Молекулярно-эпидемиологические аспекты циркуляции хантавирусов на территории Липецкой области

14.04.2008

В результате секвенирования 59 проб была установлена их таксономическая принадлежность: 47 изолятов - к вирусу Добрава (34 пробы изолированы от полевых мышей, 12 - от лесных мышей и 1 - от обыкновенной полевки). Кроме того, 10 изолятов от рыжей полевки и 1 - от лесной мыши идентифицированы как варианты вируса

Пуумала; 1 изолят от обыкновенной полевки определен как вирус Тула.

При исследовании клинического материала в 29 пробах (из 33) выявлена РНК хантавирусов. В результате секвенирования 10 проб определена таксономическая принадлежность РНК-изолятов к виду Добрава.

При сравнении нуклеотидных сиквенсов новых изолятов Добрава с известными штаммами этого вируса (East Slovakia, Saaremaa, Ano-Poroia Greece и др.), зарегистрированными в базе данных GenBank, были установлены различия в пределах

13 - 22%. Липецкие изоляты оказались наиболее близки к геновариантам Добрава, обнаруженным нами в грызунах Курской, Астраханской и Омской областей, с которыми средний уровень различий составил 10 - 11% (рис. 1).

С использованием технологии генотипирова-ния была выявлена генетическая неоднородность популяций вируса Добрава, циркулирующих на территории Липецкой области. Определено, что гено-варианты из Добринского и Усманского районов формируют две хорошо выделенные линии (на филогенетическом дереве) и различаются между собой в среднем на 9,5%. Изоляты, выявленные от грызунов и людей в пределах одного района, не разтличались между собой более чем на 1 - 2%. Установлено, что усманские РНК-изоляты кластеризуются вместе с геновариантами, изолированными от больных людей из Верхнехавского района Воронежской области, при этом уровень их гомологии соответствовал 98 - 100% (см. рис. 1).

Сравнительная дендрограмма геновариантов вирусов Добрава, обнаруженных на территории Липецкой, Курской, Омской, Астраханской областей и находящихся в базе данных GenBank

Рисунок 1. Сравнительная дендрограмма геновариантов вирусов Добрава, обнаруженных на территории Липецкой, Курской, Омской, Астраханской областей и находящихся в базе данных GenBank

Анализ десяти новых изолятов вируса Пуума-ла показал высокую гомогенность популяции, при этом различия нуклеотидного состава анализируемых фрагментов их генома не превышали 0,6%. Генетически они наиболее близки к штаммам Пуумала, изолированным в Самарской области (уровень различий - не более 5%).

Использование молекулярно-генетических подходов при расследовании вспышки ГЛПС позволило решить проблемы, связанные с этиологической расшифровкой, быстрой идентификацией возбудителя, а также с определением идентичности изоля-тов, выявленных от больных людей, и источников инфекции.

Очевидно, что для оптимизации эпизоотоло-гических исследований природных очагов ханта-вирусов необходимо более широко использовать молекулярно-генетические методы. Полученная с их помощью информация может служить научно-методической основой для разработки дополнительных критериев оценки эпидемического потенциала и эпизоотической активности природных очагов ГЛПС.