Генетическое разнообразие вируса гепатита В на территории Республики Саха (Якутия)

20.10.2008
№ изолятов Замены в 5'-конце преS1 Замены
в сайте, кодирующем вход вируса в клетку в преS2/ S-гена промоторе в 5'-конце преS2-гена в 5'-конце S-гена в MHR* S-гена в З'-конце S-гена
Субгенотип D2
4   T3102C
C3111T
  C289Т
C357T
T472C
Т507С
 
Субгенотип D3
11 C2928T
T2934C
C3067A
A3151C
C16T
C111A
T150G
C373T T592C  
12 T2934C
A2965T
T3037C
T3129G
A3151C
G3168A
T1C
C4A
C16T
A43G
C111A
T176C
G241A
C373T
T393C
  C732T
C767A
T770C
A771T
T814A
61п T2934C
C2967T
G3024A
C3067A
G3123A
A3151C
A3154G
T1C
C14A
C16T
C111A
C373T
C400A
  A773C
T780C
81 T2934C G3010A
T3013C
C3067A
T3115A
A3151C
A3154G
T1C
C16T
Т52С
делеция
53-55
C111A
G148A
T176C
C373T
  C732T
C762G
T791A
362 T2934C A3072C
T3076G
A3151C
T1C
C16T
C111A
C373T    
Y1 T2934C C3018T
C3067A
T3076C
A3120G
C3132A
A3144T
A3151C
A3154G
T1C
C16T
A43G
T52C
C55T
C111A
T113A
G148T
C154T
T195C
T198C
A201T
T213C
C373T
A456G
A482C
C732T
G748A
G750T
G765A
A771G
G774A
C786T
C795A
T825C
A828C

Таблица 1. Нуклеотидные замены в участках преВ1/преЭ2/В-генов ВГВ у изолятов, принадлежащих к генотипу D, выделенных в Республике Саха (Якутия)

* MHR - главный гидрофильный регион

Следует отметить, что изолят 4 ассоциируется с субгенотипом D2 и серотипом ayw3, тогда как остальные изоляты этой группы принадлежат к субгенотипу D3 и серотипу ayw2. Изолят 4, относящийся к субгенотипу D2, в сравнении с изоля-тами данного субгенотипа (АВ090269; АВ090270; АВ078032; АВ078033; АВ090268; Х72702; Х80925) имел шесть нуклеотидных замен. Нуклео-тидные последовательности изолятов субгенотипа D3 сравнивались с одиннадцатью изолятами данного субгенотипа, взятыми из GenBank (AB188245; AY373430; DQ315777; AY233296; AY902776; DQ315776; X85254; AY902777; AY233295; AY233291; AJ344117), в результате констатировано, что эти изоляты имели от восьми (изолят 362) до 35-ти (изолят Y1) замен. Из приведенных данных видно, что среди изолятов генотипа D большинство замен группируется в промоторной области преS2/S, 5'-конце преS2 и в 3'-конце S-гена.

В таблице 2 приведены замены, обнаруженные в изолятах, принадлежащих к генотипам А и С. Нуклеотидные последовательности штаммов генотипа А (субгенотип А2) были сравнены с десятью изолятами данного субгенотипа, взятыми из GenBank (AJ309371; AJ344115; AY152726;