Определение генетической структуры ротавирусов группы А

02.12.2012

Подобное распределение генотипов является характерным и для стран объединенной Европы [12]. Вместе с тем, по данным Е.В. Жираковской с соавт., проводивших генетический мониторинг ротавирусов группы А в Новосибирске с 2003 по 2010 год, спектр и соотношение генотипов ротавирусов меняются каждый год. При этом в 2009 - 2010 годах на территории Юго-Западной Сибири произошла смена доминировавшего с 2003 по 2009 год генотипа с G1 [P8] (39 - 68%) на G4 [P8] (42% - в сезон 2009 - 2010 гг.) [2]. Таким образом, данные о долевом распределении ротавирусов, циркулирующих на территории Московского региона, полученные в настоящей работе методом мультиплексной ПЦР-РВ, согласуются с данными последних лет об эпидемиологической обстановке в Европейском союзе, России и на Украине.

Анализ данных о структуре генотипов ротавирусов, представленных выше, имеет прогностическое значение при рассмотрении эффективности ротавирусных вакцин различного состава.

Для оценки диагностической специфичности метода в реакции ПЦР-РВ с типоспецифическими праймерами и зондами было проанализировано также 20 образцов от больных с симптомами ОКИ, не содержащих, по данным видоспецифической ПЦР-РВ, ротавирусов либо содержащих другие кишечные вирусы (норовирусы и аденовирусы). Для всех 20 образцов ни в одной из 10-ти типоспецифических реакционных смесей не наблюдалось роста флюоресцентного сигнала, что позволило оценить диагностическую специфичность метода как близкую к 100%.

В ходе работы были исследованы образцы, полученные от некоторых пациентов в разные сроки заболевания (при поступлении в стационар и через пять - семь дней). Увеличивающиеся значения пороговых циклов в ПЦР-РВ в повторных пробах указывали на падение титров вируса к моменту нормализации стула. Случаи, когда в первичной пробе ротавирус не обнаруживался, но выявлялся во второй пробе, вероятно, связаны с первичным заражением пациента в стационаре. Тогда, когда значение порогового цикла оставалось неизменным при смене вариантов генов, возможно, имело место повторное инфицирование пациента другим штаммом ротавируса. Кроме того, в шести биопробах были выявлены одновременно два или три варианта одного и того же гена ротавируса, что вполне реально [9]. Поскольку все обследованные дети на момент взятия образца для анализа находились на лечении в стационаре, выявленные случаи смешанных инфекций также можно связать с возможным повторным внутрибольничным инфицированием штаммом ротавируса другого серотипа.

Полученные данные показывают ценность метода ПЦР-РВ с видо- и типоспецифическими праймерами при мониторинге ситуации по внутрибольничным инфекциям, вызванным кишечными вирусами.

Выводы

  1. В настоящей работе выявлены доминирующие (G4 [P8], G1 [P8]) и мало представленные (G3 [P8], G2 [P4], G9 [P8]) генотипы ротавирусов, циркулировавших на обследуемой территории в период наблюдений.
  2. Продемонстрированы высокая специфичность и информативность тест-системы для генотипи-рования ротавирусов группы А на основе мультиплексной ПЦР-РВ. Показателем высокой диагностической чувствительности метода служат данные, отражающие долю ротавируссодержащих образцов с определенным вариантом гена (G - 91,4%, P - 87,1%, I - 81,5%). Эти данные, имея высокую степень корреляции с данными выборочного секвенирования («золотого стандарта» для методов генотипирования ротавирусов), подтверждают высокую чувствительность генотипирования ротавирусов методом ПЦР-РВ.
  3. Предлагаемая методика является менее трудоемкой, более производительной и обладает сопоставимой с мультилокусным сиквенс-типированием разрешающей способностью.

Перечисленные качества позволяют предложить этот метод как альтернативу традиционно используемым подходам типирования ротавирусов. Подобные системы могут успешно применяться для эпидемического мониторинга территорий службами санэпиднадзора, в ветеринарии, при обсервациях в клинических учреждениях, для контроля качественного состава ротавирусных вакцин при их производстве и в ряде других случаев. Данные, получаемые с помощью такой тест-системы, обладают достаточной информативностью для построения экспертных систем, позволяющей делать прогнозы с приемлемой точностью при планировании противоэпидемических мероприятий [18] и успешно конкурировать при рутинных обследованиях с более дорогим и трудоемким анализом, основанным на данных секвенирования.