри подгрупп деревья для всех генов схожи. Только филогенетическое дерево отдельно для М-гена отличается от деревьев для всех других генов. А описываемый авторами ранее штамм «Драгун» по М-гену наиболее близок к штамму AUS64JI2.

При анализе вариабельности различных штаммов вируса паротита было показано, что наиболее редкими для штамма «ПетроНов» являются мутации G на C и С на G (менее 1% от общего количества замен). В наибольшем количестве представлены замены T на С, С на Т (19 - 25%) и А на G, G на А (16 - 19%). Следует отметить факт, что штамм «Драгун» находится на втором месте по общему числу нуклеотидных замен относительно штамма Jeryl Lynn (AUS64JI1), уступая лишь штамму HRU03Pet. Анализ аминокислотных замен показан в таблице 3.

Наиболее близким к штамму «ПетроНов» является штамм HUSXX881 (генотип Н), наибольшие же различия у штамма «ПетроНов» со штаммами AUS64JI1, AUS64JI3, AUS64JI2 и XKo98Dg1. При сравнении всех штаммов, для которых известна полная нуклеотидная последовательность, больше всего аминокислотных замен наблюдается в структурных белках SH, P и HN (в относительных величинах) и в белке HN (в абсолютных величинах). Найдены уникальные для штамма «ПетроНов» замены: во всех исследованных штаммах в поз. 407 (в том числе и в штамме HUSXX881 -генотип Н) находится аминокислота А, а в штамме «ПетроНов» - Т; во всех исследованных штаммах в поз. 443 (в том числе и в штамме HUSXX881) находится аминокислота G, а в штамме «ПетроНов» - D.