epidemiologyЭпидемиология и ВакцинопрофилактикаEpidemiology and Vaccinal Prevention2073-30462619-0494«Numicom» LLC10.31631/2073-3046-2017-16-2-75-79epidemiology-264Research ArticleИНФОРМАЦИЯ ЕРБ ВОЗWHO/EUROPE INFORMATIONВстречаемость и генетическое разнообразие вируса Кемерово в иксодовых клещах Западной СибириOccurrence and Genetic Diversity of Kemerovo Virus in Ixodid Tick of Western SiberiaТкачевС. Е.TkachevS. E.tkachev@niboch.nsc.ruТикуновА. Ю.TikunovA. Yu.noemail@neicon.ruБабкинИ. В.BabkinI. V.noemail@neicon.ruЛивановаН. Н.LivanovaN. N.noemail@neicon.ruЛивановС. Г.LivanovS. G.noemail@neicon.ruПановВ. В.PanovV. V.noemail@neicon.ruЯкименкоВ. В.YakimenkoV. V.noemail@neicon.ruТанцевА. К.TantsevA. K.noemail@neicon.ruТараненкоД. Е.TaranenkoD. E.noemail@neicon.ruТикуноваН. В.TikunovaN. V.noemail@neicon.ruФГБУН «Институт химической биологии и фундаментальной медицины» СО РАНРоссияFederal State Budgetary Institution of Science «Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine» Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian FederationФГБУН «Институт химической биологии и фундаментальной медицины» СО РАН; ФГБУН «Институт систематики и экологии животных СО РАН»РоссияFederal State Budgetary Institution of Science «Institute of Chemical Biology and Fundamental Medicine» Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences;Federal State Budgetary Institution of Science «Institute of Systematics and Ecology of Animals» Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian FederationФГБУН «Институт систематики и экологии животных СО РАН»РоссияFederal State Budgetary Institution of Science «Institute of Systematics and Ecology of Animals» Siberian Branch of the Russian Academy of SciencesRussian FederationФБУН «Омский научно-исследовательский институт природно-очаговых инфекций» РоспотребнадзораРоссияFederal State Institution of Science «Omsk Research Institute of Natural Foci Infections», Federal Service for Surveillance on Consumer Rights Protection and Human WellbeingRussian Federation2017200420171627579Copyright © Ткачев С.Е., Тикунов А.Ю., Бабкин И.В., Ливанова Н.Н., Ливанов С.Г., Панов В.В., Якименко В.В., Танцев А.К., Тараненко Д.Е., Тикунова Н.В., 20172017Ткачев С.Е., Тикунов А.Ю., Бабкин И.В., Ливанова Н.Н., Ливанов С.Г., Панов В.В., Якименко В.В., Танцев А.К., Тараненко Д.Е., Тикунова Н.В.Tkachev S.E., Tikunov A.Y., Babkin I.V., Livanova N.N., Livanov S.G., Panov V.V., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Taranenko D.E., Tikunova N.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.epidemvac.ru/jour/article/view/264

Вирус Кемерово (ВК), представитель семейства Reoviridae, род Orbivirus, переносится иксодовыми клещами и может вызывать поражения центральной нервной системы человека. Встречаемость и генетическое разнообразие ВК в Западной Сибири остаются слабо изученными, поэтому целью данной работы являлось изучение распространенности и генетической вариабельности ВК в иксодовых клещах в Западной Сибири. На присутствие РНК вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и ВК было проанализировано 1958 клещей Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi и их гибридов из Новосибирской и Омской областей и Республики Алтай (Россия) и Восточно-Казахстанской области (Казахстан). Было показано, что ареал ВК в Западной Сибири шире, чем полагали ранее, и включает в себя Северный и Северовосточный Алтай, в дополнение к Омской и Новосибирской областям. Впервые ВК был найден на территории Казахстана. Встречаемость ВК была статистически ниже, чем ВКЭ на большинстве исследуемых территорий Западной Сибири. ВК был найден как в клещах I. persulcatus и I. pavlovskyi, так и их гибридах. Варианты вируса, выявленные в 2010-е годы, генетически отличались от таковых, выделенных в 60-е годы прошлого столетия. Анализ последовательностей фрагментов сегментов 1 и 2 генома выявленных изолятов ВК указывает на возможную реассортацию вируса.

Kemerovo virus (KEMV), a member of Reoviridae family, Orbivirus genus, is transmitted by ixodes ticks and can cause the damage of human central nervous system. The occurrence and genetic diversity of KEMV in Western Siberia still remained poorly studied, so, the aim of this work was to investigate the prevalence and genetic variability of KEMV in ixodid ticks from Western Siberia. A total of 1958 Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi ticks and their hybrids from Novosibirsk and Omsk provinces, Altai Republic (Russia) and East Kazakhstan province (Kazakhstan) were analyzed for the presence of KEMV and tick-borne encephalitis virus (TBEV) RNA. It was shown that KEMV distribution area in Western Siberia was wider and included Northern and Northeastern Altai in addition to Omsk and Novosibirsk provinces. For the first time this virus was found in Kazakhstan. The occurrence of KEMV was statistically lower than TBEV in most locations in Western Siberia. KEMV was found both in I. persulcatus and I. pavlovskyi ticks and in their hybrids. Notably, KEMV variants found in 2010s genetically differ from those isolated in 1960s. Moreover, the possibility of reassortment for KEMV was demonstrated for the first time.

вирус Кемерововирус клещевого энцефалитаIxodes persulcatusIxodes pavlovskyiгибридыЗападная СибирьКазахстанKemerovo virustick-borne encephalitis virusIxodes persulcatusIxodes pavlovskyihybridsWestern SiberiaKazakhstanReferencesHubаlek Z., Rudolf I. Tick-borne viruses in Europe. Parasitol. Res. 2012; 111(1): 9-36. doi: 10.1007/s00436-012-2910-1.Hubаlek Z., Rudolf I. Tick-borne viruses in Europe. Parasitol. Res. 2012; 111(1): 9-36. doi: 10.1007/s00436-012-2910-1.Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57 (1 - 2): 129 - 146. doi: 10.1016/S0166-3542(02)00206-1.Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57 (1 – 2): 129 – 146. doi: 10.1016/S0166-3542(02)00206-1.Chumakov M.P. Report on isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in Western Siberia of a virus differing from agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7 (1): 82 - 83.Chumakov M.P. Report on isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in Western Siberia of a virus differing from agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7 (1): 82 – 83.Libikova H., Mayer V., Kozuch O., Rehacek J., Ernek E., Albrecht P. Isolation from Ixodes persulcatus ticks of cytopathic agents (Kemerovo virus) differing from tick-borne encephalitis virus and some of their properties. Acta Virol. 1964; 8: 289 - 301.Libikova H., Mayer V., Kozuch O., Rehacek J., Ernek E., Albrecht P. Isolation from Ixodes persulcatus ticks of cytopathic agents (Kemerovo virus) differing from tick-borne encephalitis virus and some of their properties. Acta Virol. 1964; 8: 289 – 301.Dedkov V.G. Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., et al. Prevalence of Kemerovo virus in ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick Borne Dis. 2014; 5(6): 651-655. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.01.Dedkov V.G. Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., et al. Prevalence of Kemerovo virus in ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick Borne Dis. 2014; 5 (6): 651 – 655. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.01.Tkachev S., Panov V., Dobler G., Tikunova N. First detection of Kemerovo virus in Ixodes pavlovskyi and Ixodes persulcatus ticks collected in Novosibirsk region, Russia. Ticks Tick-Borne Dis. 2014; 5(5): 494 - 496. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.03.003.Tkachev S., Panov V., Dobler G., Tikunova N. First detection of Kemerovo virus in Ixodes pavlovskyi and Ixodes persulcatus ticks collected in Novosibirsk region, Russia. Ticks Tick-Borne Dis. 2014; 5(5): 494-496. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.03.003.Ткачев С.Е., Ливанова Н.Н. Разработка системы молекулярного видотипирования клещей Ixodes persulcatus и Ixodes pavlovskyi. Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2012; 5(1): 325 - 327.Tkachev S.E., Livanova N.N. The development of system for molecular species-typing of Ixodes persulcatus and Ixodes pavlovskyi ticks. Bull. Sibirskogo otdelenia RAMN. [Bulletin of the East Siberian Scientific Center of the Siberian Branch of the Russian Academy of Medical Sciences] 2012; 5 (1): 325 – 327 (in Russian).Livanova N.N., Tikunov A.Yu., Kurilshikov A.M., Livanov S.G., Fomenko N.V., Taranenko D.E., et al. Genetic diversity of Ixodes pavlovskyi and I. persulcatus (Acari: Ixodidae) from the sympatric zone in the south of Western Siberia and Kazakhstan. Exp. Appl. Acarol. 2015; 67: 441-456. doi: 10.1007/s10493-015-9947-7.Livanova N.N., Tikunov A.Yu., Kurilshikov A.M., Livanov S.G., Fomenko N.V., Taranenko D.E., et al. Genetic diversity of Ixodes pavlovskyi and I. persulcatus (Acari: Ixodidae) from the sympatric zone in the south of Western Siberia and Kazakhstan. Exp. Appl. Acarol. 2015; 67: 441 – 456. doi: 10.1007/s10493-015-9947-7.Tkachev S.E., Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Doroshchenko E.K., et al. Genetic studies of tick-borne encephalitis virus strains from Western and Eastern Siberia. In: Flavivirus encephalitis (Ed. R ek, D.). Croatia: InTech; 2011: 235 - 254.Tkachev S.E., Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Doroshchenko E.K., et al. Genetic studies of tick-borne encephalitis virus strains from Western and Eastern Siberia. In: Flavivirus encephalitis (Ed. Růžek, D.). Croatia: In Tech; 2011: 235 – 254.Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091.Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28: 1166-1167. doi:10.1093/bioinformatics/bts091.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular evolutionary genetics zanalysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30: 27252729. doi: 10.1093/molbev/mst197.Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular evolutionary genetics zanalysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30: 2725-2729. doi: 10.1093/molbev/mst197.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.