Определение генетической структуры ротавирусов группы А

02.12.2012

Диагностическая специфичность метода типоспецифической ПЦР-РВ оценивалась по числу отрицательных реакций (в процентах к общему количеству реакций), зарегистрированных при тестировании 20-ти фекальных образцов (от пациентов с симптомами ОКИ), негативных по РНК ротавирусов группы А.

Оценка результатов ПЦР-РВ осуществлялась с помощью программного обеспечения, прилагаемого к прибору ДТ-96, по росту кривой интенсивности флуоресценции ДНК-зонда с определением значений пороговых циклов. Выборочный контроль продуктов амплификации на соответствие их размеров расчетным значениям выполнен электрофоретическим разделением ампликонов в 2%-ном агарозном геле. Дополнительные единичные контрольные измерения выполнены секвени-рованием ампликонов на автоматическом капиллярном секвенаторе (Applied Biosystems, США) с последующим филогенетическим анализом в программах Vector NTI Advance, DNAStar и с помощью интернет-программы NCBI Nucleotide BLAST.

Результаты и обсуждение

В ходе проведенного исследования ротавирусы с вариантом гена G1 выявлены в 20,0% случаев, G2 - в 1,43%, G3 - в 14,3%, G4 - в 61,5%, G9 - в 1,43%. В целом с учетом шести случаев смешанной инфекции (с двумя разными вариантами гена G) варианты по критерию G выявлены в 91,4% проб. По критерию Р варианты гена [P4] выявлены в 1,4%, [P8] - в 87,1% случаев. В целом с учетом одного случая смешанной инфекции ([P8] + [P4]) - в 87,1% проб. По критерию I1 выявлено 81,5% положительных проб. Вариантов генов [P6] и I2 выявлено не было. Доля проб c неопределенным генотипом составила для генотипов по G - 8,6%, P - 12,9%, I - 18,5%. В шести биопробах были выявлены одновременно два или три варианта одного и того же гена ротавирусов (четыре образца - G1 + G4 + [P8], один образец - G2 + G4 + [P8] + [P4] и один образец - G1 + G3 + G4 + [P8]).

Реакционные смеси для дифференциального выявления 10 вариантов генов ротавирусов методом мультиплексной ПЦР-РВ

Таблица 1. Реакционные смеси для дифференциального выявления 10 вариантов генов ротавирусов методом мультиплексной ПЦР-РВ

Полученные данные позволили также установить, что на обследованной территории в рассматриваемый период циркулировали штаммы следующих генотипов ротавирусов группы А: G4 [P8] - 63%, G1 [P8] - 20%, G3 [P8] - 14%, G2 [P4] - 1,5%, G9 [P8] - 1,5% (от числа проб с определяемым генотипом).

По данным, полученным за последние пять лет на территории России и Украины, генотипы G4 [P8], G1 [P8], G3 [P8], G2 [P4], G9 [P8] действительно являются характерными для европейской и сибирской части бывшего СССР [1, 2, 5].