epidemiologyЭпидемиология и ВакцинопрофилактикаEpidemiology and Vaccinal Prevention2073-30462619-0494«Numicom» LLC10.31631/2073-3046-2023-22-2-23-36epidemiology-1773Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESОсобенности эпидемического процесса COVID19 в каждую из пяти волн заболеваемости в РоссииFeatures of the COVID-19 Epidemic Process in Each of the of the Five Waves of Morbidity in Russiahttps://orcid.org/0000-0001-6621-5977КарповаЛ. С.KarpovaL. S.

Карпова Людмила Серафимовна - доктор медицинских наук, старший научный сотрудник, заведующая лабораторией.

197376, Saint-Petersburg Санкт-Петербург, ул. Профессора Попова, д.15/17. +7 (812) 499-15-32, +7 (812) 499-15-33

Karpova Ludmila S. - Dr. Sci. (Med.), senior researcher, head of laboratory.

15/17, prof. Popov street, Saint-Petersburg, 197376,  +7 (812) 499-15-33

epidlab@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1733-1255КомиссаровА. Б.KomissarovA. B.

Андрей Борисович Комиссаров – заведующий лабораторией.

Санкт-Петербург, +7 (812) 499-15-20

Andrey B. Komissarov – head of laboratory.

Saint-Petersburg,+7  (812) 499-15-20

andrey.komissarov@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1765-2799СтоляровК. А.StolyarovK. A.

Кирилл Александрович Столяров – ведущий программист.

Санкт-Петербург,+7 (911) 218-32-43

Kirill A. Stolyarov – lead programmer.

Saint-Petersburg, +7 (911) 218-32-43

kirill@influenza.spb.ruПоповцеваН. М.PopovtsevaN. M.

Нина Михайловна Поповцева – техник.

Санкт-Петербург,+7 (812) 499-15-32

Nina M. Popovtseva – technician.

Saint-Petersburg,+7 (812) 499-15-32

epidlab@influenza.spb.ruСтоляроваТ. П.StolyarovaT. P.

Татьяна Петровна Столярова – техник.

Санкт-Петербург,+7 (812) 499-15-32

Tatyana P. Stolyarova – technician.

Saint-Petersburg,+7 (812) 499-15-32

epidlab@influenza.spb.ruПелихМ. Ю.PelikhM. Yu.

Мария Юрьевна Пелих – научгый сотрудник.

Санкт-Петербург,+7 (812) 499-15-32

Maria Yu. Pelikh  – Researcher.

Saint-Petersburg,+7 (812) 499-15-32

epidlab@influenza.spb.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3643-7354ЛиозновД. А.LioznovD. A.

Дмитрий Анатольевич Лиознов  – директор.

Санкт-Петербург,+7 (812) 499-15-00

Dmitry A. Lioznov – director of the Federal State Budgetary Institution Smorodintsev Research Influenza Institute.

Saint-Petersburg, +7 (812) 499-15-00

dlioznov@yandex.ruФГБУ «Научно-­исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава РФРоссияThe Federal State Budgetary Institution «Smorodintsev Research Influenza Institute» of Ministry of Healthcare of the Russian FederationRussian FederationФГБУ «Научно-­исследовательский институт гриппа им. А.А. Смородинцева» Минздрава РФ; Первый Санкт-­Петербургский Государственный медицинский университет им. И.П. ПавловаРоссияThe Federal State Budgetary Institution «Smorodintsev Research Influenza Institute» of Ministry of Healthcare of the Russian Federation; First Pavlov State Medical UniversityRussian Federation2023080520232222336Copyright © Карпова Л.С., Комиссаров А.Б., Столяров К.А., Поповцева Н.М., Столярова Т.П., Пелих М.Ю., Лиознов Д.А., 20232023Карпова Л.С., Комиссаров А.Б., Столяров К.А., Поповцева Н.М., Столярова Т.П., Пелих М.Ю., Лиознов Д.А.Karpova L.S., Komissarov A.B., Stolyarov K.A., Popovtseva N.M., Stolyarova T.P., Pelikh M.Y., Lioznov D.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/1773Актуальность

Актуальность. По прошествии двух с половиной лет пандемии COVID-19 несомненный интерес представляет оценка особенностей различных этапов пандемии. Цель. Оценить интенсивность эпидемического процесса в каждый из пяти подъёмов COVID-19 в России. Материалы и методы. Проведён анализ заболеваемости, госпитализации и летальных исходов от COVID19 населения в целом и по возрастным группам в 48 (в I подъём) и 54 городах (в V подъём) и данных сайта российского консорциума по секвенированию геномов коронавируса.

Результаты

Результаты. Характер течения первых 5 подъёмов COVID-19 в России остается волнообразным. Подъёмы (волны) заболеваемости начинались в мегаполисах, отличалось направление распространения по ФО в различные волны заболеваемости. Результаты секвенирования геномов показали участие основных геновариантов коронавируса в этиологии заболеваемости в течение 3–4-х подъёмов. Некоторые выявленные геноварианты получали максимальное распространение в последующей волне пандемии. В России доминирующими в I волну заболеваемости были европейские потомки уханьского штамма (74,4%), во II – его дочерние геноварианты (68,5%), в III – AY.122 (80,1%), в IV – AY.122 (84,7%) и в V – Омикрон (76,7%). Выводы. Особенности каждого подъёма заболеваемости COVID-19 зависели от свойств доминирующих геновариантов: их способности передачи от человека к человеку и вирулентности. Скорость распространения пандемии по ФО, восприимчивость всех возрастных групп и интенсивность эпидемий были максимальными в период V подъёма заболеваемости при геноварианте Омикрон. Смертность была минимальной в I  волну заболеваемости, максимальной – в IV при штаммах AY.122 и низкой – в период V подъёма при геновариантах Омикрона. Зависимость от времени года проявлялась подъёмом заболеваемости COVID-19 в летние месяцы в РФ в целом раньше, чем в большинстве ФО (сразу после мегаполисов).

Aim

Aim. To assess the intensity of the epidemic process in each of the five waves of COVID-19 in Russia.

Materials and methods

Materials and methods. The data on morbidity, hospitalization and deaths from COVID-19 of the population as a whole and by age groups from 48 (in the I rise) to 54 cities (in the V wave) and data from the website of the Russian consortium for sequencing coronavirus genomes were analyzed.

Results

Results. The nature of the course of the first 5 waves in the incidence of COVID-19 in Russia remains undulating. The waves in morbidity began in megacities, and the direction of spread across the FD differed in different waves of morbidity. The results of gene sequencing showed the participation of the main genovariants of the coronavirus in the etiology of diseases up to 3-4 waves. Some genovariants identified earlier received maximum distribution in the following wave. In Russia, the European descendants of the Wuhan strain (74.4%) were dominant in the I wave in morbidity, in the II wave – its daughter genovariants (68.5%), in the III – AY.122 (80.1%), in the IV – AY.122 (84.7%) and in the V wave – Omicron (76.7%).

Conclusions

Conclusions. The features of each wave in the incidence of COVID-19 depended on the properties of the dominant genovariants: their ability to transmit from person to person and virulence. The rate of spread of the epidemic by FD, the susceptibility of all age groups and the intensity of epidemics were maximal during the period of the V wave in morbidity with the Omicron gene variant. Mortality was minimal in the I wave of morbidity, maximal in the IV with AY.122 strains and low in the V wave with Omicron genovariants. The influence of the season of the year was manifested in the summer season by an increase in the incidence of COVID-19 earlier in the Russian Federation as a whole (immediately after megacities) than in most federal districts, but with a lower incidence.

5 подъёмов COVID-19 в РФгеноварианты коронавирусазаболеваемостьсмертность Конфликт интересов не заявлен5 COVID-19 waves in the Russian Federationcoronavirus genovariantsmorbidity and mortality No conflict of interest to declareПриносим искреннюю благодарность сотрудникам Территориальных управлений Роспотребнадзора за плодотворное сотрудничество, сотрудникам Сколковского института науки и технологий (Сколтех) и другим участникам Российского консорциума по секвенированию геномов коронавирусов (CORGI) за сотрудничество в сфере геномной эпидемиологии SARS-CoV-2, сотрудникам лечебно-профилактических организаций за предоставление материалов для исследований, а также всем российским лабораториям, депонирующим данные секвенирования SARS-CoV-2 в международную базу данных EpiCov GISAIDwe express our sincere gratitude to the staff of the Territorial Departments of Rospotrebnadzor for their fruitful collaboration, the staff of Skolkovo Institute of Science and Technology (Skoltech) and other members of the Russian Consortium for Coronavirus Genome Sequencing (CORGI) for collaboration in the field of SARS-CoV-2 genomic epidemiology, employees of treatment and prevention institutions for providing research materials, as well as all Russian laboratories depositing SARS-CoV-2 sequencing data into the international EpiCov GISAID databaseReferencesBolze A., Luo Sh., White S., et al. SARS-CoV-2 Variant Delta Rapidly Displaced Variant Alpha in the United States and Led to Higher Viral Loads. Cell Reports Medicine 3, 100564, March 15, 2022.Bolze A., Luo Sh., White S., Cirulli E., et al. SARS-CoV-2 Variant Delta Rapidly Displaced Variant Alpha in the United States and Led to Higher Viral Loads. Cell Reports Medicine 3, 100564, March 15, 2022ВОЗ – Всемирная организация здравоохранения 2022-03-04 14:22:36 Заявление о сублинии BA.2 варианта «омикрон» https://www.who.int/ru/news/item/22-02-2022-statement-on-omicronsublineage-ba.2World Health Organization. Statement on Omicron sublineage BA.2 https://www.who.int/news/item/22-02-2022-statement-on-omicron-sublineage-ba.2ECDC 2022. Situation updates on COVID-19. Variants of concern. Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concernECDC 2022. Situation updates on COVID-19. Variants of concern. Available at: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concernСтародубов В. И., Береговых В. В., Акимкин В. Г. и др. COVID-19 в России: эволюция взглядов на пандемию (часть 1). Вестник Российской академии медицинских наук. - 2022. - Т. 77. - №3. - C. 199–207. doi:10.15690/vramn2118Starodubov V.I., Beregovykh V.V., Akimkin V.G., et al. COVID-19 in Russia: Evolution of Views on the Pandemic. Report I // Annals of the Russian academy of medical sciences. - 2022. - Vol. 77. - N. 3. - P. 199–207. doi: 10.15690/vramn2118Карпова Л. С., Столяров К. А., Поповцева Н. М. и др. Сравнение первых трех волн пандемии COVID-19 в России (2020–2021 гг.). Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(2):4–16. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-2-4-16Karpova L.S., Stolyarov K.A., Popovtseva N.M., et al. Stolyarova T.P., Danilenko D.M. Comparison of the First Three Waves of the COVID-19 Pandemic in Russia in 2020–21. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(2):4–16. (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-2-4-16Стопкоронавирус.рф, доступно по https://стопкоронавирус.рфStopkoronavirus.rf, available at: https://стопкоронавирус.рфКнорре Д. Д., Набиева Е., Гарушянц С. К. Российский консорциум по секвенированию геномов коронавирусов (CORGI), Доступно на: http://taxameter.ru/ (2021)Knorre D.D., Nabieva E., Garushyants S.K. Russian Consortium for Genome Sequencing of Coronaviruses (CORGI), Bazykin G.A. taxameter.ru. http://taxameter.ru / (2021) https://corgi.center/Акимкин В. Г., Попова А. Ю., Плоскирева А. А. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(3):269–286.DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276Akimkin V.G., Popova A.Yu., Ploskireva A.A., et al. COVID-19: the evolution of the pandemic in Russia. Report I: manifestations of the COVID-19 epidemic process. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, èpidemiologii i immunobiologii.2022;99(3):269–286. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-276Даниленко Д. М., Комиссаров А. Б., Стукова М. А., Лиознов Д. А. Быть или не быть: прогноз развития эпидемии COVID-19 в России. Журнал инфектологии. 2020;12(3):6–11. https://doi.org/10.22625/2072-6732-2020-12-3-6-11Danilenko D.M., Komissarov A.B., Stukova M.A., Lioznov D.A. To be or not to be: forecast of Covid-19 epidemic development in Russia. Journal Infectology. 2020;12(3):6–11. (In Russ.) https://doi.org/10.22625/2072-6732-2020-12-3-6-11Klink GV, Safina KR, Nabieva E, et al. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY. Virus Evol. 2022 Mar 5;8(1): veac017. doi: 10.1093/ve/veac017. PMID: 35371558; PMCID: PMC8966696.Klink GV, Safina KR, Nabieva E, et al. The rise and spread of the SARS-CoV-2 AY.122 lineage in Russia. Virus Evol. 2022 Mar 5;8(1): veac017. doi: 10.1093/ve/veac017. PMID: 35371558; PMCID: PMC8966696.Klink GV, Safina KR, Garushyants SK, et al. CoRGI (Coronavirus Russian Genetic Initiative) Consortium. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021. PLoS One. 2022 Jul 20;17(7):e0270717. doi: 10.1371/journal.pone.0270717. PMID: 35857745; PMCID: PMC9299347.Klink GV, Safina KR, Garushyants SK, et al. CoRGI (Coronavirus Russian Genetic Initiative) Consortium. Spread of endemic SARS-CoV-2 lineages in Russia before April 2021. PLoS One. 2022 Jul 20;17(7):e0270717. doi: 10.1371/journal.pone.0270717. PMID: 35857745; PMCID: PMC9299347.Борисова Н. И., Котов И. А., Колесников А. А. и др. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbocovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного cеквенирования. Вопросы вирусологии. 2021;66(4):269–278.Borisova N.I., Kotov I.A., Kolesnikov A.A., et al. Monitoring of the spread of variants of SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbocovirus) in the Moscow region using targeted hign-performance sequencing. Questions of virology. 2021;66(4):269–278 (In Russ.).Бурцева Е. И., Колобухина Л. В., Воронина О. Л. и др. Особенности циркуляции возбудителей ОРВИ на фоне появления и широкого распространения SARS-CoV-2 в период 2018–2021 гг. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(4):16–26. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26Zaitseva N.N., Polyanina A.V., Novikova N.A., et alEpidemiological monitoring of the circulation of genetic variants of the SARS-COV-2 virus on the territory of the Volga Federal District. Proceedings of the XIV Annual All-Russian Congress on Infectious Diseases named after Academician V.I. Pokrovsky, Moscow, March 28-30, 2022. Infectious diseases in the modern world: evolution, current and future threats. M. Med. marketing Agency. 2022. p. 63.Зайцева Н. Н., Полянина А. В., Новикова Н. А. и др. Эпидемиологический мониторинг циркуляции генетических вариантов вируса SARS-COV-2 на территории Приволжского федерального округа. Сборник трудов XIV Ежегодного Всероссийского Конгресса по инфекционным болезням имени академика В.И. Покровского, Москва, 28-30 марта 2022 года. «Инфекционные болезни в современном мире: эволюция, текущие и будущие угрозы» – М.: Мед. маркетинговое агентство, 2022. C. 63.Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Voronina O.L., et al. Features of the circulation of ARVI pathogens against the background of the appearance and widespread spread of SARS-CoV-2 in the period 2018–2021. Epidemiology and Vaccination Prevention. 2022;21(4):16–26 (In Russ.). https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26Акимкин В. Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф. и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022;99(4):381–396. DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295Akimkin V.G., Popova A.Yu., Khafizov K.F., et al. COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology = Zhurnal mikrobiologii, èpidemiologii i immunobiologii. 2022;99(4):381–396 (In Russ.). DOI: https://doi.org/10.36233/0372-9311-295Соминина А. А., Даниленко Д. М., Столяров К. А. и др. Интерференция SARS–CoV–2 с другими возбудителями респираторных вирусных инфекций в период пандемии. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2021; 20(4): 28–39. https://doi: 10.31631/2073–3046–2021–20–4–28–39Sominina A.A., Danilenko D.M., Stolyarov K.A., et al. Interference of SARS–CoV–2 with other Respiratory Viral Infections agents during Pandemic. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2021;20(4):28– 39. (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073–3046–2021–20–4–28–39Слись С.С., Ковалев Е.В., Янович Е.Г. и др. Основные риски формирования чрезвычайной эпидемической ситуации, ассоциированной с новыми респираторными вирусами. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(2):74–82. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-2-74-82Slis’ S.S., Kovalev E.V., Yanovich E.G., et al. The Main Risks of an Еpidemic Emergency Associated with New Respiratory Viruses. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(2):74–82 (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-2-74-82Башкетова Н. С., Фридман Р. К., Катаева И. С. и др. Анализ распространенности и структуры бессимптомного носительства SARS-CoV-2 среди подростков и взрослых в период эпидемического подъема заболеваемости COVID-19 в январе 2022 г. Эпидемиология и инфекционные болезни. 2022;12(1):11–17. DOI:https://dx.doi.org/10.18565/epidem.2022.12.1.11-7Bashketova N.S., Fridman R.K., Kataeva I.S., et al. Analysis of the prevalence and structure of asymptomatic SARS-CoV-2 carrier among adolescents and adults during the epidemic rise in the incidence of COVID-19 in January 2022. Epidemiology and infectious diseases. 2022;12(1):11–17 (In Russ.)Ильинских Е. Н., Решетова А. В., Рудиков А. А. и др. Структура и динамика заболеваемости новой коронавирусной инфекции COVID-19 населения Томской области в 2021 г. Материалы VIII Конгресс Евро-Азиатского конгресса 17–18 мая 2022 г. Журнал Инфектологии. 2022;14(2):48Ilyinskikh E.N., Reshetova A.V., Rudikov A.A., et al. Structure and dynamics of the incidence of a new coronavirus infection COVID-19 of the population of the Tomsk region in 2021. Proceedings of the VIII Congress of the Euro-Asian Congress on May 17–18, 2022. Journal of Infectology 2022;14(2):48. (In Russ.)Кравченко Н. А., Казанова В. Б., Хакимова М. И. и др. Динамика заболеваемости и этиологической структуры острых респираторных инфекций накануне и в первый год распространения COVID-19 в Иркутской области. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(3):50–62. https://doi:10.31631/2073-3046-2022-21-3-50-62Kravchenko NA, Kazanova VB, Khakimova MI, et al. Dynamics of Morbidity and Etiological Structure of Acute Respiratory Infections on the Eve and in the First Year of COVID-19 in the Irkutsk Region. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(3):50–62 (In Russ.). https://doi:10.31631/2073-3046-2022-21-3-50-62

The authors declare that there are no conflicts of interest present.