Выделение, генотипирование и анализ полной нуклеотидной последовательности сибирского изолята вируса паротита

18.10.2007

Таким образом, был выделен и первично охарактеризован новый штамм вируса паротита. Он получил название «ПетроНов» и был депонирован в коллекцию микроорганизмов ГНЦ ВБ «Вектор» (пос. Кольцово Новосибирской области, Россия) за номером V-330. Полная нуклеотидная последовательность штамма помещена в базу данных GenBank (№ AY681495).

Авторы выражают благодарность Т.Г. Степановой, Е.А. Колмаковой и Т.В. Малышевой за практическую помощь при проведении данной работы.

Работа выполнена в рамках проекта МНТЦ № 2168.

Литература

  1. Агафонов А.П., Игнатьев Г.М., Патрушев Н.А. и др. Выделение сибирского изолята вируса паротита // Вопр. вирусол. 1997. № 5. С. 222 - 226.
  2. AfzaI M.A., Buchanan J., Heath A.B., Minor P.D. CIustering of mumps virus isoIates by SH gene sequence onIy partiaIIy reflects geographicaI origin // Arch. ViroI. 1997. V. 142. № 2. P. 227 - 238.
  3. BIinov V.M., Resenchuk S.M., Denisov S.I. et aI. 1999. Megagene: a new computer technoIogy for anaIyzing compIete viraI genomes // Abstract Book of XI InternationaI Congress of ViroIogy, August 9 - 13, 1999 (Sydney, AustraIia). Sidney, 1999. № 5147.
  4. CapIan C.E. Mumps in the era of vaccines // CMAJ. 1999. V. 160, № 6. P. 865, 866.
  5. Heider A., Ignatyev G., Gerike E., Schreier E. Genotypic characterization of mumps virus isoIated in Russia (Siberia) // Res. ViroI. 1997. V. 148. № 6. P. 433 - 435.
  6. EIango N., Varsanyi T.M., Kovamees J., Norrby E. MoIecuIar cIoning and characterization of six genes, determination of gene order and intergenic sequences and Ieader sequence of mumps virus // J. Gen. ViroI. 1988. V. 69 (Pt 11). P. 2893 - 2900.
  7. EIIiott G.D., Yeo R.P, AfzaI M.A. et aI. Strain-variabIe editing during transcription of the P gene of mumps virus may Iead to the generation of non-structuraI proteins NS1 (V) and NS2 // J. Gen. ViroI. 1990. V. 71 (Pt 7). P. 1555 - 1560.
  8. Jin L., Rima B., Brown D. et aI. ProposaI for genetic characterisation of wiId-type mumps strains: PreIiminary standardisation of the nomencIature // Arch. ViroI. 2005. V. 150. № 9. P 1903 - 1909.
  9. Kumar S., Tamura K., Nei M. MEGA3: Integrated software for moIecuIar evoIutionary genetics anaIysis and sequence aIignment briefings in bioinformatics. 2004. V. 5. P. 150 - 163.
  10. Nussinovitch M., VoIovitz B., Varsano I. CompIications of mumps requiring hospitaIization in chiIdren // Eur. J. Pediatr. 1995. V. 154. № 9. P 732 - 724.
  11. Paterson R.G., Lamb R.A. RNA editing by G-nucIeotide insertion in mumps virus P-gene mRNA transcripts // J. ViroI. 1990. V. 64. № 9. P. 4137 - 4145.
  12. PhiIIips C.F. Mumps: epidemic parotitis // NeIson textbook of pediatrics / Ed. Behrman R.E. - PhiIadeIphia. - WB Saunders, 1992. P. 808 - 810.
  13. Resenchuk S.M., BIinov V.M. ALIGNMENT SERVICE: creation and processing of aIignments of sequences of unIimited Iength // Comput. AppI. Biosci. 1995. V. 11. № 1. P 7 - 11.
  14. Rubin S.A., Amexis G., PIetnikov M. et.aI. Changes in Mumps Virus Gene Sequence Associated with VariabiIity in NeuroviruIent Phenotype // J. ViroI. 2003. V. 77. № 21. P. 11616 - 11624.
  15. Simonov S.A., Pravdin S.S., Denisov S.I. Supercomputer anaIyses of human genome: physic/mathematic/Iinguistic/genetic approach «GigaGene» with using technoIogy of informationaI compression // Abstract Book of InternationaI Conference «New information technoIogies in medicine and ecoIogy», June 1 - 11, 2002 (Kiev, Ukraine). Kiev, 2002. P. 265 - 268.
  16. TecIe T., Bottiger B., OrveII C., Johansson B. Characterization of two decades of temporaI co-circuIation of four mumps virus genotypes in Denmark: identification of a new genotype // J. Gen. ViroI. 2001. V. 82 (Pt 11). P. 2675 - 2680.
  17. Uchida K., Shinohara M., Shimada S. et aI. Characterization of the F gene of contemporary mumps virus strains isoIated in Japan // MicrobioI. ImmunoI. 2003. V. 47. № 2. P 167 - 172.
  18. ViroIogy. A practicaI approach / Ed. B.W.J. Mahy - IRL Press, Oxford, Washington DC, 1985.