Генетические и биологические свойства оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита

02.06.2012
№ штамма Год изоляции Источник изоляции Место сбора материала
886-84 1984 Myodes (Clethrionomys) rutilus Иркутская область, Эхирит-Булагатский район
711-84 1984 Myodes rufocanus Республика Бурятия, Баргузинский район
740-84 1984 Myodes rufocanus Республика Бурятия, Бичурский район
712-89 1989 l. persulcatus Забайкальский край, Красночикойский район
780-89 1989 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
617-90 1990 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
636-90 1990 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
608-90 1990 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
606-90 1990 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
691-90 1990 l. persulcatus Республика Бурятия, Бичурский район
418-90 1990 l. persulcatus Забайкальский край, Красночикойский район
733-90 1990 l. persulcatus Забайкальский край, Красночикойский район
742-90 1990 l. persulcatus Забайкальский край, Красночикойский район

Таблица 1. Сведения о штаммах «группы 886» ВКЭ, изолированных на территории Восточной Сибири

Определение нуклеотидных последовательностей продуктов ПЦР выполнялось с помощью наборов BigDye Terminators Cycle Sequencing Kit v.3.1 (Applied Blosystems, США) с применением автоматического анализатора ДНК модели ABI 310 (Applied Biosystems, США) в Центре секвенирования ДНК СО РАН, г. Новосибирск. Анализ полученных последовательностей осуществляли с помощью программы MEGA 5.0 [28]. Для сравнения использовали последовательности фрагментов генома штаммов ВКЭ, относящихся к различным генетическим типам, из базы данных GenBank. Поиск гомологии полученных нуклеотидных последовательностей с уже известными последовательностями фрагментов геномов ВКЭ проводили с помощью программы BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi).

Нуклеотидные последовательности штаммов «группы 886», полученные в ходе исследования, депонированы в международную электронную базу данных GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank), номера доступа: EF469662, EU878281-EU878283, JN936341, JN936347, JN936349, JN936350, JN936353 - JN936355.

Определение нуклеотидных последовательностей генома штамма 886-84 и фрагментов генома штаммов 606-90 и 608-90 проведено Л.С. Карань и соавт. на базе ЦНИИ эпидемиологии Роспотребнадзора.

Иммунотипирование штаммов. Реакцию диффузной преципитации в агаре (РДПА) ставили по методу Д. Кларка [12] с модификациями С.Г. Рубина [27] и Н.Г. Бочковой [2]. Использовали иммунные сыворотки к прототипным штаммам трех серотипов ВКЭ («Софьин» - дальневосточный се-ротип, 256 - западный серотип, «Лесопарк-11» и «Айна/1448» - восточно-сибирские серотипы), подвергнутые дозированной адсорбции концентрированными культуральными антигенами, и перекрестно адсорбированные сыворотки к исследуемым штаммам [4].

Изучение цитопатической активности проводили по общепринятым методикам. Титры вируса в опытах титрования на культуре клеток СПЭВ определяли по цитопатическому действию (ЦПД) методом полных кумулятивов Рида и Менча и выражали в lg TЦД50/мл [26].

Нейроинвазивность. Для оценки нейро-инвазивности определяли индекс инвазивно-сти (II) - разницу титров вируса при интрацере-бральном (mNic) и подкожном (mNsc) заражении мышей, выраженную в Ig LD50/мл [18]. Заражали беспородных белых мышей массой 6 - 8 г, вводя в мозг по 0,03 мл и под кожу по 0,25 мл иноку-лята. Животных, зараженных интрацеребрально, наблюдали в течение 14 дней, зараженных экс-траневрально - 21 день. Титры вируса определяли по методу Рида и Менча. Значение II в пределах 1 - 2,5 свидетельствовало о высоких инвазивных свойствах штамма, способности преодолевать ге-матоэнцефалический барьер, достигать ЦНС и размножаться в ней. Значение II ≥ 3 указывало на сниженную инвазивную активность штамма.