Молекулярно-эпидемиологический мониторинг возбудителей природно-очаговых инфекций в Ставропольском крае в 2016–2021 годах

Актуальность. Молекулярно-эпидемиологический мониторинг, направленный на получение актуальной информации о генетических вариантах возбудителей, циркулирующих в изучаемом регионе, является важным элементом эпидемиологического надзора за природно-очаговыми инфекциями (ПОИ). Ставропольский край – один из основных рекреационных регионов РФ, эндемичен по ряду ПОИ, в т.ч.: Крымской геморрагической лихорадке (КГЛ), лихорадке Ку, туляремии, иксодовому клещевому боррелиозу и др.

Цель. Геномное профилирование возбудителей ПОИ, циркулировавших в Ставропольском крае в 2016–2021 гг.

Материалы и методы. В качестве материала для исследования использовали штаммы микроорганизмов и образцы полевого и клинического материала, содержащие геномную ДНК/РНК возбудителей. Генетическое типирование штаммов и изолятов НК возбудителей ПОИ проводили методами MLVA (Francisella tularensis и Coxiella burnetii) и секвенирования фрагментов генома (вирусов лихорадок Крымской-Конго геморрагической, Западного Нила, ортохантавирусов, Borrelia burgdorferii s.l., Ricckettsia sp.).

Результаты и обсуждение. В результате молекулярно-генетического типирования на территории СК в 2016–2021 гг. установлена циркуляция: штаммов F. tularensis (генетические подгруппы B.I, B.III, B.VI; генетически идентичных штаммов C. burnetii (VNTR-профиль 4-6-6-4-7-6-3-12-3-11); риккетсий относящихся к 5 видам (R. raoultii, R. aeschlimannii, R. slovaca, R. massiliae, R. helvetica); боррелий (B. afzelii, B. garinii, B. miyamotoi, B. bavariensis, B. lusitaniae, B. Valaisiana); РНК-изолятов: вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки генетических линий Европа-1 и Европа-3; ортохантавирусов Тула, вируса Западного Нила 2 генотипа. Впервые на территории Ставропольского края в пробах лёгкого насекомоядных выявлены РНК-изоляты ортохантавируса, генетически близкого к вирусу Camp Ripley (RLPV).

Выводы. Получены новые данные о распространении генетических вариантов возбудителей ПОИ, в т.ч. на территории рекреационных зон, свидетельствующие, свидетельствующие об относительной стабильности природных очагов ПОИ в регионе в 2016–2021 гг.

1. Малецкая О. В., Прислегина Д. А., Таран Т. В. и др. Природно-очаговые вирусные лихорадки на юге европейской части России. Лихорадка Западного Нила. Проблемы особо опасных инфекций. 2020. №1. С. 109−114. https:.doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-109-114

2. Малецкая О. В., Таран Т. В., Прислегина Д. А. и др. Природно-очаговые вирусные лихорадки на юге европейской части России. Крымская геморрагическая лихорадка. Проблемы особо опасных инфекций. 2020. №4. С. 75–80. https:.doi.org/10.21055/0370-1069-2020-4-75-80

3. Pley C, Evans M, Lowe R, et al. Digital and technological innovation in vector-borne disease surveillance to predict, detect, and control climate-driven outbreaks. Lancet Planet Heal. 2021. Vol. 10, N5. P. e739–e745. doi:10.1016/S2542-5196(21)00141-8

4. Василенко Н. Ф., Прислегина Д. А., Манин Е. А. и др. Современное состояние природных очагов клещевых трансмиссивных инфекций на территории Ставропольского края. Здоровье населения и среда обитания – ЗНиСО. 2021. T. 1, №12. С. 72−78. https:.doi.org/2219-5238/2021-29-12-72-78

5. Gardy JL, Loman NJ. Towards a genomics-informed, real-time, global pathogen surveillance system. Nat Rev Genet. 2018. Vol. 19, N1. P. 9–20. doi:10.1038/nrg.2017.88

6. Braks M, Giglio G, Tomassone L, et al. Making Vector-Borne Disease Surveillance Work: New Opportunities From the SDG Perspectives. Front Vet Sci. 2019. N6. P. 232. doi:10.3389/fvets.2019.00232

7. Ciccozzi M, Lai A, Zehender G, et al. The phylogenetic approach for viral infectious disease evolution and epidemiology: An updating review. J Med Virol. 2019. Vol. 91, N10. P. 1707–1724. doi:10.1002/jmv.25526

8. Mediannikov O, Diatta G, Fenollar F, et al. Tick-borne rickettsioses, neglected emerging diseases in rural Senegal. PLoS Negl. Trop. Dis. 2010. N4. P. e821. doi:10.1371/journal.pntd.0000821

9. Klempa B, Fichet-Calvet E, Lecompte E, et al. Hantavirus in African Wood Mouse, Guinea. Emerging Infectious Diseases. 2006. Vol. 12, N5. P. 838–840. doi:10.3201/eid1205.051487

10. Johansson A, Farlow J, Larsson P, et al. Worldwide Genetic Relationships among Francisella tularensis Isolates Determined by Multiple-Locus Variable-Number Tandem Repeat Analysis. J. Bacteriol. 2004. Vol. 186, N17. P. 5808–5818

11. MLVAnet support site [Internet]. Coxiella burnetii 2014 cooperative database. Доступно на: http:.mlva.u-psud.fr/mlvanet/spip.php?rubrique50 Ссылка активна на 24 августа 2022.

12. Yin X, Guo S, Ding C, et al. Spotted Fever Group Rickettsiae in Inner Mongolia, China, 2015–2016. Emerg Infect Dis. 2018. Vol. 24, N11. P. 2105−2107. doi: 10.3201/eid2411.162094

13. Wijnveld M, Shhotta A-M, Pinter A, et al. Novel Rickettsia raoultii strain isolated and propagated from Austrian Dermacentor reticulatus ticks. Parasites & Vectors. 2016. N9. P. 567. doi:10.1186/s13071-016-1858-x

14. Fukunaga M, Hamase A, Okada K, et al. Characterization of spirochetes isolated from ticks (Ixodes tanuki, Ixodes turdus, and Ixodes columnae) and comparison of the sequences with those of Borrelia burgdorferi sensu lato strains . Appl. Environ. Microbiol. 1996. Vol. 62, N7. P. 2338−2344. DOI: 10.1128/aem.62.7.2338-2344.1996

15. Куличенко А. Н., Волынкина А. С., Котенев Е. С. и др. Новый генетический вариант вируса Крымской-Конго геморрагической лихорадки, выявленный в Крыму. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2016. Т. 34, №2. С. 76−80.

16. Платонов А. Е., Карань Л. С., Шопенская Т. А. и др. Генотипирование штаммов вируса лихорадки Западного Нила, циркулирующих на юге России, как метод эпидемиологического расследования: принципы и результаты. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011. Т. 88, №2. С. 29−37.

17. Тимофеев В. С., Кудрявцева Т. Ю., Мокриевич А. Н. и др. Молекулярное типирование штаммов Francisella tularensis методом мультилокусного анализа вариабельности числа тандемных повторов. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014. № 1. С.8−15.

18. Власов В. В., Иголкина Я. П., Рар В. А. и др. Клещевые риккетсиозы в Западной Сибири. Первыt Российские случаи риккетсиозов, вызванных Rickettsia aeshlimannii, Rickettsia raoultii и Rockettsia slovaca. Национальные приоритеты России. 2021. T. 42, №3. С. 122−126.

19. Fournier PE, Grunnenberger F, Jaulhac B, et al. Evidence of Rickettsia helvetica infection in humans, eastern France. Emerg Infect Dis. 2000. N6. P. 389−392. doi:10.3201/eid0604.000412

20. Vitale G, Mansuelo S, Rolain JM, et al. Rickettsia massiliae Human Isolation. Emerg Infect Dis. 2006. N12. P. 174−175. doi:10.3201/eid1201.050850

21. Коренберг Э. И., Нефедова В. В., Фадеева И. А., Горелова Н. Б. Основные итоги генотипирования боррелий в России. Бюллетень сибирской медицины. 2006. №5. С.87−92. https:.doi.org/10.20538/1682-0363-2006--87-92

22. Platonov AE, Karan LS, Kolyasnikova NM, et al. Humans infected with relapsing fever spirochete Borrelia miyamotoi, Russia. Emerg. Infect. Dis. 2011. N17, P. 1816−1822.

23. Крымская геморрагическая лихорадка. Онищенко Г. Г., Куличенко А. Н., ред.: Воронеж. ООО «Фаворит», 2018. 288c.

24. Chinikar S, Bouzari S, Shokrgozar MA, et al. Genetic Diversity of Crimean Congo Hemorrhagic Fever Virus Strains from Iran. J Arthropod Borne Dis. 2016. Vol.10. N2. P. 127−140.

25. Plyusnin A, Vapalahti O, Lankinen H, et al. Tula virus: a newly detected hantavirus carried by European common voles. J. Virol. 1994. №.68. p. 7833−9.

26. Яшина Л. Н., Зайковская А. В., Протопопова Е. В. и др. Хантавирус Тула на территории Крыма. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2015. Т. 33, № 4. С. 38−40.

27. Якименко В. В., Гаранина С. Б., Малькова М. Г. и др. Итоги изучения хантавирусов в Западной Сибири. Тихоокеанский медицинский журнал. 2008. № 2. С. 20−6.

28. Hofmann J, Kramer S, Herrlinger KR, et al. Tula Virus as Causative Agent of Hantavirus Disease in Immunocompetent Person, Germany. Emerg Infect Dis. 2021. Vol. 27, N4. P. 1234–1237. doi:10.3201/eid2704.203996

29. Schmidt-Chanasit J, Essbauer S, Petraityte R, et al. Extensive host sharing of central European Tula virus . J. Virol. 2010. Vol. 84. P. 459−474. doi:10.1128/JVI.01226-09

30. Bennett SN, Gu SH, Kang HJ, et al. Reconstructing the evolutionary origins and phylogeography of hantaviruses. Trends Microbiol. 2014. Vol. 22, N8. P.473−482. doi:10.1016/j.tim.2014.04.008

31. Батурин А. А., Ткаченко Г. А., Леденева М. Л. и др. Молекулярно-генетический анализ вариантов вируса Западного Нила, циркулирующих на европейской части России в 2010–2019 гг. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021. Т. 98, №3. С.308−318 https:.doi.org/10.36233/0372-9311-85