Татьяна Валерьевна Припутневич – д. м. н., директор института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+7 (495) 438-25-10
Tatiana V. Priputnevich – Dr. Sci. (Med.), Director of the institute of microbiology, antimicrobial therapy and epidemiology
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+7 (495) 438-25-10
Алексей Борисович Гордеев – к. б. н, заведующий лабораторией биоинформационного анализа института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+7 (916) 226-86-67
Alexey B. Gordeev – Cand. Sci. (Biol.), Head of the bioinformatics analysis laboratory of the institute of microbiology, antimicrobial therapy and epidemiology
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+7 (916) 226-86-67
Ольга Дмитриевна Гончарук – заведующая лабораторией медицинской микробиологии института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+7 (903) 172-43-98
Olga D.Goncharuk – Head of the laboratory of medical microbiology of the institute of microbiology, antimicrobial therapy and epidemiology
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+ 7 (903) 172-43-98
Валерий Викторович Чубаров – заведующий отделением эпидемиологического надзора института микробиологии, антимикробной терапии и эпидемиологии
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+7 (926) 600-98-68
Valery V. Chubarov – Head of the clinical epidemiology unit, Department of microbiology, clinical pharmacology and epidemiology
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+7 (926) 600-98-68
Дмитрий Юрьевич Трофимов – д. б. н., профессор РАН, директор института репродуктивной генетики
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+7 (916) 614-92-26
Dmitry Yu. Trofimov – Dr. Sci. (Biol.), Professor of the Russian Academy of Sciences, Director of the institute of reproductive genetics
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+7 (916) 614-92-26
Андрей Александрович Быстрицкий – к. б. н., ведущий научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетических методов института репродуктивной генетики
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+ 7 (903) 722-10-34
Andrey A. Bystritsky – Cand. Sci. (Biol.), Leading researcher of the laboratory of molecular genetic methods of the institute of reproductive genetics
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+7 (903) 722-10-34
Андрей Евгеньевич Донников – к. м. н., заведующий лабораторией молекулярно-генетических методов института репродуктивной генетики
117997, Москва, ул. Академика Опарина, д. 4
+ 7 (903) 684-52-47
Andrey E. Donnikov – Cand. Sci. (Med.), Head of the laboratory of molecular genetic methods of the institute of reproductive genetics
4, Ac. Oparina street, Moscow, 117997
+ 7 (903) 684-52-47
Актуальность. Острые респираторные заболевания (ОРЗ) являются серьезной проблемой здравоохранения не только из-за высокой частоты их возникновения, но и вследствие наносимого ими экономического ущерба как в виде прямых затрат (стоимость диагностики и лечения), так и непрямых расходов (нетрудоспособность, снижение производительности труда и т.п.). Беременные женщины и дети до 5 лет входят в группу риска по развитию серьезных осложнений после перенесенного ОРЗ. Для учреждений родовспоможения является актуальной задачей оперативное выявление возбудителя инфекции, чтобы выбрать адекватную терапию. В последние годы отмечается острая необходимость в создании отечественной комплексной диагностической тест-системы, основанной на молекулярно-генетических методах, для детекции возбудителей инфекций, вызывающих ОРЗ. Цель. Провести анализ этиологической структуры ОРЗ, включая грипп, у пациентов с клиническими симптомами респираторной инфекции а также разработать и внедрить новую тест-систему для быстрого скрининга и диагностики возбудителей, вызывающих ОРЗ. Материалы и методы. При исследовании этиологической структуры ОРЗ, включая грипп, проводились культуральные исследования отделяемого слизистой носа и зева с последующей идентификацией микроорга- низмов с помощью MALDI-TOF масс-спектрометрии и молекулярно-генетическое исследование (ПЦР в режиме реального времени) с помощью экспериментальной тест-панели, содержащей праймеры, позволяющие детектировать: вирусы гриппа А, B, вирусы парагриппа 1-го, 2-го, 3-го и 4-го типов, коронавирусы ОС43, HKU1, NL63, Е229, респираторно-синцитиальный вирус, метапневмовирус, риновирус и аденовирус, а также бактериальные возбудители: Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. Разработка тест-системы осуществлялась с использованием следующих методов: ПЦР в режиме реального времени, комбинации реакции обратной транскрипции и ПЦР в режиме реального времени (ОТ-ПЦР) и метода высокопроизводительного секвенирования (NGS). Результаты и обсуждение. Проведен анализ этиологической структуры ОРЗ и гриппа у пациентов с клиническими проявлениями (кашель, першение/боль в горле/гиперемия слизистой оболочки неба и задней стенки глотки, одышка/затрудненное дыхание, острый насморк/заложенность носа). Выявлен видовой спектр бактериальных и вирусных патогенов. Создана новая тест-система на основе ПЦР, ОТ-ПЦР в режиме реального времени и NGS для комплексной диагностики как вирусных, так и бактериальных возбудителей ОРЗ, состоящая из трех отдельных компонентов: основной тест-системы «ОРЗ», осуществляющей детекцию основных вирусных и бактериальных патогенов – возбудителей ОРЗ, и двух дополнительных наборов реагентов: «Осельтамивир устойчивость» и «Осельтамивир/Занамивир устойчивость». Заключение. Новую тест-систему можно использовать для выявления и дифференциации нуклеиновых кислот возбудителей ОРЗ человека. В результате анализа этиологической структуры ОРЗ, включая грипп, обращает на себя внимание существенно меньшее разнообразие выявленных возбудителей в 2020 г. и значительно более выраженное доминирование риновирусной инфекции по сравнению с ранее проведенным нами исследованием в 2019 г.
Relevance. Acute respiratory infections (ARI) are a serious health problem not only because of the high frequency of their occurrence, but also because of the economic damage they cause both in the form of direct costs (the cost of diagnosis and treatment) and indirect costs (disability, reduced labor productivity, etc.). Pregnant women and children under 5 years of age are included in the group of patients with risk factors for complications of influenza and other ARI, therefore, an analysis of the etiological structure of ARI and influenza in obstetric hospitals is an urgent task. In recent years, there has been an urgent need to create a national complex diagnostic test system based on molecular genetic methods for detecting infectious agents that cause ARI. Aims. The aim of the study is to analyze the etiological structure of ARI and influenza in patients with clinical symptoms and to develop and implement a new test system for rapid screening and diagnosis of infections that cause ARI. Materials & methods. When studying the etiological structure of ARI and influenza, cultural studies of the nasal and pharyngeal mucosa were carried out, followed by identification of microorganisms using MALDI-TOF mass spectrometry and molecular genetic study (real-time PCR) using an experimental test panel containing primers that allow detecting the following viruses: influenza A, B viruses, parainfluenza viruses of the 1st, 2nd, 3rd and 4th types, coronaviruses OS43, HKU1, NL63, E229, respiratory syncytial virus, metapneumovirus, rhinovirus and adenovirus, as well as bacterial pathogens of ARI: Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus pyogenes, Moraxella catarrhalis, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. The test system was developed using the following methods: real-time PCR, a combination of reverse transcription and real-time PCR (RT-PCR) and the next generation sequencing (NGS) method. Results. The etiological structure of ARI and influenza was analyzed in patients with clinical manifestations (cough, tickling/sore throat/hyperemia of the mucous membrane of the palate and the back wall of the pharynx, shortness of breath/difficulty breathing, acute runny nose/nasal congestion). The species spectrum of bacterial and viral pathogens was revealed. A new test system based on PCR, real-time RT-PCR and NGS has been created for complex diagnostics of both viral and bacterial pathogens of ARI, consisting of three separate components: the main test system «ARI», which detects the main viral and bacterial pathogens of ARI, and two additional sets of reagents: «Oseltamivir resistance» and «Oseltamivir/ Zanamivir resistance». Conclusions. The new test system can be used to detect and differentiate nucleic acids of pathogens of ARI of humans. The test system seems to us promising for further use. As a result of the analysis of the etiological structure of acute respiratory infections and influenza, attention is drawn to a significantly smaller variety of identified pathogens in 2020 and a much more pronounced dominance of rhinovirus infection compared to our previous study in 2019.
The authors declare that there are no conflicts of interest present.