Генетические и биологические свойства оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита

02.06.2012

На настоящий момент с помощью МГНК и сек-венирования нами выявлена группа из 13 изо-лятов, имеющих генетическую структуру, аналогичную штамму 886-84. Для восьми штаммов из этой группы были получены фрагменты геномов длиной 1650 н.о., кодирующие белки С, М и часть белка Е (810 н.о.) (GenBank, номера доступа: EF469662, EU878281 - EU878283, JN936341, JN936347, JN936349 - JN936350, JN936353 - JN936355) (рис. 2). Гомология со штаммом 886-84 составила 98,2 - 99,8%, а уровень различий между штаммами «группы 886» и представителями трех основных генотипов варьировал от 13,1% со штаммом «Со-фьин» до 16,6% со штаммом «Найдорф».

Проведенные нами исследования позволили установить, что ВКЭ «группы 886» имеет собственный ареал (рис. 3).

Штаммы, входящие в состав данного варианта ВКЭ, были выделены из материала, собранного на территории Республики Бурятия, Иркутской области и Забайкальского края. Об изоляции двух штаммов «группы 886» из клещей l. persulcatus (1999 г.) и одного из Myodes rutilus (2010 г.), отловленных на территории национального парка «Алханай» Дуль-дургинского района Забайкальского края, сообщали Е.И. Андаев и соавт [1]. Недавно в литературе описан случай менингоэнцефалита с летальным исходом в Булганском аймаке Монголии, который был вызван изолятом, имеющим генетическую структуру аналогичную штамму 886-84 [24].

Белок С Е NS1 NS2A NS3 NS4B NS5
№ а.о. по белку 3 108 206 317 54 141 285 100 127 174 175 225 126 258 376 21 28 96 18 297 671 832
Генотип 1 G V/L/I S I/Т Т S/G R N А M/V L I/V I V I/Т Н Е A/R G R V/G A/V/T
Генотип 2 К I V А S Q Т S D/E V С А L/I А А R/Q S Т N Е/А L М
Генотип 3 R т L Т N G К G/S G I/V I/F Т M/T M/V/A V Q G S S G/R I Т/А
178-79 R V S Т Т S к N G м L T I V V Q G А S G V А
886-84 R А L I N S к S S м L А I G V Q G А S G V А

Примечание: Каждый оттенок серого цвета в ячейке указывает на соответствие аминокислотного остатка одному из четырех генотипов ВКЭ. Зеленый цвет ячейки означает, что аминокислота характерна только для штамма 886-84.

Таблица 3. Отличия между штаммами вируса клещевого энцефалита разных генотипов в 22 позициях, выявленные путем сопоставления 54-х полипротеиновых структур