<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">epidemiology</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Эпидемиология и Вакцинопрофилактика</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Epidemiology and Vaccinal Prevention</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="ppub">2073-3046</issn><issn pub-type="epub">2619-0494</issn><publisher><publisher-name>«Numicom» LLC</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.31631/2073-3046-2022-21-3-50-62</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">epidemiology-1558</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ПРАКТИЧЕСКИЕ АСПЕКТЫ ЭПИДЕМИОЛОГИИ И ВАКЦИНОПРОФИЛАКТИКИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>PRACTICAL ASPECTS OF EPIDEMIOLOGY AND VACCINE PREVENTION</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Динамика заболеваемости и этиологической структуры острых респираторных инфекций накануне и в первый год распространения COVID-19 в Иркутской области</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Dynamics of Morbidity and Etiological Structure of Acute Respiratory Infections on the Eve and in the First Year of COVID-19 in the Irkutsk Region</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-9839-6629</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Кравченко</surname><given-names>Н. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kravchenko</surname><given-names>N. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Наталья Александровна Кравченко – ассистент кафедры эпидемиологии</p><p>Иркутск</p><p>+7 (983) 401-36-86</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Natalya А. Kravchenko – assistant of the Epidemiology Department</p><p>Irkutsk</p><p>+7 (983) 401-36-86</p></bio><email xlink:type="simple">tasha_v_gorode@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-7096-0136</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Казанова</surname><given-names>В. Б.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kazanova</surname><given-names>V. B.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Вера Борисовна Казанова  – заведующая отделением вирусологических исследований с ПЦР-лабораторией</p><p>Иркутск</p><p>+7 (3952) 22-82-04</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Vera В. Kazanova – Head of Virology Department with PCR-laboratory</p><p>Irkutsk</p><p>+7 (3952) 22-82-04</p></bio><email xlink:type="simple">epid@sesoirk.irkutsk.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Хакимова</surname><given-names>М. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Khakimova</surname><given-names>M. I.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Марьяна Ивановна Хакимова – заведующая эпидемиологическим отделом</p><p>Иркутск</p><p>+7 (3952) 22-82 04</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Maryana I. Khakimova  – Head of the Epidemiology Department</p><p>Irkutsk</p><p>+7 (3952) 22-82-04</p></bio><email xlink:type="simple">epid@sesoirk.irkutsk.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-2"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-9212-6134</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Гаврилова</surname><given-names>Т. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Gavrilova</surname><given-names>T. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Татьяна Анатольевна Гаврилова  – зам. начальника эпидемиологического отдела</p><p>Иркутск</p><p>+7  (902) 170-27-64</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Tatiana A. Gavrilova  – Head of the Epidemiology Department</p><p>Irkutsk</p><p>+7 902 1702764</p></bio><email xlink:type="simple">gtairkutsk@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-3"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0001-8104-4264</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Зайкова</surname><given-names>З. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Zaikova</surname><given-names>Z. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Зоя Александровна Зайкова – доцент кафедры общей гигиены</p><p>Иркутск</p><p>+7 (3952) 240778</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Zoya A. Zaikova  – assistent profesor of the Department General Hygiene</p><p>Irkutsk</p><p>+7 (3952) 24-07-78</p></bio><email xlink:type="simple">zaikovazoya@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1324-7374</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Ботвинкин</surname><given-names>А. Д.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Botvinkin</surname><given-names>A. D.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Александр Дмитриевич Ботвинкин – д. м. н., профессор, заведующий кафедрой эпидемиологии</p><p>664003, г. Иркутск, ул. Красного восстания, 1</p><p>+7 (914) 941-89-40</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Alexander D. Botvinkin  – Dr. Sci. (Med.), professor, Head of the Epidemiology Department</p><p>1,Krasnoe vosstanie, Irkutsk, 664003</p><p>+7 (914) 941-89-40</p></bio><email xlink:type="simple">botvinkin_ismu@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Министерства здравоохранения Российской Федерации</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Irkutsk State Medical University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-2"><aff xml:lang="ru"><institution>Министерство здравоохранения Иркутской области</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Center for epidemiology and hygiene</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><aff-alternatives id="aff-3"><aff xml:lang="ru"><institution>ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии по Иркутской области»; Министерство здравоохранения Иркутской области</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Ministry of Health of the Irkutsk Region</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2022</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>09</day><month>07</month><year>2022</year></pub-date><volume>21</volume><issue>3</issue><fpage>50</fpage><lpage>62</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Кравченко Н.А., Казанова В.Б., Хакимова М.И., Гаврилова Т.А., Зайкова З.А., Ботвинкин А.Д., 2022</copyright-statement><copyright-year>2022</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Кравченко Н.А., Казанова В.Б., Хакимова М.И., Гаврилова Т.А., Зайкова З.А., Ботвинкин А.Д.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Kravchenko N.A., Kazanova V.B., Khakimova M.I., Gavrilova T.A., Zaikova Z.A., Botvinkin A.D.</copyright-holder><license xml:lang="ru" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.</license-p></license><license xml:lang="en" license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1558">https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1558</self-uri><abstract><p>Актуальность. Острые респираторные инфекции верхних дыхательных путей (ОРИ) и внебольничные пневмонии (ВП), нередко этиологически связанные с ними, относятся к числу наиболее распространенных форм инфекционной патологии в Российской Федерации. Ретроспективный анализ результатов мониторинга ОРИ необходим для совершенствования эпидемиологического надзора. В начале пандемии новой кронавирусной инфекции наблюдалась региональная вариабельность показателей заболеваемости COVID-19 и ОРИ. Первые случаи COVID-19 в Иркутской области выявлены на два месяца позже первых случаев в России, и в начале эпидемии заболевание медленно распространялось среди местного населения. Цель. Выявить годовые и сезонные изменения заболеваемости ОРИ и циркуляции респираторных вирусов в Иркутской области перед началом и в первые месяцы эпидемии новой коронавирусной инфекции. Материалы и методы. Проведено ретроспективное описательное исследование по результатам регионального мониторинга ОРИ за 2017–2020 гг. В анализ включены данные учета острых инфекций верхних (J06) и нижних (J20-J22) дыхательных путей, гриппа (J10, J11), внебольничной пневмонии (J12-J16, J18) и COVID-19 (U07.1, U07.2), а также результаты исследования 5,5 тыс. проб от пациентов с ОРИ. Результаты и обсуждение. В 2020 г. инцидентность COVID-19 составила 3180 на 100 тыс. населения или 7% от всех случаев ОРИ верхних и нижних дыхательных путей (∑ОРИ). В 2020 г., по данным Управления Роспотребнадзора по Иркутской области, число случаев ОРИ сократилось на 25,7%, но внебольничной пневмонии (ВП) увеличилось на 83,2% (р &lt; 0,001) по сравнению с 2019 г. Инцидентность ВП достигла 1400 на 100 тыс. Доля детей в структуре заболеваемости ВП сократилась с 39,4% до 12,6% (р &lt; 0,001), а доля взрослых возросла с 60,6% до 87,3% (р &lt; 0,001). Эти изменения наиболее выражены на фоне «второй волны» COVID-19 в конце 2020 г. Доля ВП в ∑ОРИ в среднем за 2017–2020 гг. составила 2,62% (ДИ 2,56–2,68). Превышение этого показателя отмечено в конце 2020 г. во время эпидемии COVID-19 – 8,08 (ДИ 8,07–8,09), а также в начале 2019 г. во время эпидемии гриппа – 2,83% (ДИ 2,81–2,85). В 2019–2020 гг. зарегистрировано увеличение частоты положительных проб на коронавирусы человека (hCovs) до 2,1–2,3% в сравнении с 0,7–0,9% в 2017–2018 гг. (р &lt; 0,05). Риновирусы продолжали активно циркулировать во время эпидемии COVID-19. Значимое соответствие между частотой обнаружения вирусов и долей ВП в ∑ОРИ установлена только для вирусов гриппа (χ2 = 26,2, p &lt; 0,01). Для остальных вирусов связь статически не значима (p &gt; 0,05). Заключение. Старт эпидемии COVID-19 сопровождался значительными изменениями заболеваемости ОРИ, хотя в 2020 г. число зарегистрированных случаев новой коронавирусной инфекции не превышало 10% от ∑ОРИ. Увеличение доли ВП в ∑ОРИ и изменение возрастной структуры групп риска заслуживают особого внимания. Эпидемиологический анализ результатов мониторинга не подтверждает гипотезу о возможном распространении в Иркутской области SARS-CoV-2 ранее 2020 г.</p></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><p>Relevance. At the beginning of the pandemic, there was regional variability in incidence rates not only for COVID-19, but also for other acute respiratory infections of the upper and lower respiratory tract (ARIs). The first cases of COVID-19 in the Irkutsk region were detected two months later than the first cases in Russia, and at the beginning of the epidemic, the disease slowly spread among the local population. A retrospective analysis of ARIs monitoring is necessary to improve epidemiological surveillance. The aim of the work is to identify annual and seasonal changes in the incidence of ARIs and the circulation of respiratory viruses in the Irkutsk region before and during the first months of the epidemic of a new coronavirus infection. Materials and methods. A retrospective descriptive study was conducted based on the results of regional monitoring for 2017–2020. The analysis included records of acute infections of the upper (J06) and lower (J20-J22) respiratory tract, influenza (J10, J11), community-acquired pneumonia (J12-J16, J18) and COVID-19 (U07.1, U07.2), as well as the results of a study of 5.5 thousand samples from patients with ARIs. Respiratory viruses (n = 10) were detected using reagent kits for polymerase chain reaction (PCR) «AmpliSense® Influenza virus A/B-FL», «AmpliSense®ORVI-screen-Fl» (Russia). The distribution of incidence rates and PCR results was analyzed by years, epidemic seasons, calendar weeks, and age groups. Results. In 2020, the incidence of COVID-19 was 3180 per 100,000 population, or 7% of all cases of ARIs of the upper and lower respiratory tract (∑ARIs). In 2020, according to epidemiological service, the number of cases of acute respiratory infections decreased by 25.7%, but the number of cases of community-acquired pneumonia (CAP) increased by 83.2% (p &lt; 0.001) compared to 2019. The incidence of CAP reached 1400 per 100,000 population. The proportion of children in the structure of CAP incidence decreased from 39.4% to 12.6% (p &lt; 0.001), and the proportion of adults increased from 60.6% to 87.3% (p &lt; 0.001). These changes were most pronounced during the «second wave» of COVID-19 at the end of 2020. The share of CAP in ∑ARIs on average for 2017-2020 was 2.62% (CI 2.56–2.68). This indicator was exceeded at the end of 2020 during the COVID-19 epidemic – 8.08 (CI 8.07–8.09), and also at the beginning of 2019 during the influenza epidemic – 2.83% (CI 2.81–2.85). In 2019–2020 an increase in the frequency of positive tests for human coronaviruses (hCovs) up to 2.1–2.3% was registered, compared with 0.7–0.9% in 2017–2018 (p&lt;0.05). Rhinoviruses continued to circulate actively during the COVID-19 epidemic. A significant correspondence between the frequency of detection of viruses and the share of CAP in ARIs was established only for influenza viruses (χ2 = 26.2, p &lt; 0.01). For other viruses, the relationship is not statistically significant (p &gt; 0.05). Conclusions. The start of the COVID-19 epidemic was accompanied by significant changes in the incidence of ARIs, although in 2020 the number of registered cases did not exceed 10% of ARIs. The increase in the proportion of CAP in ARIs and the change in age risk groups deserve special attention. The epidemiological analysis does not confirm the hypothesis of a possible spread of SARS-Cov2 in the Irkutsk region before 2020.</p></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>острые респираторные инфекции</kwd><kwd>внебольничная пневмония</kwd><kwd>мониторинг</kwd><kwd>COVID-19</kwd><kwd>пандемия</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>acute respiratory infections</kwd><kwd>community-acquired pneumonia</kwd><kwd>monitoring</kwd><kwd>COVID-19</kwd><kwd>epidemic onset</kwd><kwd>retrospective analysis</kwd><kwd>Irkutsk region</kwd></kwd-group></article-meta></front><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Салтыкова Т. С., Жигарловский Б. А., Иваненко А. В. и др. Эпидемиологическая характеристика острых респираторных вирусных инфекций и гриппа на территории Российской Федерации и г. Москвы. Журнал инфектологии. 2019. Т. 11, № 2. С. 124–132.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Saltykova TS, Zhigarlovsky BA, Ivanenko AV, et al. Epidemiological characteristics of acute respiratory viral infections and influenza in the Russian Federation and Moscow. Journal of Infectology. 2019;11(2):124 – 132 (In Russ.). doi: 10.22625/2072-6732-2019-11-2-124-132</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Гужов Д. А., Елпаева Е. А., Егорова М. А. и др. Эпидемиологические и клинические характеристики острых респираторных инфекций в Санкт-Петербурге в эпидемические сезоны 2017–2018 гг. и 2018–2019 гг. Журнал инфектологии. 2020. Т. 12, № 4. С. 65–71.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Guzhov DA, Elpaeva EA, Egorova MA, et al. Epidemiological and clinical characteristics of acute respiratory infections in  St. Petersburg during the epidemic seasons of 2017–2018 and 2018–2019. Journal of Infectology. 2020;12 (4):65–71(In Russ.). doi:10.22625/2072-6732-2020-12-4-65-71</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Салтыкова Т. С., Жигарловский Б. А., Брико Н. И. и др. Эпидемиологические параллели внебольничных пневмоний, гриппа и ОРВИ в г. Москве. Туберкулез и болезни легких. 2020. Т. 98, № 3. С. 6–12.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Saltykova TS, Zhigarlovsky BA, Briko NI, et al. Epidemiological parallels of community-acquired pneumonia, influenza and SARS in Moscow. Tuberculosis and lung diseases. 2020; 98(3):6–12 (In Russ.). doi: 10.21292/2075-1230-2020-98-3-6-12</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кутырев В. В., Попова А. Ю., Смоленский В. Ю. и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 2: особенности течения эпидемического процесса COVID-19 во взаимосвязи с проводимыми противоэпидемическими мероприятиями в мире и Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 2. С. 6–12.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kutyrev VV., Popova A.Yu., Smolensky Vyu, et al. Epidemiological features of a new coronavirus infection (COVID-19). Message 2: features of the course of the COVID-19 epidemic process in conjunction with ongoing anti-epidemic measures in the world and the Russian Federation. Problems of especially dangerous infections. 2020; 2:6–12 (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2020-2-6-12</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Даты, цифры, события: Хроника COVID-19 в 2020 году. Доступно на: https://tsargrad.tv/news/daty-cifry-sobytija-hronika-covid-19-v-2020-godu_310936 Ссылка активна на 23.12.2021.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Dates, numbers, events: Chronicle of COVID-19  in  2020. Available at: https://tsargrad.tv/news/daty-cifry-sobytija-hronika-covid-19-v-2020-godu_310936. Accessed: 23.12.2021 (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Chotpitayasunondh T., Fischer T.K., Heraud J.M., et al. Influenza and COVID-19: What does co-existence mean? Influenza Other Respir Viruses. 2021. Vol. 15. № 3. P. 407–412.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Chotpitayasunondh T., Fischer T.K., Heraud J.M., et al. Influenza and COVID-19: What does co-existence mean? Influenza Other Respir Viruses. 2021. Vol.15. №3. P. 407–412. doi:10.1111/irv.12824</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Шкарин В. В., Ковалишена О. В. Новая эра в эволюции инфекционной патологии // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2018. №. 4. С. 6–16.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shkarin VV, Kovalishena OV. New era in the evolution of infectious pathology. Epidemiology and infectious diseases. Topical issues. 2018; 4: 6–16 (In Russ.). doi: 10.18565/epidem.2018.4.6-16</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Шкарин В. В., Ковалишена О. В., Чанышева Р. Ф. и др. Клинико-эпидемиологические особенности новых полиэтиологичных вирусных инфекций. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2018;17(4):4–12.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shkarin VV, Kovalishena OV, Chanysheva RF, et al. Clinical and epidemiological features of new polyetiological viral infections. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2018;17(4):4–12 (In Russ.). doi: 10.31631/2073-3046-2018-17-4-4-12</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Яковлев А. А., Раков А. В., Поздеева Е. С. Значение межвидовых и внутривидовых взаимодействий микроорганизмов как суборганизменного уровня в иерархии эпидемического процесса. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2020. № 25. С. 118–130.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Yakovlev AA, Rakov AV, Pozdeeva ES. The significance of interspecific and intraspecific interactions of microorganisms as a suborganismal level in the hierarchy of the epidemic process. Epidemiology and infectious diseases. 2020;25:118–130 (In Russ.). doi: 10.17816/EID.253</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Молочков А. В., Каратеев Д. Е., Огнева Е. Ю. и др. Коморбидные заболевания и прогнозирование исхода COVID-19: результаты наблюдения 13 585 больных, находившихся на стационарном лечении в больницах Московской области. Альманах клинической медицины. 2020. Т. 48, № 1. С. 1–10.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Molochkov AV, Karateev DE, Ogneva EYu, et al. Comorbid diseases and predicting the outcome of COVID-19: results of observation of 13585 patients who were hospitalized in hospitals of the Moscow region. Almanac of Clinical Medicine. 2020;48(1):1–10. (In Russ.). doi: 10.18786/2072-0505-2020-48-040</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Zhu X., Ge Y., Wu T., et al. Co-infection with respiratory pathogens among COVID-2019 cases. Virus Res. 2020 Aug; 285. e198005.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Zhu X, Ge Y, Wu T, et al. Co-infection with respiratory pathogens among COVID-2019 cases. Virus Res. 2020 Aug;285:198005. doi: 10.1016/j.virusres.2020.198005</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Cheng Y., Ma J., Wang H., et al. Co-infection of influenza A virus and SARS-CoV-2: A retrospective cohort study. J Med Virol. 2021. Vol. 93. № 5. P. 2947–2954.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Cheng Y, Ma J, Wang H, et al. Co-infection of influenza A virus and SARS-CoV-2: A retrospective cohort study. J Med Virol. 2021 May;93(5):2947–2954. doi: 10.1002/jmv.26817</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lai C.C., Wang C.Y., Hsueh P.R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J Microbiol Immunol Infect. 2020. Vol.53. № 4. P. 505–512.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lai C.C., Wang C.Y., Hsueh P.R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? J Microbiol Immunol Infect. 2020 Aug;53(4):505–512. doi: 10.1016/j.jmii.2020.05.013.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Boschiero M.N., Duarte A., Palamim C.V.C., et al. Frequency of respiratory pathogens other than SARS-CoV-2 detected during COVID-19 testing. Diagn Microbiol Infect Dis. 2021 Vol. 102. № 2. P.:115576.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Boschiero MN, Duarte A, Palamim CVC, et al. Frequency of respiratory pathogens other than SARS-CoV-2 detected during COVID-19 testing. Influenza Other Respir Viruses. 2021 May;15(3):407–412. doi: 10.1111/irv.12824</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Reche P.A. Potential cross-reactive immunity to SARS-CoV-2 from common human pathogens and vaccines. Front Immunol. 2020. Vol. 6. № 11. e586984.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Reche PA Potential cross-reactive immunity to SARS-CoV-2 from common human pathogens and vaccines. Front Immunol. 2020  Oct 16; 11:586984. doi: 10.3389/fimmu.2020.586984</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Egwang T.G., Owalla T.J., Okurut E., et al. Differential pre-pandemic breast milk IgA reactivity against SARS-CoV-2 and circulating human coronaviruses in Ugandan and American mothers // Int J Infect Dis. 2021. Vol. 112. P. 165–172.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Egwang TG, Owalla TJ, Okurut E, et al. Differential pre-pandemic breast milk IgA reactivity against SARS-CoV-2 and circulating human coronaviruses in Ugandan and American mothers. Int J Infect Dis. 2021 Nov;112:165–172. doi: 10.1016/j.ijid.2021.09.039</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ravindran R., McReynolds C., Yang J., et al. Immune response dynamics in COVID-19 patients to SARS-CoV-2 and other human coronaviruses. PLoS One. 2021. Vol. 16. № 7. e0254367.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Ravindran R, McReynolds C, Yang J, et al. Immune response dynamics in  COVID-19  patients to SARS-CoV-2 and other human coronaviruses. PLoS One. 2021 Jul 9;16(7):e0254367. doi: 10.1371/journal.pone.0254367</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit18"><label>18</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Mateus J., Grifoni A., Tarke A., et al. Selective and cross-reactive SARS-CoV-2 T cell epitopes in unexposed humans. Science. 2020. Vol. 370. №. 6512. P. 89–94.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Mateus J, Grifoni A, Tarke A, et al. Selective and cross-reactive SARS-CoV-2 T cell epitopes in unexposed humans. Science. 2020 Oct 2;370(6512):89–94. doi: 10.1126/science. abd3871</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit19"><label>19</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lee C.H., Pinho M.P., Buckley P.R., et al. Potential CD8+ T cell cross-reactivity against SARS-CoV-2 conferred by other coronavirus strains. Front Immunol. 2020. Vol. 11. e579480.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lee CH, Pinho MP, Buckley PR, et al. Potential CD8+ T cell cross-reactivity against SARS-CoV-2 conferred by other coronavirus strains. Front Immunol. 2020 Nov 5;11:579480. doi: 10.3389/fimmu.2020.579480</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit20"><label>20</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Попова А. Ю., Ежлова Е. Б., Мельникова А. А. и др. Опыт исследования серопревалентности к вирусу SARS-CoV-2 населения Иркутской области в период вспышки COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 3. С. 106–113.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Popova AYu, Ezhlova EB, Melnikova AA, et al. Experience in Studying Seroprevalence to SARS-CoV-2 Virus in the Population of the Irkutsk Region during COVID-19 Outbreak. Problems of Particularly Dangerous Infections. 2020; (3):106–113 (In Russ.) doi: 10.21055/0370-1069-2020-3-106-113</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit21"><label>21</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Балахонов С. В., Чеснокова М. В., Пережогин А. Н. и др. Эпидемиологическаяситуация по COVID-19 в Иркутской области и прогноз ее распространения. Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 4. С. 34–40.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Balakhonov SV, Chesnokova MV, Perezhogin AN, et al. The epidemiological situation of COVID-19 in the Irkutsk region and the forecast of its spread. Problems of especially dangerous infections. 2020; 4:34–40 (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2020-4-34-40</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit22"><label>22</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Балахонов С. В., Дубровина В. И., Пятидесятникова А. Б. и др. Динамика изменений популяционного иммунитета к вирусу SARS-CоV-2 у жителей Иркутской области в условиях пандемии COVID-19. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2021;20(2): 12–17.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Balakhonov SV, Dubrovina VI, Pyatidesyatnikova AB, et al. Dynamics of changes in population immunity to the SARS-CoV-2 virus in residents of the Irkutsk region during the COVID-19 pandemic. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021;20(2):12–17 (In Russ.). doi:10.31631/2073-3046-2021-20-2-12-17</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit23"><label>23</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кравченко Н. А., Гаврилова Т. А., Хакимова М. И. и др. Опыт сравнительного анализа заболеваемости пневмониями и острыми респираторными инфекциями верхних дыхательных путей после внедрения системы эпидемиологического мониторинга пневмоний. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2019;18(1):96–104.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kravchenko NA, Gavrilova TA, Khakimova MI, et al. Comparative analysis of the incidence of pneumonia and acute respiratory infections of the upper respiratory tract after the introduction of a system of epidemiological monitoring of pneumonia. Epidemiology and vaccination. 2019;18(1):96–104 (In Russ.). doi: 10.31631/2073-3046-2019-18-1-96-104</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit24"><label>24</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Онищенко Г. Г., Ежлова Е. Б., Демина Ю. В. Эпидемиологический надзор за внебольничными пневмониями как одно из направлений биологической безопасности. Проблемы особо опасных инфекций. 2013. № 4. С. 24–27.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Onishchenko GG, Ezhlova EB, Demina YuV. Epidemiological surveillance of community-acquired pneumonia as one of the areas of biological safety. Problems of especially dangerous infections. 2013; 4:24–27 (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit25"><label>25</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Соминина А. А., Смородинцева Е. А., Столяров К. А. и др. Совершенствование системы надзора за гриппом в Российской Федерации: основные результаты сигнального надзора за гриппом и другими острыми респираторными вирусными инфекциями. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2017;16(1):7–15.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sominina AA, Smorodintseva EA, Stolyarov KA, et al. Improving the influenza surveillance system in the Russian Federation: the main results of signaling surveillance for influenza and other acute respiratory viral infections. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2017;16(1):7–15 (In Russ.). https://doi.org/10.31631/2073-3046-2017-16-1-7-15</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit26"><label>26</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Проект: Россия-Китай. Доступно на: https://ria.ru/20190320/1551946864.html. Ссылка активна на 01.02.2022 г.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Project: Russia-China. Available at: https://ria.ru/20190320/1551946864.html. Access date 01.02.2022 (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit27"><label>27</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Соминина А. А., Даниленко Д. М., Комиссаров А. Б. и др. Результаты молекулярной детекции и характеристика вирусов гриппа и других возбудителей респираторных инфекций в России, сезон 2017–2018 гг. Инфекция и иммунитет. 2018. Т. 8, № 4. С. 473–488.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sominina AA, Danilenko DM, Komissarov A B, et al. Results of molecular detection and characterization of influenza viruses and other pathogens of respiratory infections in Russia, season 2017–2018. Infection and immunity. 2018;8(4):473–488 (In Russ.). doi: 10.15789/2220-7619-2018-4-473-488</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit28"><label>28</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Кравченко Н. А., Гаврилова Т. А., Васильева Е. И. и др. Результаты внедрения системы эпидемиологического мониторинга пневмоний на региональном уровне (по материалам Иркутской области). Тихоокеанский медицинский журнал. 2018. Т. 3. №73. С. 42–46.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kravchenko NA, Gavrilova TA, Vasilieva EI, et al. The results of the introduction of the system of epidemiological monitoring of pneumonia at the regional level (based on the materials of the Irkutsk region). Pacific Medical Journal. 2018;3(73):42–46 (In Russ). doi: 10.17238/PmJ1609-1175.2018.3.42-46</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit29"><label>29</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lu R., Yu X., Wang W., et al. Characterization of human coronavirus etiology in Chinese adults with acute upper respiratory tract infection by real-time RT-PCR assays. PLoS ONE. 2012. Vol. 7. № 6. e38638.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lu R, Yu X, Wang W, et al. Characterization of human coronavirus etiology in chinese adults with acute upper respiratory tract infection by real-time RT-PCR Assays. PLoS ONE, 2012. 7(6): e38638. doi:10.1371/journal.pone.0038638</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
