Генетические и биологические свойства оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита

02.06.2012

Каждый из генотипов вируса обладает собственным ареалом, в пределах которого отмечается его абсолютное доминирование [10, 20].

При исследовании этиологической структуры КЭ в Восточной Сибири нами установлена циркуляция ВКЭ трех генотипов при общем доминировании генотипа 3. Кроме того, были обнаружены уникальные штаммы (886-84 и 178-79), обладающие генетической структурой, существенно отличающейся от трех основных генотипов ВКЭ [10].

В настоящее время с помощью метода молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот с генотип-специфическими зондами (МГНК), секвениро-вания полного генома ВКЭ и его фрагментов нами выявлена группа из 13 штаммов, гомологичных штамму 886-84, которую мы условно обозначили как «группа 886» [6]. Результаты наших исследований свидетельствуют в пользу того, что этой группе штаммов должен быть присвоен статус самостоятельного генотипа.

Оригинальная генетическая структура штаммов «группы 886» выражается в своеобразной феноти-пической характеристике, изучение которой представляет значительный научный интерес. Кроме того, учитывая уникальность генетических и антигенных свойств штаммов «группы 886», они, возможно, могут рассматриваться как кандидаты для создания универсальных, эффективных в отношении различных серотипов (генотипов) ВКЭ диагно- стикумов и вакцин, проблема получения которых до сих пор остается актуальной.

Цель исследования состояла в изучении генетических и биологических свойств штаммов ВКЭ «группы 886», циркулирующих на территории Восточной Сибири (Иркутская область. Республика Бурятия, Забайкальский край), оценке их патогенного потенциала, исследовании штаммов по комплексу критериев, учитываемых при отборе штаммов - кандидатов в диагностические и вакцинные препараты.

Материалы и методы

Вирус КЭ. В работе использовано 13 штаммов ВКЭ из коллекции Института эпидемиологии и микробиологии ФГБУ «НЦ ПЗСРЧ» СО РАМН, отнесенных по результатам генотипирования с помощью МГНК или секвенирования полного генома ВКЭ или его фрагментов к «группе 886». Сведения об этих штаммах приведены в таблице 1.

Генотипирование штаммов. Для получения генетической характеристики штаммов использовали метод молекулярной гибридизации нуклеиновых кислот (МГНК) с тремя панелями в составе 40 де-зоксиолигонуклеотидных зондов, комплементарных участкам 10 генов различных генотипов ВКЭ. Описание зондов и их локализация на геноме приведены в работе ТВ. Деминой и соавт [6].

Выделение суммарной РНК из мозга инфицированных мышей или из культур клеток почки эмбриона свиньи (СПЭВ), нанесение ее на нитроцеллю-лозные или капроновые фильтры, гибридизацию с дезоксиолигонуклеотидными зондами проводили по общепринятой методике [16].

Амплификацию осуществляли с праймерами, соответствующими фрагментам 5'-некодирующей области и генам C-prM-E-NSl, либо фрагменту гена Е, либо фрагментам генов Е и NS1, синтезированными в Институте ХБиФМ СО РАН (Новосибирск). Одно- и двухраундовую ПЦР проводили с использованием данных олигонуклеотидов в качестве праймеров в соответствии с рекомендациями производителя («Биосан», г. Новосибирск).