Особенности циркуляции возбудителей ОРВИ на фоне появления и широкого распространения SARS-CoV-2 в 2018–2021 годы
Е. И. Бурцева,
Л. В. Колобухина,
О. Л. Воронина,
А. В. Игнатьева,
Е. А. Мукашева,
А. Д. Панова,
Е. Л. Феодоритова,
К. Г. Краснослободцев,
С. В. Трушакова,
Л. Н. Меркулова,
И. Н. Хлопова,
Н. В. Бреслав,
Н. Н. Рыжова,
М. С. Кунда,
Е. И. Аксёнова,
Р. В. Вартанян,
Л. Б. Кистенева,
О. А. Бургасова,
А. Г. Росаткевич,
И. С. Кружкова,
М. В. Базарова,
С. В. Сметанина,
Н. А. Цветкова,
Ю. С. Левочкина,
М. В. Козлова,
Д. О. Коростин,
Е. И. Боцманов https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26
Аннотация
Актуальность. Многолетнее лидерство возбудителей ОРВИ определяет их значимость в наносимом ущербе как здоровью, так и экономике страны. Цель. Выявить особенности структуры ОРВИ в период появления и широкого распространения SARS CoV-2. Материалы и методы. В статье использованы методы, применяемые в эпидемиологическом надзоре (в частности, наблюдательное аналитическое эпидемиологическое исследование) за ОРВИ. Результаты и обсуждение. Представлены данные мониторинга диагностически доступных возбудителей ОРВИ в период эпидемических сезонов 2018–2021 гг. Выявлена тенденция большей вовлеченности в эпидпроцесс возрастной группы 15 лет и старше по показателям заболеваемости и госпитализации с тяжелой острой респираторной инфекцией. Протестировано 49 818 образцов на вирусы гриппа, 36 044 – ОРВИ и 59 062 – SARS-CoV-2. Тройку лидеров в структуре ОРВИ занимали: в сезоне 2018–2019 гг. – вирусы гриппа (INF), риновирусы (HEV-D) и Рс-вирусы (HRSV); 2019–2020 гг. – INF, SARS-CoV-2 и HEV-D; 2020–2021 гг. –SARS-CoV-2, HEV-D и парагриппа/α-коронавируcов (HPIV/HCoV). Активность вирусных патогенов также различалась: отмечено снижение актив ности в период появления SARS-CoV-2 (2019–2020 гг.) HPIV, аденовирусов (HAdV), HEV-D, метапневмовирусов (HMPV) и некоторый рост в последующем сезоне; в период последних двух сезонов снизилась активность HRSV и INF, причем крайне низкая активность INF зафиксирована в сезон 2020–2021 гг.; при этом активность сезонных HCoV несколько возросла. Данные молекулярно-генетического анализа образцов SARS- CoV-2 показали гетерогенность популяции SARS-CoV-2 c пред ставительством его вариантов (Alfa, Delta), а также эндемичных только для России и Москвы. В статье представлены рекомендации по составу гриппозных вакцин для стран Северного полушария (2021–2022 гг.) и Южного полушария (2022 г.) с учетом дрейфовой изменчивости вирусов гриппа. Выводы. SARS-CoV-2 повлиял на активность циркуляции возбудителей ОРВИ с практически полным вытеснением из циркуляции вирусов гриппа в эпидсезон 2020–2021 гг.
Ключевые слова
При поддержке: Исследование частично поддержано Центрами по контролю и профилактике заболеваний, Атланта, США, Кооперативное cоглашение «Поддержание потенциала по надзору за гриппом в России» и Фондом по эпидемиологии гриппа, Париж, Франция.
Об авторах
Е. И. Бурцева
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Елена Ивановна Бурцева – руководитель лаборатории
+7 (499) 190-30-46
Москва
Л. В. Колобухина
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Людмила Васильевна Колобухина – руководитель лаборатории
+7 (499) 193-04-68
Москва
О. Л. Воронина
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Ольга Львовна Воронина – руководитель лаборатории
+7 (499) 190-37-60
Москва
А. В. Игнатьева
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Анна Викторовна Игнатьева – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
Е. А. Мукашева
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Евгения Андреевна Мукашева – научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
А. Д. Панова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Анна Дмитриевна Панова – младший научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
Е. Л. Феодоритова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Елена Леонидовна Феодоритова – научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
К. Г. Краснослободцев
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Кирилл Геннадьевич Краснослободцев – научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
С. В. Трушакова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Светлана Викторовна Трушакова – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
Л. Н. Меркулова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Лилия Николаевна Меркулова – ведущий научный сотрудник
+7 (499) 193-04-68
Москва
И. Н. Хлопова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Ирина Николаевна Хлопова – ведущий научный сотрудник
+7 (499) 193-04-68
Москва
Н. В. Бреслав
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Наталья Владимировна Бреслав – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
Н. Н. Рыжова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Наталья Николаевна Рыжова – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-37-60
Москва
М. С. Кунда
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Марина Сергеевна Кунда – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-37-60
Москва
Е. И. Аксёнова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Екатерина Ивановна Аксёнова – старший научный сотрудник
+7 (499) 190-37-60
Москва
Р. В. Вартанян
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Раиса Викторовна Вартанян – ведущий научный сотрудник
+7 (499) 190-01-61
Москва
Л. Б. Кистенева
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Лидия Борисовна Кистенева – руководитель лаборатории
+7 (499) 193-72-67
Москва
О. А. Бургасова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Ольга Александровна Бургасова – ведущий научный сотрудник
+7 (499) 193-04-68
Москва
А. Г. Росаткевич
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Александра Геннадьевна Росаткевич – младший научный сотрудник
+7 (499) 190-30-46
Москва
И. С. Кружкова
ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Ирина Сергеевна Кружкова – младший научный сотрудник
+7 (499) 193-04-68
Москва
М. В. Базарова
ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №1 ДЗМ»)
Россия
Россия
Марина Викторовна Базарова – эпидемиолог
+7 (499) 193-04-00
Москва
С. В. Сметанина
ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №1 ДЗМ»)
Россия
Россия
Светлана Васильевна Сметанина – главный врач
+7 (499) 193-04-00
Москва
Н. А. Цветкова
ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №2 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №2 ДЗМ»)
Россия
Россия
Наталья Александровна Цветкова – заместитель главного врача
+7 (495) 870-36-09
Москва
Ю. С. Левочкина
ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №2 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №2 ДЗМ»); ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России
Россия
Россия
Юлия Сергеевна Левочкина – врач-инфекционист
+7 (499) 193-72-67
Москва
М. В. Козлова
ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №2 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №2 ДЗМ»)
Россия
Россия
Майя Сергеевна Козлова – врач-инфекционист
+7 (495) 870-36-09
Москва
Д. О. Коростин
Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГАОУВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
Дмитрий Олегович Коростин – руководитель группы
+7 (495) 434-31-74
Москва
Е. И. Боцманов
Центр высокоточного редактирования и генетических технологий для биомедицины ФГАОУВО РНИМУ им. Н.И. Пирогова Минздрава России
Россия
Россия
Егор Игоревич Боцманов – научный сотрудник
+7 (495) 434-31-74
Москва
Список литературы
1. О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2020 году: Государственный доклад. М.: Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека, 2021. 256 с.
2. Ljublin-Sternak S., Mestrovich T., Luksic I., et al. Seasonal Coronaviruses and other neglected respiratory viruses: a global perspective and a local snapshot Front. Public Health. 2021;(9):691163.
3. Львов Д. К, Бурцева Е. И., Колобухина Л. В. и др. Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в отдельных регионах России Вопросы вирусологии. 2020;6:335–349.
4. Львов Д. К., Гулюкин М. И., Забережный А. Д. и др. Формирование популяционного генофонда потенциально угрожающего биобезопасности зоонозных вирусов Вопросы вирусологии. 2020;65(5):243–258.
5. Открытое обращение Генерального директора ВОЗ на брифинге с корреспондентами по COVID-19, 11 марта 2020. Доступно на: https:www.who.int/directorgeneral/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19–11-march-2020.
6. Версия 3 протокола амплификации URL hCoV-2019/nCoV-2019. Доступно на: https:artic.network/resources/ncov/ncov-amplicon-v3.pdf (accessed: 06.06.2021)
7. Itokawa K., Sekizuka T., Hashino M., et al. Disentangling primer interactions improves SARS-CoV-2 genome sequencing by multiplex tiling PCR PLoS One. 2020 Sep 18;15(9): e0239403. doi:10.1371/journal.pone.0239403.
8. Korostin D., Kulemin N., Naumov V., et al. Comparative analysis of novel MGISEQ-2000 sequencing platform vs Illumina HiSeq 2500 for whole-genome sequencing PLoS One. 2020, Mar 16;15(3):e0230301. doi: 10.1371/journal.pone.0230301.
9. Aksamentov, I., Roemer, C., Hodcroft, E. B., et al. Nextclade: clade assignment, mutation calling and quality control for viral genomes JOSS. 2021; 6(67): 3773.
10. Соминина А. А., Даниленко Д. М., Столяров К. А. и др. Интерференция SARS-CoV-2 с другими возбудителями респираторных вирусных инфекций в период пандемии Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2021;20(4):28–39.
11. Яцышина С. Б., Мамошина М. В., Елькина М. А. и др. Распространенность возбудителей ОРВИ, гриппа и COVID-19 у лиц с без симптомов респираторной инфекциию Вопросы вирусологии. 2020; 65:267–76.
12. Xu-bin Huang, Lei Yuan, Cong-xiu Ye, et al. Epidemiological characteristics of respiratory viruses in patients with acute respiratory infections during 2009–2018 in Southern China International Journal of Infectious Diseases. 2020;98:21–32.
13. Мониторинг вариантов SARS-CoV-2. Доступно на сайте: https:www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants.
14. Huang C., Wang Y., Li X., et al. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China Lancet. 2020;395:497–506.
15. Борисова Н. И., Котов И. А., Колесников А. А. и др. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae, Coronavirinae, Betacoronavirus, Sarbocovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования. Вопросы вирусологии. 2021;66(4):269–278.
16. Колобухина Л. В., Бургасова О. А., Краева Л. А. и др. Клинико-лабораторный профиль пациентов с COVID-19, госпитализированных в инфекционный стационар г. Москвы в период с мая по июль 2020 г. Инфекционные болезни. 2021;(19)2:5–15.
17. Review of global influenza circulation, late 2019 to 2020, and the impact of the COVID-19 pandemic on influenza circulation Weekly Epidemiological Report. 2021;96 (25):241–264.
18. Характеристика вирусов гриппа. Итоговый отчет, Европа, май 2021. Доступно на: https:www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/influenza-characterisation-report-may-2021.pdf.
19. Weijuan Huang; Xiyan Li; Minju Tan, et al. Vital Surveillances: Epidemiological and Virological Surveillance of Seasonal Influenza Viruses, China, 2020-2021. China CDC Weekly, October 2021;3(44):918–922.
20. Обзорные информации ВОЗ по активности вирусов гриппа в мире (GISRS). Доступно на: http:www.who.int/influenza/surveillance_monitoring/updates/en.
21. Данные вирусологических исследования ВОЗ (FluNet). Доступно на: http:www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/updates/summaryreport/en.
22. Сайт Европейского бюро ВОЗ. Доступно на: http:www.flunewseurope.org.
23. Cайт Центров по контролю за заболеваемостью и профилактике (CDC&P), Атланта США. Доступно на: http:www.cdc.gov/flu/weekly/index.htm/.
24. Всемирная организация здравоохранения. Рекомендации по составу гриппозных вакцин в сезоне 2021-2022 для стран Северного полушария. Февраль 26, 2021. Доступно на: https:www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2021-22_north/en.
25. Всемирная организация здравоохранения. Рекомендации по составу гриппозных вакцин в сезоне 2022 для стран Южного полушария. Доступно на: https:www.who.int/publications/m/item/recommended-composition-of-influenza-virus-vaccines-for-use-in-the-2022-southern-hemisphere-influenza-season.
Рецензия
Для цитирования:
Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Воронина О.Л., Игнатьева А.В., Мукашева Е.А., Панова А.Д., Феодоритова Е.Л., Краснослободцев К.Г., Трушакова С.В., Меркулова Л.Н., Хлопова И.Н., Бреслав Н.В., Рыжова Н.Н., Кунда М.С., Аксёнова Е.И., Вартанян Р.В., Кистенева Л.Б., Бургасова О.А., Росаткевич А.Г., Кружкова И.С., Базарова М.В., Сметанина С.В., Цветкова Н.А., Левочкина Ю.С., Козлова М.В., Коростин Д.О., Боцманов Е.И. Особенности циркуляции возбудителей ОРВИ на фоне появления и широкого распространения SARS-CoV-2 в 2018–2021 годы. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(4):16-26. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26
For citation:
Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Voronina O.L., Ignatjeva A.V., Mukasheva E.A., Panova A.D., Feodoritova E.L., Krasnoslodotsev K.G., Trushakova S.V., Merkulova L.N., Khlopova I.N., Breslav N.V., Ryzhova N.N., Kunda M.S., Aksenova E.I., Vartanyan R.V., Kisteneva L.B., Burgasova O.A., Rosatkevich A.G., Kruzhkova I.S., Bazarova M.V., Smetanina S.V., Tsvetkova N.A., Levochkina Yu.S., Kozlova M.V., Korostin D.O., Botsmanov E.I. Features of the Circulation of ARVI Pathogens During of Emergence and Widespread of SARS-CoV-2 in the 2018–2021. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2022;21(4):16-26. (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073-3046-2022-21-4-16-26
Просмотров:
1117
Послать статью по эл. почте 