<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">epidemiology</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Эпидемиология и Вакцинопрофилактика</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Epidemiology and Vaccinal Prevention</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2073-3046</issn><issn pub-type="epub">2619-0494</issn><publisher><publisher-name>«Numicom» LLC</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.31631/2073-3046-2015-14-6-87-94</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">epidemiology-111</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКА</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>VACCINAL PREVENTION</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Изучение протективного внеклеточного протеома Staphylococcus aureus № 6</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>The Study of Protective Extracellular Proteome Staphylococcus aureus № 6</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Грубер</surname><given-names>И. М.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Gruber</surname><given-names>I. M.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">igruber_instmech@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Доненко</surname><given-names>Ф. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Donenko</surname><given-names>F. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Асташкина</surname><given-names>Е. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Astashkina</surname><given-names>E. A.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Шендер</surname><given-names>В. О.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Shender</surname><given-names>V. O.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Зиганшин</surname><given-names>Р. К.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Ziganshin</surname><given-names>R. K.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Киселевский</surname><given-names>М. В.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kiselevsky</surname><given-names>M. V.</given-names></name></name-alternatives><email xlink:type="simple">noemail@neicon.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБНУ «Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>1Federal State Budgetary Research Institution «I.I. Mechnikov Sientific Research Institute for Vaccine and Sera»</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУ «Российский онкологический научный центр им. Н.Н. Блохина»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Federal State Budgetary Research Institution «N.N. Blokhin Russian Cancer Research Center» of Ministry of Healthcare of the Russian Federation</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-3"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБУН «Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова»</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Federal State Budgetary Research Shemyakin-Ovchinnikov Institution for Bioorganic Chemistry</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2015</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>20</day><month>12</month><year>2015</year></pub-date><volume>14</volume><issue>6</issue><fpage>87</fpage><lpage>94</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Грубер И.М., Доненко Ф.В., Асташкина Е.А., Шендер В.О., Зиганшин Р.К., Киселевский М.В., 2015</copyright-statement><copyright-year>2015</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Грубер И.М., Доненко Ф.В., Асташкина Е.А., Шендер В.О., Зиганшин Р.К., Киселевский М.В.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Gruber I.M., Donenko F.V., Astashkina E.A., Shender V.O., Ziganshin R.K., Kiselevsky M.V.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/111">https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/111</self-uri><abstract><p>В последние годы повсеместно наблюдается увеличение распространения инфекций как внебольничных (ВИ), так и связанных с оказанием медицинской помощи (ИСМП), причиной которых является S. aureus. Ранее с помощью жидкостной хроматографии в сочетании с масс-спектрометрическим (LC-MS) анализом был исследован спектр белков S. aureus № 6 с молекулярной массой 30 - 50 кДа, секретируемых в культуральную среду в конце экспоненциальной фазы роста, обладающих протективной активностью. Из выявленных пептидов было идентифицировано 11 белков, и были получены предварительные результаты относительно протективной активности выделенного белоксодержащего соединения (БСС), обозначенного как «исходное». При его фракционировании с помощью ионообменной хроматографии на DEAE-Sepharose была получена протективная фракция -II БСС, подкожная иммунизация которой при генерализованной инфекции мышей BALB/c, развивающейся в результате ретроорбитального введения сублетальной дозы S. aureus, приводит к снижению высеваемости из почки и формированию абсцессов почки, по сравнению с контролем. Цель работы: изучение протективного внеклеточного протеома II БСС S. aureus № 6. Материалы и методы. LC-MS анализ полученных данных был проведен путем сравнения выявленного масс-спектра белков II БСС с результатами протеомного изучения вирулентного штамма S. aureus Newman, широко используемого в исследованиях. C применением различных баз данных было достоверно выявлено более 100 кластеров взаимодействующих белков. Результаты. При анализе основное внимание уделили 46-ти идентифицированным белкам, участвующим в различных биологических процессах. Так, наибольшую группу (19 белков) составляют ферменты углеводного обмена, 8 из которых участвуют в ключевых этапах гликолиза; 6 белков относятся к факторам патогенности (в том числе хлопьеобразующие факторы А и В, гаптоглобинсвязывающий поверхностный белок) и 4 - к стрессовым белкам. Остальные 17 белков составляют обширную группу белков, участвующих в различных метаболических и биосинтетических процессах. Заключение. Полученные результаты подтвердили данные других исследователей об идентификации большого количества секретированных S. aureus белков и об их слабом совпадении с выделенными из клинических изолятов. Это свидетельствует о справедливости положения о пластичности генома S. aureus, влияющего на гетерогенность профиля экзопротеома, что в большой степени определяет сложности в разработке эффективных противостафилококковых вакцин.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>In recent years, there is a persistent increase in the spread of community-acquired infections and medical care associated infections, the cause of which is S. aureus. Previously using liquid chromatography in combination with mass spectrometry (LC-MS) analysis, spectrum of having protective activity S. aureus № 6 proteins with a molecular weight of 30 - 50 kDa, secreted into the culture medium at the end of the exponential growth phase, was investigated. 11 proteins were identified from indicated peptides and preliminary results of the protective activity of the secreted protein-based substances (SPS), marked as «initial», were obtained. While its fractionation with ion exchange chromatography on DEAE-Sepharose, the protective fraction - II SPS - was obtained. Its hypodermic immunization leads to reduction of kidney inoculation, and to kidney abscess formation, compared to the control, during the generalized infection of mice BALB/c, developing as a result of retro-orbital injection of sublethal dose S. aureus. Aim. investigation the protective extracellular proteome II SPS S. aureus № 6. Material and methods. LC-MS analysis of the received data was carried out by comparing the detected mass-spectrum protein IISPS with the results of proteomic study of the virulent strain of S. aureus Newman widely used in researches. More than 100 interacting protein clusters were identified for certain using various databases. Results. During analysis main attention was paid to 46 identified proteins involved in various biological processes. Thus, the largest group (19 proteins) is composed of carbohydrate metabolism enzymes, eight of which are involved in key stages of glycolysis; 6 proteins are related to pathogenicity factors (including clamping factors A and B, gaptoglobin-adhesive surface protein) and 4 proteins are related to stress ones. The remaining 17 proteins represent a large group of proteins involved in various metabolic and biosynthetic processes. Conclusion. The received results confirmed the data of other researchers on the identification of a large number of secreted proteins of S. aureus and on their low coincidence with secreted from clinical isolates. This demonstrates the validity of the postulate of the plasticity of the S. aureus genome affecting the exoproteome profile that largely determines the difficulties in creation of effective anti-staphylococcal vaccines.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>протеом</kwd><kwd>жидкостная хроматография в сочетании с масс-спектрометрическим анализом</kwd><kwd>секретируемые белоксодержащие соединения</kwd><kwd>углеводный обмен</kwd><kwd>факторы патогенности</kwd><kwd>proteome</kwd><kwd>liquid chromatography in combination with mass spectrometry</kwd><kwd>secreted protein-based substances</kwd><kwd>carbohydrate metabolism</kwd><kwd>pathogenicity factors</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Майчук Д.Ю., Дехнич А.В., Сухорукова М.В. Оценка перспективности применения нетилмицина для топической терапии бактериальных инфекций в офтальмологии с учетом чувствительности основных возбудителей в РФ. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (3): 241 - 249.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Майчук Д.Ю., Дехнич А.В., Сухорукова М.В. Оценка перспективности применения нетилмицина для топической терапии бактериальных инфекций в офтальмологии с учетом чувствительности основных возбудителей в РФ. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (3): 241 - 249.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Теплякова О.В., Руднов В.А., Шлыкова Г.И., Доценко Т.Г. Септический артрит у взрослых. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (3): 187 - 206.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Теплякова О.В., Руднов В.А., Шлыкова Г.И., Доценко Т.Г. Септический артрит у взрослых. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (3): 187 - 206.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Bayer A.S. Staphylococcal bacteremia and endocarditis. Arch. Intern. Med. 1982; 142: 1169 - 1177.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Bayer A.S. Staphylococcal bacteremia and endocarditis. Arch. Intern. Med. 1982; 142: 1169 - 1177.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Sheagren J.N. Staphylococcus aureus - the persistent pathogen. N. Engl. J. Med. 1984; 310: 1368 - 1373.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sheagren J.N. Staphylococcus aureus - the persistent pathogen. N. Engl. J. Med. 1984; 310: 1368 - 1373.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Данилов А.И., Алексеева И.В., Аснер Т.В., Власова Е.Е., Данилова Е.М., Дехнич А.В. и др. Этиология инфекционного эндокардита в России. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (1): 4 - 10.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Данилов А.И., Алексеева И.В., Аснер Т.В., Власова Е.Е., Данилова Е.М., Дехнич А.В. и др. Этиология инфекционного эндокардита в России. Клин. микробиол. антимикроб. химиотер. 2015; 17 (1): 4 - 10.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kennedy A.D., Otto M., Braughton K.R, Whitney A.R, Chen L., Mathema B. et al. Epidemic community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus: recent clonal expansion and diversification. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008; 105: 1327 - 1332.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kennedy A.D., Otto M., Braughton K.R, Whitney A.R, Chen L., Mathema B. et al. Epidemic community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus: recent clonal expansion and diversification. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008; 105: 1327 - 1332.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Baba T., Bae T., Schneewind O., Takeuchi F., Hiramatsu K. Genome sequence of Staphylococcus aureus strain Newman and comparative analysis of staphylococcal genomes: polymorphism and evolution of two major pathogenicity islands. J. Bacteriol. 2008; 190: 300 - 310.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Baba T., Bae T., Schneewind O., Takeuchi F., Hiramatsu K. Genome sequence of Staphylococcus aureus strain Newman and comparative analysis of staphylococcal genomes: polymorphism and evolution of two major pathogenicity islands. J. Bacteriol. 2008; 190: 300 - 310.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Diep B.A., Otto M. The role of virulence determinants in community-associated MRSA pathogenesis. Trends Microbiol. 2008; 16 (8): 361 - 369.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Diep B.A., Otto M. The role of virulence determinants in community-associated MRSA pathogenesis. Trends Microbiol. 2008; 16 (8): 361 - 369.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Tsompanidou E., Denham E.L., Becher D., de Jong A., Buist G., van Oosten V. et al. Distinct roles of phenol-soluble modulins in spreading of Staphylococcus aureus on wet surfaces. Appl. Environ. Microbiol. 2013; 79: 886 - 895.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Tsompanidou E., Denham E.L., Becher D., de Jong A., Buist G., van Oosten V. et al. Distinct roles of phenol-soluble modulins in spreading of Staphylococcus aureus on wet surfaces. Appl. Environ. Microbiol. 2013; 79: 886 - 895.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">van den Berg S., Koedijk D.G.A.M., Back J.W., Neef J., Dreisbach A., van Dijl J.M., Bakker-Woudenberg I.A.J.M., Buist G. Active Immunization with an Octa-Valent Staphylococcus aureus Antigen Mixture in Models of S. aureus Bacteremia and Skin Infection in Mice. PLoS ONE. 2015; 10 (2): e0116847.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">van den Berg S., Koedijk D.G.A.M., Back J.W., Neef J., Dreisbach A., van Dijl J.M., Bakker-Woudenberg I.A.J.M., Buist G. Active Immunization with an Octa-Valent Staphylococcus aureus Antigen Mixture in Models of S. aureus Bacteremia and Skin Infection in Mice. PLoS ONE. 2015; 10 (2): e0116847.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Donenko F.V., Gruber I.M., Semenova I.B., Priyatkin R.G., Ziganshin R.H., Zaryadyeva E.A. et al. Growth-dependent release of carbohydrate metabolism-related and antioxidant enzymes from Staphylococcus aureus strain 6 as determined by proteomic analysis. Experiment and therapeutic medic. 2011; 2: 1199 -1204.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Donenko F.V., Gruber I.M., Semenova I.B., Priyatkin R.G., Ziganshin R.H., Zaryadyeva E.A. et al. Growth-dependent release of carbohydrate metabolism-related and antioxidant enzymes from Staphylococcus aureus strain 6 as determined by proteomic analysis. Experiment and therapeutic medic. 2011; 2: 1199 -1204.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Тришин А.В., Доненко Ф.В., Курбатова Е.А., Воюшин К.Е., Киселевский М.В., Егорова Н.Б. и др. Протективная активность секретируемых белков Streptococcus pneumoniae и Klebsiella pneumoniae. Журн. микробиол. 2008; 4: 46 - 50.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Тришин А.В., Доненко Ф.В., Курбатова Е.А., Воюшин К.Е., Киселевский М.В., Егорова Н.Б. и др. Протективная активность секретируемых белков Streptococcus pneumoniae и Klebsiella pneumoniae. Журн. микробиол. 2008; 4: 46 - 50.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Грубер И.М., Асташкина Е.А., Лебединская О.В., Егорова Н.Б., Киселевский М.В., Доненко Ф.В. и др. Исследование протективных свойств секретируемых белоксодержащих соединений Staphylococcus aureus № 6. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2015; 14 (4): 86 - 93.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Грубер И.М., Асташкина Е.А., Лебединская О.В., Егорова Н.Б., Киселевский М.В., Доненко Ф.В. и др. Исследование протективных свойств секретируемых белоксодержащих соединений Staphylococcus aureus № 6. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2015; 14 (4): 86 - 93.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Shender V.O., Pavlyukov M.S., Ziganshin R.H., Arapidi G.P., Kovalchuk S.I., Anikanov N.A. et al. Proteome-metabolome profiling of ovarian cancer ascites reveals novel components involved in intercellular communication. Mol Cell Proteomics. 2014; 13 (12): 3558 - 3571.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shender V.O., Pavlyukov M.S., Ziganshin R.H., Arapidi G.P., Kovalchuk S.I., Anikanov N.A. et al. Proteome-metabolome profiling of ovarian cancer ascites reveals novel components involved in intercellular communication. Mol Cell Proteomics. 2014; 13 (12): 3558 - 3571.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">The Staphylococcus aureus secretome. Rijksuniversiteit Groningen. 2010. Доступно на: http://www.rug.nl/research/portal/files/14562146/titlecon.pdf.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">The Staphylococcus aureus secretome. Rijksuniversiteit Groningen. 2010. Доступно на: http://www.rug.nl/research/portal/files/14562146/titlecon.pdf.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Nakano M, Kawano Y., Kawagish M., Hasegawa T., linuma Y., Oht M. Two-dimensional analysis of exoproteins of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) for possible epidemiological applications. Microbiol Immunol. 2002; 46: 11 - 22.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Nakano M, Kawano Y., Kawagish M., Hasegawa T., linuma Y., Oht M. Two-dimensional analysis of exoproteins of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) for possible epidemiological applications. Microbiol Immunol. 2002; 46: 11 - 22.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ziebandt A.K., Becher D., Ohlsen K., Hacker J., Hecker M., Engelmann S. The influence of agr and sigma B in growth phase dependent regulation of virulence factors in Staphylococcus aureus. Proteomics. 2004; 4: 3034 - 3047.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ziebandt A.K., Becher D., Ohlsen K., Hacker J., Hecker M., Engelmann S. The influence of agr and sigma B in growth phase dependent regulation of virulence factors in Staphylococcus aureus. Proteomics. 2004; 4: 3034 - 3047.</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
