Определение генетической структуры ротавирусов группы А

02.12.2012

Г.Н. Бахтояров1 (biogn@rambler.ru), С.А. Лободанов1 (lobodanov@yahoo.com),

А.А. Марова1, Е.Р. Мескина2, В.В. Зверев1 (mech.inst@mail.ru),

Е.Б. Файзулоев1 (faizuloev@mail.ru)

1ФГБУ «НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова» РАМН, Москва (instmech@iitp.ru)

2ГБУЗ МО «МОНИКИ им. М.Ф. Владимирского», Москва

Резюме

В настоящее время ротавирусы остаются одной из основных причин тяжелых форм острых кишечных инфекций (ОКИ) у детей раннего возраста. Постоянные мониторинговые и скрининговые наблюдения за ротавирусной инфекцией важны как для планирования противоэпидемических мероприятий, так и для прогнозирования эффективности ротавирусных вакцин различного состава в отдельно взятом регионе. Цель данного исследования состояла в оценке эффективности метода мультиплексной ПЦР с детекцией в режиме реального времени (ПЦР-РВ) при определении генетической структуры ротавирусов группы А, циркулирующих в обследуемом ареале. Методом ПЦР-РВ с использованием типоспецифических праймеров и зондов собственной разработки исследовано 70 клинических образцов, содержащих ротавирусы, собранных на территории Московского региона в 2009 - 2011 годах. Варианты гена G были определены в 91,4% случаев, гена Р - в 87,1%, гена I - в 81,5% случаев. Выявлены доминирующие генотипы ротавирусов - G4 [P8], G1 [P8] и мало представленные - G3 [P8], G2 [P4] и G9 [P8]. Показанная в работе высокая эффективность ПЦР-РВ позволяет предложить этот метод в качестве альтернативы традиционно используемым подходам к генотипированию ротавирусов.

Ключевые слова: ротавирусы, генотипирование, ПЦР в реальном времени

Determination of the Genetic Structure of Group A Rotaviruses Circulating in the Moscow Region, by PCR in Real Time

G.N. Bahtoyarov1 (biogn@rambler.ru), S.A. Lobodanov1 (lobodanov@yahoo.com), А.А. Маrova1, E.R. Meskina2,

V.V. Zverev1 (mech.inst@mail.ru), E.B. Faizuloev1 (faizuloev@mail.ru)

1The Federal State Budgetary Institution «I.I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera» of Russian Academy of Medical Sciences, Moscow (instmech@iitp.ru)

2Moscow Regional Scientific Research Clinical Institute named M.F. Vladimirsky Abstract

Rotaviral infection still is one of the major causes of severe acute gastroenteritis in infants. Regular monitoring and epidemiological screening of rotaviral infection are very important both for planning sanitary and anti-epidemic actions and for prediction efficiency of immunization in local area. We estimated multiplex real-time PCR method for genotyping of human group A rotavirus circulating in geographically limited area. 70 clinical samples containing rotaviruses were collected in Moscow region during 2009 - 2011, and assessed by real-time PCR. For that purpose type-specific primers and probes were designed. Among the samples G-genotype was determined in 91.4%, P-genotype - in 87.1%, and I-genotype - in 81.5%. We revealed that G4 [P8], G1 [P8]genotypes are dominant, whereas G3 [P8], G2 [P4], G9 [P8] are poorly presented in Moscow region. High efficiency of the method allows us to propose multiplex real-time PCR for rotavirus genotyping as alternative approach to traditionally used protocols.

Key words: rotavirusеs, genotyping, real-time PCR