epidemiologyЭпидемиология и ВакцинопрофилактикаEpidemiology and Vaccinal Prevention2073-30462619-0494«Numicom» LLC10.31631/2073-3046-2017-16-1-39-42epidemiology-233Research ArticleЭПИДЕМИОЛОГИЯEPIDEMIOLOGYМолекулярная эпидемиология вируса бешенства на территории Российской ФедерацииMolecular Epidemiology of Rabies Virus in the Territory of the Russian FederationДевяткинА. А.DeviatkinA. A.andreideviatkin@gmail.comЛукашевА. Н.LukashevA. N.alexander_lukashev@hotmail.comПолещукЕ. М.PoleshchukE. M.e-poleschuk@yandex.ruТкачёвС. Е.TkachevS. E.tkachev@niboch.nsc.ruДедковВ. Г.DedkovV. G.vgdedkov@yandex.ruСидоровГ. Н.SidorovG. N.g.n.sidorov@ompgu.ruЩелкановМ. Ю.ShchelkanovM. Yu.adorob@mail.ruГалкинаИ. В.GalkinaI. V.galkina333@mail.ruКаргановаГ. Г.KarganovaG. G.karganova@bk.ruГаврилоМ. В.GavriloM. V.m_gavrilo@mail.ruШипулинГ. А.ShipulinG. A.shipulin@cmd.suФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; ФГБНУ «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова»; ФГБНУ «НИИ медицины труда»РоссияFederal Budget Institution of Science «Central Research Institute of Epidemiology», Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing; Federal State Budget Institute of Science «Chumakov Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitides»; Federal State Budget Institute of Science «Research Institute of Occupational Health»Russian FederationФГБНУ «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова»РоссияFederal State Budget Institute of Science «Chumakov Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitides»Russian FederationФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» РоспотребнадзораРоссияFederal Budget Institution of Science «Institute for Natural Foci Infections»Russian FederationИнститут химической биологии и фундаментальной медицины СО РАНРоссияInstitute of Chemical Biology and Fundamental Medicine, Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian FederationФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора; ФГБНУ «Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова»РоссияFederal Budget Institution of Science «Central Research Institute of Epidemiology», Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human Wellbeing; Federal State Budget Institute of Science «Chumakov Institute of Poliomyelitis and Viral Encephalitides»Russian FederationФБУН «Омский НИИ природно-очаговых инфекций» Роспотребнадзора; ФГБОУ ВПО «Омский государственный педагогический университет»РоссияFederal Budget Institution of Science «Institute for Natural Foci Infections»; Federal Budget Institution of Science «Omsk State Pedagogical UniversityRussian FederationГАОУ ВПО «Дальневосточный федеральный университет»РоссияState Autonomous Educational Institution of Higher Professional Education «Far Eastern Federal University»Russian FederationФГБУ «Национальный парк «Русская Арктика»РоссияFederal State Budget Institute «National Park «Russian Arctic»Russian FederationФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» РоспотребнадзораРоссияFederal Budget Institution of Science «Central Research Institute of Epidemiology», Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human WellbeingRussian Federation2017200220171613942Copyright © Девяткин А.А., Лукашев А.Н., Полещук Е.М., Ткачёв С.Е., Дедков В.Г., Сидоров Г.Н., Щелканов М.Ю., Галкина И.В., Карганова Г.Г., Гаврило М.В., Шипулин Г.А., 20172017Девяткин А.А., Лукашев А.Н., Полещук Е.М., Ткачёв С.Е., Дедков В.Г., Сидоров Г.Н., Щелканов М.Ю., Галкина И.В., Карганова Г.Г., Гаврило М.В., Шипулин Г.А.Deviatkin A.A., Lukashev A.N., Poleshchuk E.M., Tkachev S.E., Dedkov V.G., Sidorov G.N., Shchelkanov M.Y., Galkina I.V., Karganova G.G., Gavrilo M.V., Shipulin G.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/233

Определена нуклеотидная последовательность N-гена 81 штамма вируса бешенства, изолированных на территории Российской Федерации в период с 2008 по 2016 гг. Для реконструкции филогенетических событий были проанализированы 100 последовательностей N-генов вируса бешенства. Также была проведена временная датировка появления геновариантов вируса бешенства. Установлено, что вирусы-«космополиты» степного типа подразделяются на две филогенетически дискретные подгруппы с характерной географической локализацией. В работе впервые описана циркуляция вирусов подгруппы А2 (Канада, Аляска, Якутия) на территории севера Европейской части Российской Федерации и архипелага Земля Франца-Иосифа. Присутствие геноварианта вируса бешенства степного типа было зарегистрировано на территории Приморского края и, по всей видимости, является результатом антропогенного переноса вируса.

In this study, we report the phylogenetic relationship of RABV circulating in Russia. A total of 81 new isolates obtained from different regions of Russia in 2008 - 2016 were partially sequenced. Evolutionary analysis based on 100 representative sequences of rabies virus N-gene fragments (1110 nt) with sample time span ranging from 1977 to 2016 was made by the Bayesian coalescent analysis. Temporal estimates for major evolutionary events were done. The division of steppe rabies virus group C to discrete subgroups was revealed. According to our data, this most widespread in the Russian Federation group emerged in the beginning of the 1940th. The presence of steppe rabies virus was detected in the Far East (Primorsky Krai). The most likely cause of this event is anthropogenic introduction.. For the first time, representatives of arctic rabies subgroup A2 were isolated in the north of European Russia and FranzJosef Land. Evolutionary analysis suggested relatively recent emergence of all rabies virus groups currently circulating in the territory of the Russian Federation.

БешенствофилогенетикаRabiesphylogeneticsReferencesKnobel D.L., Cleaveland S., Coleman P.G., F vre E.M., Meltzer M.I., Miranda M.E. et al. Re-evaluating the burden of rabies in Africa and Asia. Bull World Health Organ. 2005; 83 (5): 360 - 368.Knobel D.L., Cleaveland S., Coleman P.G., Fèvre E.M., Meltzer M.I., Miranda MEG et al . Re-evaluating the burden of rabies in Africa and Asia. Bull World Health Organ. 2005; 83 (5): 360 – 368.Fooks A.R., Banyard A.C., Horton D.L., Johnson N., McElhinney L.M., Jackson A.C. Current status of rabies and prospects for elimination. Lancet. 2014; 6736 (13):1 - 11. Доступно на: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24828901Fooks A.R., Banyard A.C., Horton D.L., Johnson N., McElhinney L.M., Jackson A.C. Current status of rabies and prospects for elimination. Lancet. 2014; 6736 (13): 1 – 11. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24828901Bouckaert R., Heled J., K hnert D., Vaughan T., Wu C.H., Xie D. et al. BEAST 2: A Software Platform for Bayesian Evolutionary Analysis,” PLoS Comput. Biol. 2014; 10 (4): 1 - 6, Доступно на: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24722319Bouckaert R., Heled J., Kühnert D., Vaughan T., Wu C.H., Xie D. et al. BEAST 2: A Software Platform for Bayesian Evolutionary Analysis,” PLoS Comput. Biol. 2014; 10 (4): 1 – 6, Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24722319Kuzmin I.V., Botvinkin A.D., McElhinney L.M., Smith J.S., Orciari L.F., Hughes G.J. et al. Molecular epidemiology of terrestrial rabies in the former Soviet Union. J. Wildl. Dis. 2004 Oct.; 40 (4): 617 - 631. Доступно на: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15650080Kuzmin I.V., Botvinkin A.D., McElhinney L.M., Smith J.S., Orciari L.A., Hughes G.J. et al. Molecular epidemiology of terrestrial rabies in the former Soviet Union. J Wildl Dis . 2004 Oct;40 (4): 617 – 631. Available at: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15650080Metlin A.E., Rybakov S., Gruzdev K., Neuvonen E., Huovilainen А. Genetic heterogeneity of Russian, Estonian and Finnish field rabies viruses. Arch. Virol. 2007 Jan.;152 (9): 1645 - 54. Доступно на: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17558542Metlin A.E., Rybakov S., Gruzdev K., Neuvonen E., Huovilainen A. Genetic heterogeneity of Russian, Estonian and Finnish field rabies viruses. Arch Virol . 2007 Jan.; 152 (9):1645 – 54. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17558542Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Грибенча С.В. Итоги изучения антигенного и генетического разнообразия вируса бешенства в популяциях наземных млекопитающих России. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (3): 9 - 16.Polishchuk E.M., Sidorov G.N., Gribencha S.T. Results of the study of the antigenic and genetic diversity of the rabies virus in populations of Russia terrestrial mammals. Problems of Virology. [Voprosi virusologii]. 2013; 58 (3): 9 – 16.Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Ткачёв С.Е., Девяткин А.А., Дедков В.Г., Очкасова Ю.В. и др. Эколого-вирусологические особенности эпизоотического процесса бешенства в центрально- чернозёмном районе России. Ветеринарная патология. 2013; 2: 101 - 108.Polishchuk E.M., Sidorov G.N., Tkachev C.E., Devyatkin A.A., Dedkov S.H. Ochkasova S.E. et al. Environmental and virological features of rabies epizootic process in the Central Black Earth region of Russia. Veterinary pathology. [Veterenarnaya patologia]. 2013; 2: 101 – 108.Полещук Е.М., Сидоров Г.Н., Ткачёв С.Е. Молекулярная эпидемиология бешенства на юге Восточной Сибири. Инфекция и иммунитет. 2013; 3 (2): 164 - 164.Polishchuk E.M., Sidorov G.N., Tkachev S.E. Molecular epidemiology of rabies in the south of Eastern Siberia. Infection and Immunity. [Infekcii i immunitet].2013; 3 (2): 164 – 164.Чупин С.А., Чернышова Е.В., Метлин А.Е. Генетическая характеристика полевых изолятов вируса бешенства , выявленных на территории Российской Федерации в период 2008 - 2011 гг. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (4): 44 -48.Chupin S.A., Chernyshova E.B., Metlin A.E., Genetic characterization of field isolates of rabies virus, identified in the Russian Federation in the 2008 - 2011. Problems of Virology. [Voprosi virusologii]. 2013; 58 (4): 44 – 49.Сидоров Г.Н. Аспекты исторического развития природных очагов бешенства в Европе и Северной Азии. Ветеринарная патология. 2002; 1: 21 - 25.Sidorov G.N. Aspects of the historical development of natural foci of rabies in Europe and North Asia. Veterinary pathology. [Veterenarnaya patologia]. 2002; 1: 21 – 25.Shchelkanov M.Y., Deviatkin A.A., Ananiev V.Y., Dedkov VG, Shipulin GA, Sokol NN, et al. Complete Genome Sequence of a Rabies Virus Strain Isolated from a Brown Bear ( Ursus arctos ) in Primorsky Krai, Russia (November 2014). Genome Announc. 2016 Aug 25 4 (4):e00642-16. Доступно на: http://genomea. asm.org/lookup/doi/10.1128/genomeA.00642-16.Shchelkanov M.Y., Deviatkin A.A., Ananiev V.Y., Dedkov V.G., Shipulin G.A., Sokol N.N. et al. Complete Genome Sequence of a Rabies Virus Strain Isolated from a Brown Bear (Ursus arctos) in Primorsky Krai, Russia (November 2014). Genome Announc . 2016 Aug. 25; 4(4): e00642-16. Available at: http://genomea.asm.org/lookup/doi/10.1128/genomeA.00642-16

The authors declare that there are no conflicts of interest present.