Генетические и биологические свойства оригинальной группы штаммов вируса клещевого энцефалита

02.06.2012
Белок С М Е NS1
Позиция а.о. по полипротеину 98 108 270 688 735 898
Позиция а.о. по белку 158 408 455 122
Генотип 1 А V/L/I V К L S
Генотип 2 А 1 V К L S
Генотип 3 т т V К L/M S
178-79 А V V К L S
«Группа 886» V А А R 1 А

Примечание: Генотип 1 представлен транслированными нуклеотидными последовательностями Х07755, АВ022703, АВ001026, DQ989336, AY182009, AY217093, JF316707, JF316708, FJ997899, EU816450 - EU816455, AY169390, FJ906622, GQ228395, FJ402885, FJ402886, DQ862460, GU121642, Н0201303, Н0901367, Н0901366, НМ859894, НМ859895, JN003205; генотип 2 - TEU27495, TEU27491, TEU39292, AF091010, EU106868, DQ401140, GV266392, НМ535610, НМ535611, НМ120875, GU183379 - GU183381, GU183383; генотип 3 - L40361, AF527415, DQ486861, FJ968751, JN003206 - JN003209, GU183382, GU183384. «Группа 886» представлена прототипной нуклеотидной последовательностью EF469662 (штамм 886-84), а также депонированными (EU878281 - EU878283) и не депонированными фрагментами генома штаммов 617-90, 711-84 и 740-84.

Таблица 4. Замены на участке полипротеина ВКЭ длиной 1066 а.о. (белки C, M, E и часть белка NS1), уникальные для «группы 886»

Филогенетическое древо (NJ, Kimura 2), построенное на основе анализа фрагмента генома ВКЭ, соответствующего генам С, М и части гена Е (1650 и.о.)

Рисунок 2. Филогенетическое древо (NJ, Kimura 2), построенное на основе анализа фрагмента генома ВКЭ, соответствующего генам С, М и части гена Е (1650 и.о.)