Пандемия продолжается: омикроны, длительный ковид, вакцинация и вакцины

В статье рассматриваются остаточные последствия коронавирусной инфекции у перенёсших COVID-19, именуемые как долговременный ковид, краткий перечень его симптомов, возможные их причины и трудности распознавания. Анализируются изменения первичной структуры возникающих коронавирусов от уханьского штамма до новых штаммов омикронов. В числе особенностей их эволюции отмечается увеличение содержания аргинина и лизина, особенно в S1 субъединице, и снижение доли аспарагиновой и глутаминовой аминокислот. Для рецептор-связывающего домена омикронов характерна тенденция снижения содержания треонина, серина и глутамина. Мутации в S-белке характеризуются асимметричностью в отношении как заменяемых, так и замещающих аминокислот. Не подвержены заменам изолейцин, цистеин и триптофан. Эти тенденции и ограничения в мутациях S-белка и особенно необычное в них соотношение трансверсии:транзиции аргументируют версию об искусственном происхождении вариантов SARS-CoV-2. На уровне генов S-белков отмечаются запреты в отношении использования определённых кодонов. Для оценки эффективности вакцин и чуствительности к ним коронавирусов на протяжении пандемии полезно подразделить пандемические коронавирусы на две группы: доомикроны и омикроны. Такое подразделение оправдано тем, что эти группы резко отличаются по числу мутаций и изменениями по составу иммунных эпитопов, особенно в рецептор-связывающем домене. Специфическая тенденция изменения его аминокислотного состава , по-видимому, связана с последовательным снижением патогенности в ряду омикронов ВА.1, ВА.2, ВА.4 и ВА.5. Учёт этих особенностей позволяет прогнозировать чувствительность коронавирусных штаммов к используемым вакцинам и рационально конструировать вакцины с широким спектром специфичности.

1. Yewdell J. W. Antigenic drift: Understanding COVID-19. Immunity. 2021. doi: 10.1016/j.immuni.2021.11.016

2. Morens D. M., Folkers G. K., Fauci A. S. The Concept of Classical Herd Immunity May Not Apply to COVID-19. J Infect Dis. 2022. doi: 10.1093/infdis/jiac109.

3. WHO. A clinical case definition of post-COVID-19 condition by a Delphi consensus. Доступно на: https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-Post_COVID-19_condition-Clinical_case_definition-2021.1 (2021).

4. Crook H., Raza S., Nowell J, et al. Long covid – mechanisms, risk factors, and management. BMJ 2021; Vol. 374, N.1648. doi: 10.1136/bmj.n1648 .

5. Akbarialiabad H., Taghrir M. H, Abdollahi A, et al. Long COVID, a comprehensive systematic scoping review. Infection 2021;49:1163–1186. doi: 10.1007/s15010-021-01666-x

6. Shin Jie Yong. Long COVID or post-COVID-19 syndrome: putative pathophysiology, risk factors, and treatments. Infectious Diseases 2021;53(10):737–754. doi: 10.1080/23744235.2021.1924397.

7. Proal A. D., VanElzakker M. B. Long COVID or post-acute sequelae of COVID-19 (PASC): an overview of biological factors that may contribute to persistent symptoms. Front. Microbiol. 2021;12:698169. doi: 10.3389/fmicb.2021.698169.

8. Garg M, Maralakunte M, Garg S., et al. The Conundrum of ‘Long-COVID-19. International Journal of General Medicine. 2021;14:2491–2506. doi: 10.2147/IJGM.S316708

9. Subramanian A., Nirantharakumar K., Hughes S., Myles P., et al. Symptoms and risk factors for long COVID in non-hospitalized adults. Nature Medicine. doi:10.1038/s41591022-01909-w.

10. Харченко Е. П. Вакцины против Covid-19: сравнительная оценка рисков аденовирусных векторов. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020; 19 (5): 4–17. https://doi:10.31631/2073-3046-2020-19-5-4-17.

11. Харченко Е. П Артериальная гипертония: расширяющийся патогенетический континуум и терапевтические ограничения. Терапевтический Архив 1, 2015:100–104. doi:10.17116/terarkh2015871100-104.

12. Харченко Е. П. Коронавирус SARS-Cov-2: особенности структурных белков, контагиозность и возможные иммунные коллизии. // Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020;19 (2):13–30. https://doi:10.31631/2073-3046-2020-19-2-13-30.

13. Natarajan A., Zlitni S., Brooks E. F., et al. Gastrointestinal symptoms and fecal shedding of SARS-CoV-2 RNA suggest prolonged gastrointestinal infection. 2022. doi: 10.1016/j.medj.2022.04.001 .

14. Edén A., Grahn A., Bremell D., Aghvanyan A., et al. Viral antigen and inflammatory biomarkers in cerebrospinal fluid in patients with COVID-19 infection and neurologic symptoms compared with control participants without infection or neurologic symptoms. JAMA Network Open. 2022 2;5(5):e22132535:. doi: 10.1001/jamanetworkopen.2022.13253

15. Choutka J., Jansari V., Hornig M., Iwasaki A. Unexplained post-acute infection syndromes. Nature Medicine. 2022;28:911–923. doi: 10.1038/s41591-022-01810-6 .

16. Wang X., Prins B.P., Snieder S.S., et al. Beyond genome-wide association studies: new strategies for identifying genetic determinants of hypertension. Curr Hypertens Rep. 2011;13:442–451. doi: 10.1007/s11906-011-0230-y

17. van Empel V.P.M., De Windt LJ., Martins P.A.C. Circulating miRNAs: reflecting or affecting cardiovascular disease? Curr Hypertens Rep. 2012;14:498–509. doi: 10.1007/s11906-012-0310-7

18. Araf Y, Akter F, Yan‐dong Tang, Fatemi R, et al. Omicron variant of SARS‐CoV‐2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID‐19 vaccines. J Med Virol. 2022;94:1825–1832. doi: 10.1002/jmv.27588

19. Харченко Е. П. Общие особенности коронавирусной пандемии и пандемий гриппа и поверхностных белков их возбудителей. Параллели. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2021;20(4):4–18. doi: 10.31631/2073-3046-2021-20-4-4-18.

20. Al-Aly Z., Bowe B., Yan Xie. Long COVID after breakthrough SARS-CoV-2 infection. Nature Medicine. 2022 Jul;28(7):1461–1467. doi:10.1038/s41591-022-01840-0

21. Oshitani H. COVID lessons from Japan: the right messaging empowers citizens. // Nature. 2022. doi:10.1038/d41586-022-01385-9

22. Altmann D.M., Boyton R.J. Science. 2022;375:1127–1132. doi: 10.1126/science.abn1755

23. Saunders K.O., Lee E., Parks R., Martinez D.R., et al. SARS-CoV-2 vaccination induces neutralizing antibodies against pandemic and preemergent SARS-related coronaviruses in monkeys. doi: 10.1101/2021.02.17.431492

24. Cohen A.A., Gnanapragasam P.N.P., Lee Yu.E., Hoffman P.R., et al. Mosaic nanoparticles elicit cross-reactive immune responses to zoonotic coronaviruses in mice. Science. 2021;371:735–741. doi: 10.1126/science.abf6840

25. Saunders K.O., Lee E., Parks R., Martinez D.R., et al. Neutralizing antibody vaccine for pandemic and pre-emergent coronaviruses. Nature. 2021;594:553–559. doi: 10.1038/s41586-021-03594-0

26. Харченко Е. П. Новый метод распознавания иммуноэпитопов, маркеры долговременного иммунитета, иммуносупрессивные домены и вакцины против COVID-19. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022;21(1):4–20. https:// doi:10.31631/2073-3046-2022-21-1-4-20

27. Pinto D., Park Y.-J., Beltramello M., Walls A.C., et al. Cross-neutralization of SARS-CoV-2 by a human monoclonal SARS-CoV antibody. Nature. 2020 Jul;583(7815):290-295. doi: 10.1038/s41586-020-2349-y

28. Wec A.Z., Wrapp D., Herbert A.S., Maurer D.P., et al. Broad neutralization of SARS-related viruses by human monoclonal antibodies. Science. 2020;369:731–736. doi: 10.1126/science.abc7424

29. He Wan-ting, Musharrafieh R, Song Ge, Dueker K. et al. Targeted isolation of diverse human protective broadly neutralizing antibodies against SARS-like viruses. Nature Immunology. 2022 Jun;23(6):960–970. doi: 10.1038/s41590-022-01222-1

30. Thom R. Catastrophe theory: its present state and future perspectives. Warwick. Springer Verlag. 1974:75.