epidemiologyЭпидемиология и ВакцинопрофилактикаEpidemiology and Vaccinal Prevention2073-30462619-0494«Numicom» LLC10.31631/2073-3046-2024-23-5-4-12epidemiology-2078Research ArticleПРОБЛЕМНАЯ СТАТЬЯPROBLEM-SOLVING ARTICLEБиобезопасность и геномный эпидемиологический надзорBiosafety and Genomic Epidemiological Surveillancehttps://orcid.org/0000-0003-4228-9044АкимкинВ. Г.AkimkinV. G.

Василий Геннадьевич Акимкин – д. м. н., профессор, академик РАНдиректор

Москва

Vasily G. Akimkin – Dr. Sci. (Med.), Professor, Full Member of RAS, Director

Moscow

vgakimkin@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-6686-9011СемененкоТ. А.SemenenkoT. A.

Татьяна Анатольевна Семененко – д. м. н., профессор, главный научный сотрудник отдела эпидемиологии

Москва

Tatyana A. Semenenko – Dr. Sci. (Med.), Professor, Chief researcher, Department of epidemiology

Moscow

semenenko@gamaleya.orghttps://orcid.org/0000-0001-5524-0296ХафизовК. Ф.KhafizovK. F.

Камиль Фаридович Хафизов – к. б. н., заведующий лабораторией геномных исследований

Москва

Kamil F. Khafizov – Cand. Sci. (Biol.), Head, Genomic research laboratory

Moscow

khafizov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-1322-0155УглеваС. В.UglevaS. V.

Углева Светлана Викторовна, д.м.н., доцент, руководитель научно-аналитического отдела

111123, Москва, ул. Новогиреевская, д. 3а.

+7 (495) 974-96-46 (доб. 1122)

Svetlana V. Ugleva – Dr. Sci. (Med.), Assoc. Prof., Head, Scientific and analytical department

Moscow

uglevas@bk.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3093-5731ДубоделовД. В.DubodelovD. V.

Дмитрий Васильевич Дубоделов – к. м. н., с. н. с. лаборатории вирусных гепатитов отдела молекулярной диагностики и эпидемиологии

Москва

Dmitry V. Dubodelov – Cand. Sci. (Med.), senior researcher, Laboratory of viral hepatitis, Department of molecular diagnostics and epidemiology

Moscow

ubodelov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-0684-2503СвердловЕ. Д.SverdlovE. D.

Евгений Давидович Свердлов – д. х. н., профессор, академик РАН, руководитель Центра геномных исследований мирового уровня

Москва

Evgeny D. Sverdlov – Dr. Sci. (Chem.), Professor, Full Member of RAS, Head, World-Class Genomic Research Center

Moscow

edsverd@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0001-7970-7495ЧеркашинаА. С.CherkashinaA. S.

Анна Сергеевна Черкашина – к. х. н., руководитель научной группы генной инженерии и биотехнологии, отдел молекулярной диагностики и эпидемиологии

Москва

Anna S. Cherkashina – Cand. Sci. (Chem.), Head, Research group of genetic engineering and biotechnology

Moscow

cherkashina@pcr.mshttps://orcid.org/0000-0002-0121-521XГасановГ. А.GasanovG. A.

Гасан Алиевич Гасанов – специалист научно-аналитического отдела

Москва

Gasan A. Gasanov – specialist, Scientific and Analytical Department

Moscow

gasanov@cmd.suhttps://orcid.org/0009-0002-3217-0963НадтокаМ. И.NadtokaM. I.

Максим Игоревич Надтока – младший научный сотрудник лаборатории геномных исследований

Москва

Maksim I. Nadtoka – junior researcher, Genomics research laboratory

Moscow

maximnadtoka@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0003-3612-9095РумянцеваН. П.RumyantsevaN. P.

Надежда Петровна Румянцева – лаборант научной группы генной инженерии и биотехнологии, отдел молекулярной диагностики и эпидемиологии

Москва

Nadezhda P. Rumyantseva – laboratory assistant, Research group of genetic engineering and biotechnology

Moscow

nadejda.rumiantceva@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-5646-538XМихайловаЮ. В.MikhailovaYu. V.

Юлия Владимировна Михайлова – заведующая лабораторией молекулярных механизмов антибиотикорезистентности

Москва

Yulia V. Mikhailova – Head of the Laboratory of Molecular Mechanisms of Antibiotic Resistance

Moscow

mihailova@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-7409-077XШеленковА. А.ShelenkovA. A.

Андрей Александрович Шеленков – старший научный сотрудник лаборатории молекулярных механизмов антибиотикорезистентности

Москва

Andrey A. Shelenkov – senior research officer at the Laboratory of Molecular Mechanisms of Antibiotic Resistance

Moscow

shelenkov@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-5456-7649ЕсьманА. С.EsmanA. S.

Анна Сергеевна Есьман – научный сотрудник лаборатории молекулярных методов изучения генетических полиморфизмов

Москва

Anna S. Esman – Researcher, Laboratory of Molecular Methods for Genetic Polymorphisms Research

Moscow

esman@cmd.suhttps://orcid.org/0000-0002-5357-7685АлексеенкоИ. В.AlekseenkoI. V.

Ирина Васильевна Алексеенко – к. б. н., старший научный сотрудник

Москва

Irina V. Alekseenko – Cand. Sci. (Biol.), senior researcher

Moscow

irina.alekseenko@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-3990-8262КондратьеваЛ. Г.KondratyevaL. G.

Лия Германовна Кондратьева – к. б. н., младший научный сотрудник

Москва

Liya G. Kondratyeva – Cand. Sci. (Biol.), junior researcher

Moscow

liakondratyeva@yandex.ruhttps://orcid.org/0009-0000-3956-2148БереговыхР. М.BeregovykhR. M.

Роман Михайлович Береговых – специалист по анализу и обработке данных

Москва

Roman M. Beregovykh – data scientist

Moscow

beregovykh@cmd.suФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» РоспотребнадзораРоссияCentral Research Institute of EpidemiologyRussian FederationФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии имени почетного академика Н. Ф. Гамалеи»РоссияN.F. Gamaleya National Research Center of Epidemiology and MicrobiologyRussian FederationФБУН «ЦНИИ Эпидемиологии» РоспотребнадзораRussian FederationНИЦ «Курчатовский институт»РоссияNational Research Center Kurchatov InstituteRussian Federation202406112024235412Copyright © Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Свердлов Е.Д., Черкашина А.С., Гасанов Г.А., Надтока М.И., Румянцева Н.П., Михайлова Ю.В., Шеленков А.А., Есьман А.С., Алексеенко И.В., Кондратьева Л.Г., Береговых Р.М., 20242024Акимкин В.Г., Семененко Т.А., Хафизов К.Ф., Углева С.В., Дубоделов Д.В., Свердлов Е.Д., Черкашина А.С., Гасанов Г.А., Надтока М.И., Румянцева Н.П., Михайлова Ю.В., Шеленков А.А., Есьман А.С., Алексеенко И.В., Кондратьева Л.Г., Береговых Р.М.Akimkin V.G., Semenenko T.A., Khafizov K.F., Ugleva S.V., Dubodelov D.V., Sverdlov E.D., Cherkashina A.S., Gasanov G.A., Nadtoka M.I., Rumyantseva N.P., Mikhailova Y.V., Shelenkov A.A., Esman A.S., Alekseenko I.V., Kondratyeva L.G., Beregovykh R.M.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/2078

Актуальность. Проблема биологической безопасности сегодня крайне актуальна для всех стран мира из-за расширения спектра реальных и потенциальных угроз, вызванных биологическими агентами, что наглядно продемонстрировала пандемия COVID-19, повлиявшая на все аспекты жизни людей и обнажившая уязвимость системы здравоохранения. Цель. Определить приоритетные направления совершенствования системы эпидемиологического надзора и предотвращения дальнейших пандемий на территории Российской Федерации. Результаты и обсуждение. Для противодействия новым биологическим угрозам в России создана научная концепция будущей биобезопасности, делающая акцент на развитии геномного эпидемиологического надзора, цифровой трансформации и мобильных технологий. Эффективное управление эпидемическим процессом требует постоянного мониторинга мутационной изменчивости возбудителей инфекций с пандемическим потенциалом и оперативного реагирования на новые биологические угрозы, что обеспечивает созданная в России платформа VGARus. Заключение. Геномный эпидемиологический надзор становится ключевым элементом обеспечения биологической безопасности и научно-технологического развития России.

The problem of biological safety is extremely relevant today for all countries of the world because of the real and potential threats caused by biological agents that are dangerous to public health and the environment. Modern microorganisms are becoming increasingly aggressive towards humans, as clearly demonstrated by the COVID-19 pandemic, which has affected all aspects of people's lives and exposed the vulnerability of the healthcare system. According to the Decree of the President of the Russian Federation «On the Fundamentals of the State policy of the Russian Federation in the field of chemical and biological safety for the period up to 2025 and beyond» and the Federal Law «On Biological Safety in the Russian Federation», the main objectives of state policy are to reduce the risks of negative effects of biological factors on the population and the environment. Antimicrobial resistance, the emergence of new infections and the overcoming of interspecific barriers by microorganisms are of particular concern. Infectious disease agents with epidemic potential, such as Ebola, Zika, Marburg, Lassa, MERS-CoV and SARS-CoV viruses, continue to pose a high threat. To counteract new biological threats, Russia has created a scientific concept of future biosafety, focusing on the development of genomic epidemiological surveillance, digital transformation and mobile technologies. Effective management of epidemic processes requires constant monitoring of genetic changes in infectious agents and prompt response to new threats, which allows the VGARus platform created in Russia to monitor virus mutations. Thus, genomic epidemiological surveillance is becoming a key element of ensuring biological safety and scientific and technological development in Russia.

биобезопасностьэпидемиологиягеномный эпидемиологический надзорCOVID-19SARS-CoV-2молекулярно-генетический мониторингглобальные угрозыbiosafetyepidemiologygenomic epidemiological surveillanceCOVID-19SARS-CoV-2molecular genetic monitoringglobal threatsReferencesАкимкин В. Г., Зверев В. В., Кирпичников М. П. и др. Эпидемиологические, клеточные, генетические и эпигенетические аспекты биобезопасности. Вестник Российской академии наук. 2024; 94 (3): 287–298. doi:10.31857/S0869587324030127.Akimkin V.G., Zverev V.V., Kirpichnikov M.P., et al. Epidemiological, cellular, genetic and epigenetic aspects of biosafety. Vestnik Rossijskoj akademii nauk. - 2024. - Vol. 94. - N. 3. - P. 287–298. (In Russ). doi:10.31857/S0869587324030127.Ляпин М. Н., Кутырев В. В. Актуальные проблемы биобезопасности. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2013; 90 (1): 97–102.Lyapin M.N., Kutyrev V.V. Actual problems of biosafety. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2013; 90 (1): 97–102. (In Russ).Акимкин В. Г., Семененко Т. А., Дубоделов Д. В. и др. Теория саморегуляции паразитарных систем и COVID-19. Вестник РАМН. 2024;79(1):33–41. doi:10.15690/vramn11607Akimkin VG, Semenenko TA, Dubodelov DV, et al. The Theory of Self-Regulation of Parasitary Systems and COVID-19. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2024;79(1):33–41. (In Russ.) doi:10.15690/vramn11607Белащенко Д. А., Шоджонов И. Ф. К вопросу об обеспечении биологического суверенитета Российской Федерации. Via in tempore. История. Политология. 2023; 50(4): 1084–1094. doi:10.52575/2687-0967-2023-50-4-1084-1094Belashchenko D.A., Shodzhonov I.F. Revisiting the Guarantees of the Bio-Political Sovereignty of the Russian Federation. Via in tempore. History and political science 2023; 50(4): 1084–1094. (in Russ). doi:10.52575/2687-0967-2023-50-4-1084-1094Семененко Т.А. Роль банка сывороток крови в системе биологической безопасности страны. Вестник Росздравнадзора. 2010;(3):55–8.Semenenko T.A. The role of the blood serum bank in the biological safety system of the country. Bulletin of Roszdravnadzor. 2010;(3):55–8. (In Russ.)Орехов С. Н., Мохов А. А., Яворский А. Н. Устойчивость к антимикробным средствам - фактор риска системы биобезопасности. Безопасность и риск фармакотерапии. 2023;11(3):336–347. doi:10.30895/2312-7821-2023-11-3-336-347Orekhov S.N., Mokhov A.A., Yavorsky A.N. Antimicrobial resistance: a risk factor for the biosafety system. Safety and Risk of Pharmacotherapy. 2023;11(3):336–347. (in Russ). doi:10.30895/2312-7821-2023-11-3-336-347COVID-19: U.S. Impact on Antimicrobial Resistance, Special Report 2022. Centers for Disease Control and Prevention, National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases, Division of Healthcare Quality Promotion; 2022. doi:10.15620/cdc:117915COVID-19: U.S. Impact on Antimicrobial Resistance, Special Report 2022. Centers for Disease Control and Prevention, National Center for Emerging and Zoonotic Infectious Diseases, Division of Healthcare Quality Promotion; 2022. doi:10.15620/cdc:117915Bracing for Superbugs. Strengthening environmental action in the One Health response to antimicrobial resistance. 2023 United Nations Environment Programme. https://www.unep.org/resources/superbugs/environmental-action. Ссылка активна на 4 августа 2024.Bracing for Superbugs. Strengthening environmental action in the One Health response to antimicrobial resistance. 2023 United Nations Environment Programme. Available at: https://www.unep.org/resources/superbugs/environmental-action. Accessed: 4 August 2024.WHO. 2021 AWaRe classification. Доступно на: https://www.who.int/publications/i/item/2021-aware-classification. Ссылка активна на 4 августа 2024.WHO. 2021 AWaRe classification. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/2021-aware-classification. Accessed: 4 August 2024.WHO Updates Blueprint List of Priority Diseases. Доступно на: https://globalbiodefense.com/2018/02/12/who-updates-blueprint-list-of-priority-diseases/. Ссылка активна на 4 августа 2024.WHO Updates Blueprint List of Priority Diseases. Available at: https://globalbiodefense.com/2018/02/12/who-updates-blueprint-list-of-priority-diseases/. Accessed: 4 August 2024.What Is Disease X? The Pandemic Threat Discussed At Davos 2024. Доступно на: https://www.forbes.com/sites/brucelee/2024/01/27/what-is-disease-x-the-pandemic-threat-discussed-at-davos-2024/. Ссылка активна на 4 августа 2024.What Is Disease X? The Pandemic Threat Discussed At Davos 2024. Available at: https://www.forbes.com/sites/brucelee/2024/01/27/what-is-disease-x-the-pandemic-threat-discussed-at-davos-2024/. Accessed: 4 August 2024.Роспотребнадзор прокомментировал заявления о «болезни Х». Доступно на: https://ria.ru/20240114/bolezn-1921282909.html. Ссылка активна на 4 августа 2024.Rospotrebnadzor commented on the statements about «disease X». Available at: https://ria.ru/20240114/bolezn-1921282909.html. Accessed: 4 August 2024.Suzuki, R., Yamasoba, D., Kimura, I. et al. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron variant. Nature 603, 700–705 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04462-1Suzuki, R., Yamasoba, D., Kimura, I. et al. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 Omicron variant. Nature 603, 700–705 (2022). doi:10.1038/s41586-022-04462-1Willett, B.J., Grove, J., MacLean, O.A. et al. SARS-CoV-2 Omicron is an immune escape variant with an altered cell entry pathway. Nat Microbiol 7, 1161–1179 (2022). https://doi.org/10.1038/s41564-022-01143-7Willett, B.J., Grove, J., MacLean, O.A. et al. SARS-CoV-2 Omicron is an immune escape variant with an altered cell entry pathway. Nat Microbiol 7, 1161–1179 (2022). doi:10.1038/s41564-022-01143-7Willett, B.J., Grove, J., MacLean, O.A., et al. SARS-CoV-2 Omicron is an immune escape variant with an altered cell entry pathway. Nat Microbiol 7, 1161–1179 (2022). https://doi.org/10.1038/s41564-022-01143-7Willett, B.J., Grove, J., MacLean, O.A. et al. SARS-CoV-2 Omicron is an immune escape variant with an altered cell entry pathway. Nat Microbiol 7, 1161–1179 (2022). doi:10.1038/s41564-022-01143-7Dejnirattisai W, Huo J, Zhou D, et al. SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses. Cell. 2022;185(3):467–484.e15. https://doi.org/10.1016/j.cell.2021.12.046Dejnirattisai W, Huo J, Zhou D, et al. SARS-CoV-2 Omicron-B.1.1.529 leads to widespread escape from neutralizing antibody responses. Cell. 2022;185(3):467–484.e15. doi:10.1016/j.cell.2021.12.046Tegally, H., Moir, M., Everatt, J., et al. Emergence of SARS-CoV-2 Omicron lineages BA.4 and BA.5 in South Africa. Nat Med 28, 1785–1790 (2022). https://doi.org/10.1038/s41591-022-01911-2Tegally, H., Moir, M., Everatt, J. et al. Emergence of SARS-CoV-2 Omicron lineages BA.4 and BA.5 in South Africa. Nat Med 28, 1785–1790 (2022). doi:10.1038/s41591-022-01911-2Будущее биобезопасности на Форуме будущих технологий 13.02.2024 г. Доступно на: https://rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=26987. Ссылка активна на 4 августа 2024.The future of Biosafety at the Forum of Future Technologies on 02/13/2024 Available at: https://rospotrebnadzor.ru/about/info/news/news_details.php?ELEMENT_ID=26987. Accessed: 4 August 2024.Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential 2022–2032. Доступно на: https://www.who.int/initiatives/genomic-surveillance-strategy. Ссылка активна на 4 августа 2024.Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential 2022–2032. Available at: https://www.who.int/initiatives/genomic-surveillance-strategy. Accessed: 4 August 2024.Carter L.L., Yu M.A., Sacks J.A., et al. Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential, 2022–2032. Bull. World Health Organ. 2022;100(4):239–A. doi:10.2471/blt.22.288220Carter L.L., Yu M.A., Sacks J.A., et al. Global genomic surveillance strategy for pathogens with pandemic and epidemic potential, 2022–2032. Bull. World Health Organ. 2022;100(4):239–A. doi:10.2471/blt.22.288220Акимкин В. Г., Семененко Т. А., Углева С. В. и др. COVID-19 в России: эпидемиология и молекулярно-генетический мониторинг. Вестник Российской академии медицинских наук. 2022;77(4):254–60. doi:10.15690/vramn2121Akimkin V.G., Semenenko T.A., Ugleva S.V., et al. COVID-19 in Russia: epidemiology and molecular genetic monitoring. Annals of the Russian Academy of Medical Sciences. 2022;77(4):254–60. (in Russ). doi:10.15690/vramn2121Akimkin, V.; Semenenko, T.A.; Ugleva, S.V.; Dubodelov, D.V.; Khafizov, K. COVID-19 Epidemic Process and Evolution of SARS-CoV-2 Genetic Variants in the Russian Federation. Microbiol. Res. 2024, 15, 213–224. doi:10.3390/microbiolres15010015Akimkin, V., Semenenko, T.A., Ugleva, S.V., et al. COVID-19 Epidemic Process and Evolution of SARS-CoV-2 Genetic Variants in the Russian Federation. Microbiol. Res. 2024, 15, 213–224. doi:10.3390/microbiolres15010015Котов И. А., Аглетдинов М. Р., Роев Г. В. и др. Геномный надзор за SARS-CoV-2 в Российской Федерации: возможности платформы VGARus. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024;101(4):435–447. doi:10.36233/0372-9311-554Kotov I.A., Agletdinov M.R., Roev G.V., et al. Genomic Surveillance of SARS-CoV-2 in Russia: Insights from the VGARus Platform. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. - 2024. - Vol. 101. - N. 4. - P. 435–447. doi:10.36233/0372-9311-554Берман А. М. Влияние биологических вызовов на общественно-политические отношения: проблемы и перспективы. Территория новых возможностей. Вестник Владивостокского государственного университета экономики и сервиса. – 2020; 12(4): 79–87. doi:10.24866/VVSU/2073-3984/2020-4/079-087Berman A.M. Impact of biological challenges on social and political relations: issues and prospects, The Territory of New Opportunities. The Herald of Vladivostok State University of Economics and Service, 2020, Vol. 12, № 4, pp. 79–87. doi:10.24866/VVSU/2073-3984/2020-4/079-087Акимкин В. Г., Семененко Т. А., Хафизов К. Ф. и др. Стратегия геномного эпидемиологического надзора. Проблемы и перспективы. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024;101(2):163–172. doi:10.36233/0372-9311-507Akimkin V.G., Semenenko T.A., Khafizov K.F., et al. Genomic surveillance strategy. Problems and perspectives. Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2024;101(2):163–172. (in Russ). doi:10.36233/0372-9311-507WHO Director-General’s High-Level Welcome at the Seventy-seventh World Health Assembly – 27 May 2024. Доступно на: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-high-level-welcome-at-the-seventy-seventh-world-health-assembly-27-may-2024. Ссылка активна на 4 августа 2024.WHO Director-General’s High-Level Welcome at the Seventy-seventh World Health Assembly – 27 May 2024. Available at: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-high-level-welcome-at-the-seventy-seventh-world-health-assembly-27-may-2024. Accessed: 4 August 2024.Pandemic prevention, preparedness and response accord. Доступно на: https://www.who.int/ru/news-room/questions-and-answers/item/pandemic-prevention--preparedness-and-response-accord. Ссылка активна на 4 августа 2024.Pandemic prevention, preparedness and response accord. Available at: https://www.who.int/ru/news-room/questions-and-answers/item/pandemic-prevention--pre-paredness-and-response-accord. Accessed: 4 August 2024.World Health Assembly agreement reached on wide-ranging, decisive package of amendments to improve the International Health Regulations. Доступно на: https://www.who.int/news/item/01-06-2024-world-health-assembly-agreement-reached-on-wide-ranging--decisive-package-of-amendments-to-improve-the-international-health-regulations--and-sets-date-for-finalizing-negotiations-on-a-proposed-pandemic-agreement. Ссылка активна на 4 августа 2024.World Health Assembly agreement reached on wide-ranging, decisive package of amendments to improve the International Health Regulations. Available at: https://www.who.int/news/item/01-06-2024-world-health-assembly-agreement-reached-on-wide-ranging--decisive-package-of-amendments-to-improve-the-international-health-regulations--and-sets-date-for-finalizing-negotiations-on-a-proposed-pandemic-agreement. Accessed: 4 August 2024.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.