Применение молекулярно-генетических инструментов для оценки трансграничной передачи туберкулеза в Иркутской области

Актуальность. Иркутская область относится к территориям России, неблагополучным по туберкулезу. Ситуация в области усугубляется существованием активных туристических и торгово-транспортных контактов с Монголией, которая является страной с более высоким бременем ТБ. 
Цель. Оценить возможность использования клинического материала от больных ТБ для реализации оперативного мониторинга в системе эпидемиологического анализа трансграничного распространения туберкулеза.
Материалы и методы. Исследован 161 образец мокроты и операционного материала от впервые выявленных больных ТБ с положительным результатом молекулярно-генетического теста в системе GeneXpert MTB/RIF. Методом ПЦР с детекцией в реальном времени (ПЦР-РВ) с праймерами и зондами собственного дизайна была проведена идентификация эпидемических субтипов генотипа Beijing (субтипы В0/W148, Central Asian, Asian-African 2. 
Результаты и обсуждение. Использование мокроты и операционного материала с положительными результатами молекулярно-генетического теста и микроскопии в качестве диагностического образца позволяет обнаружить различия между эпидемическими субтипами генотипа Beijing в 92,9% случаев. Частота выявления российских эпидемических субтипов Central Asian (45,1%) и В0/W148 (20,3%) в клинических образцах значимо не отличается от данных по штаммам M. tuberculosis в Иркутской области. «Монгольский» субтип Asian-African 2 генотипа Beijing в исследуемой когорте не идентифицирован ни одном случае. 
Выводы. Полученные результаты свидетельствуют о применимости использованных тестов на клинических образцах как инструмента для экспресс-мониторинга в комплексе эпидемиологического надзора трансграничной передачи туберкулеза.

1. Pérez-Lago L., Martínez Lirola M., Herranz M., et al. Fast and low-cost decentralized surveillance of transmission of tuberculosis based on strain-specific PCRs tailored from whole genome sequencing data: a pilot study. Clin Microbiol Infect. 2015 Vol. 249.e1–e9.

2. Нарвская О. В., Мокроусов И. В., Вязовая А. А. и др. Молекулярно-генетические исследования возбудителя в системе эпидемиологического надзора за туберкулезом // Медицинский альянс. 2014. № 1. С. 75–85.

3. Coll P. de Viedma D.G. Molecular epidemiology of tuberculosis //Enfermedades infecciosas y microbiologia clinica (English ed.). 2018.Vol. 36. №4. P. 233–240.

4. Pérez-Lago L., Herranz M., Comas I., et al. Ultrafast Assessment of the Presence of a High-Risk Mycobacterium tuberculosis Strain in a Population // J. Clin Microbiol. 2016. Vol. 54(3). P. 779–81.

5. Ревякина О. В., Филиппова О. П., Фелькер И. Г. и др. Туберкулёз в Сибирском и Дальневосточном федеральных округах. Информационно-аналитический обзор. ННИИТ, 2020. – 99с. Электронное издание ISBN 978-5-6045088-0-0

6. National Statistical Office of Mongolia. Socio-Economic situation of Mongolia. Доступно на: htpp://1212.mn/BookLibraryDownload.ashx?url=Bulletin_2019_09_eng.pdf&ln=En (Ссылка активна на 12 декабря 2021)

7. Бадлеева М. В., Жданова С. Н., Баасансурэн Э. и др. Молекулярно-генетические особенности туберкулеза в Монголии и граничащих с ней регионах России. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2017;Т.16(5):53–57.

8. Жданова С. Н., Бадлеева М. В., Хромова П. А. и др. Молекулярная эпидемиология туберкулеза c множественной лекарственной устойчивостью в Монголии и Восточной Сибири: два независимых процесса распространения доминирующих штаммов. Инфекция и иммунитет. 2021. Т. 11(2). С. 337–348.

9. Хромова П. А., Огарков О. Б., Жданова С. Н. и др. Выявление высокотрансмиссивных генотипов возбудителя в клиническом материале для прогноза неблагоприятного течения туберкулёза. Клиническая лабораторная диагностика. 2017. Т. 62. № 10. С. 622–627.

10. Ogarkov O., Mokrousov I., Sinkov V., et al. ‘Lethal’ combination of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype and human CD209 -336 G allele in Russian male population. Infect. Genet. Evol. 2012. Vol.12, №. 4, Р. 732–736.

11. Eurasian Patent № 032489 Олигонуклеотидные праймеры, флуоресцентные Днк-зонды и способ выявления Mycobacterium tuberculosis клонального комплекса 2 -W148 генотипа Beijing в клинических образцах. Доступно на: https://www.eapo.org/en/publications/publicat/viewpubl.php?id=032489. Ссылка активна на 12 декабря 2021.

12. Shitikov E., Kolchenko S., Mokrousov I., et al. Evolutionary pathway analysis and unified classification of East Asian lineage of Mycobacterium tuberculosis. Sci. Rep. 2017. Vol. 23, № 7(1). е9227.

13. Reed M.B., Pichler V.K., McIntosh F., et al. Major Mycobacterium tuberculosis lineages associate with patient country of origin. J. Clin. Microbiol. 2009. Vol. 47, № 4. Р. 1119–1128.

14. Лац А. А., Жданова С. Н., Огарков О. Б. и др. Применение делеционного анализа по RD105 для выявления генотипа Пекин Mycobacterium tuberculosis. Бюллетень Восточно-Сибирского научного центра Сибирского отделения Российской академии медицинских наук. 2011. Т. 78, № 2. С. 194–197.

15. Domínguez, J., Acosta, F., Pérez-Lago, L., et al. Simplified model to survey tuberculosis transmission in countries without systematic molecular epidemiology programs // Emerging Infectious Diseases. 2019. Vol.25(3), Р. 507–514.

16. Merker M., Blin C., Mona S., et al. Evolutionary history and global spread of the Mycobacterium tuberculosis Beijing lineage //Nat. Genet. 2015. Vоl. 47, № 3. P. 242–249.

17. Отраслевые и экономические показатели противотуберкулезной работы в 2016–2017 гг. Аналитический обзор основных показателей и статистические материалы. Под ред. С. А. Стерликова. М.: РИО ЦНИИОИЗ, 2018.

18. Mokrousov I., Valcheva V., Sovhozova N., et al. Ponitentiary population of Mycobacterium tuberculosis in Kyrgyzstan: Exceptionally high prevalence of the Beijing genotype and its Russia-specific subtype. Infect Genet Evol. 2009. Vоl. 9. P. 1400–1405.

19. Alonso M., Herranz M., Martinez Lirola M., et al. Real-time molecular epidemiology of tuberculosis by direct genotyping of smear-positive clinical specimens. J. Clin Microbiol. 2012. Vоl. 50. Р. 1755–1757.

20. Bidovec-Stojkovicˇ U, Seme K, Zˇolnir-Dovcˇ M., et al. Prospective Genotyping of Mycobacterium tuberculosis from Fresh Clinical Samples. PLoS ONE. 2014. Vоl. 9(10). e109547.

21. Mokrousov I. Mycobacterium tuberculosis phylogeography in the context of human migration and pathogen’s pathobiology: Insights from Beijing and Ural families. Tuberculosis (Edinb). 2015. № 95, Suppl 1:S167–176.

22. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Синьков В. В. и др. Эпидемиологическое обоснование распространения основных клонов генотипа Beijing Mycobacterium tuberculosis в Иркутской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2017. №6. С. 88–94.

23. Zhdanova S., Savilov E., Heysell S.K., et al. Primary multidrug-resistant mycobacterium tuberculosis in 2 regions, Eastern Siberia, Russian Federation. Emerging Infectious Diseases. 2013. Vоl. 19, № 10. Р. 1649–1652.

24. Хромова П. А., Синьков В. В., Савилов Е. Д. и др. Распространение эндемичных субклонов Beijing B0/W148 M. tuberculosis на территориях Сибирского и Дальневосточного федеральных округов по результатам полногеномного секвенирования. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020;19(3):41–45.