Генетическое разнообразие вируса гепатита В на территории Республики Саха (Якутия)

20.10.2008

M54923; X02763; X70185; Z35717; Z72478; S50225; X51970). В результате констатировано отсутствие замен у изолята № 2. В изоляте № 39 выявлены восемь замен, № 42 - две замены, № 176 - семь замен и одна трехнуклеотидная делеция, № Y2 - девять замен, № 260 - шесть замен и № Ya1 - три замены. Обращает на себя внимание тот факт, что у изолятов генотипа А, по сравнению с генотипом D, замен выявлено существенно меньше и их большая часть сосредоточена в 5'-конце S-гена и участке, соответствующем главному гидрофильному региону (MHR).

Нуклеотидные последовательности изолятов субгенотипа С2 (55 и 162) оказались идентичными. Их сравнение проводили с пятнадцатью изолятами субгенотипа С2, взятыми из GenBank (AB074755;

AB205123; AB205124; AF068756; AF223960; AF330110; AF473543; AY217376; AF223955; AB074756; AB014360; AB042282; AY641558; D50520; X75665). Оба изолята (55 и 162) имели по одиннадцать нуклеотидных замен относительно референтных изолятов. У изолятов генотипа С замены были локализованы преимущественно в 5'-конце преS2 и в 3'-конце S-гена. Обращает на себя внимание отсутствие замен в главном гидрофильном регионе S-гена.

Идентичность изолятов на изученном участке генома ВГВ, вероятно, связана с тем, что они были выделены у инфицированных лиц, проживающих в одном и том же селе Усть-Алданского района Якутии. Представляется возможным наличие общего источника инфекции у этих лиц. Такой подход, по нашему мнению, может быть использован как элемент эпидемиологического анализа при установлении источника инфекции.

Анализ нуклеотидных замен позволил констатировать, что наибольший удельный вес замен наблюдался у штаммов ВГВ генотипа D - 111 замен на семь образцов (в среднем 15,86 замены на один образец). У штаммов, принадлежащих к генотипу А, выявлено значительно меньше замен - 36 на семь образцов (в среднем 5,14 на один образец). У двух штаммов ВГВ генотипа С обнаружено по 11 одинаковых замен.

№ изолятов Замены в 5'-конце преБ1 Замены
в сайте, кодирующем вход вируса в клетку в преБ2/ S-гена промоторе в 5'-конце преS2-гена в 5'-конце S-гена в MHR S-гена в З'-конце S-гена
Генотип А, субгенотип А2
2            
39      

T195G T287G T380C

C433A

A514T

G553A

T580A

T784G
Y2 C2925T C2952T C2964T  

G3177A C17A

G20A

C354A A514T T705C
42       Т176С A514T  
176     делеция 53-55 C150A T357C G375C T505C T565C A636T T784G
260 C2874T A3066G   T177C A233G A514T T784G
Ya1 C2952T     C354A A355G    
Генотип С, субгенотип С2
55 и 162 C2871A T3162C

C23T

A85G

T109A A115C

T123C

C135T

G162A   T705C A753T

Таблица 2. Нуклеотидные замены в участках преВ1/преЭ2/В-генов ВГВ у изолятов, принадлежащих к генотипам А и С, выделенных в Республике Саха (Якутия)