Генетические и биологические свойства оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита

02.06.2012
Филогенетическое древо, демонстрирующее уровень генетического родства 54 штаммов ВКЭ, полученное на основании расшифровки кодирующей области полипротеина (10 242 н.п.).

Рисунок 1. Филогенетическое древо, демонстрирующее уровень генетического родства 54 штаммов ВКЭ, полученное на основании расшифровки кодирующей области полипротеина (10 242 н.п.).

Состав кластеров: генотип 1 - Sofjin [25JX07755, АВ022703, АВ001026, DQ989336, AY182009, AY217093, JF316707, JF316708, FJ997899, EU816450 - EU816455, AY169390, FJ906622, GQ228395, FJ402885, FJ402886, DQ862460, GU121642, HQ201303, HQ901367, HQ901366, НМ859894, НМ859895, JN003205; генотип 2 - TEU27495, TEU27491, TEU39292, AF091010, EU106868, DQ401140, GV266392, НМ535610, НМ535611, НМ120875, GU183379 - GU183381, GU183383; генотип 3 - L40361, AF527415, DQ486861, FJ968751, JN003206-JN003209, GU183382, GU183384

Уровень нуклеотидных замен (%) (кодирующая область полипротеина, длина - 10 242 и.о.)
генотип 1 генотип 2 генотип 3
Генотип 1 4,3
Генотип 2 16,4 2,3
Генотип 3 14,4 15,2 5,4
178-79 11,0 16,0 14,1
886-84 12,5 15,6 13,7
Уровень аминокислотных замен (%) (полная аминокислотная последовательность полипротеина, длина - 3414 а.о.)
Генотип 1 1,3
Генотип 2 6,9 0,9
Генотип + 5,3 6,2 1,9
178-79 3,1 6,1 5,2
886-84 3,9 6,0 4,2

Примечание: Серым цветом выделен уровень нуклеотидных и аминокислотных замен внутри генотипа.

Таблица 2. Уровень нуклеотидных и аминокислотных замен между генотипами ВКЭ и штаммом 886-84 (%)

В полипротеине штамма 886-84 выявлено 30 уникальных замен, которые, возможно, являются генотип-специфическими для «группы 886». В связи с тем что исследованный нами фрагмент генома у штаммов 617-90, 711-84 и 740-84 соответствует первым 1066 а.о. в составе полипротеина (не депонировано), генотип-специфическую принадлежность (уникальность) удалось подтвердить пока только для 6 замен из 30 (табл. 4).