Preview

Эпидемиология и Вакцинопрофилактика

Расширенный поиск

Молекулярно-генетическое типирование Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК

https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47

Полный текст:

Аннотация

Актуальность. Acinetobacter baumannii относятся к значимым нозокомиальным возбудителям, способным вызывать тяжелые инфекции, особенно у иммунокомпрометированных больных. Цель исследования. Изучить генетическое разнообразие A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК (RAPD-ПЦР). Материалы и методы. Генотипирование A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных из 7 лечебных учреждений России (2003–2017 гг.), осуществляли методом RAPD-ПЦР с использованием праймера OPA-2. Кластерный анализ RAPD-профилей проводили с помощью программного обеспечения GelJ с использованием метода невзвешенного попарного среднего (UPGMA) и коэффициента Dice. Для объединения штаммов в группы использовали коэффициент сходства (КС) ≥65%. Генетически подобные A. baumannii имели КС≥80%, штаммы с полностью совпадающими RAPD-профилями – КС 100%. Результаты и обсуждение. Всего было исследовано 96 A. baumannii, из которых 77 (80,2%) штаммов были карбапенем-нечувствительными. Гены приобретенных OXA-карбапенемаз были детектированы у 79,2% карбапенем-нечувствительных A. baumannii. По результатам RAPD-генотипирования было выявлено 84 RAPD-профиля. На основании кластерного анализа RAPD-профилей 98% штаммов A. baumannii были объединены в 4 группы (A-D) c КС ≥ 65%. Доминирующая по числу штаммов группа A включала 58 (60,4%) A. baumannii, группы С и B - по 15 штаммов (по 15,6%), группа D – 6 штаммов (6,3%). Генетически подобные A. baumannii (КС ≥ 80%) были объединены в 20 кластеров (клонов), включавших 82 (85,4%) штамма. Полное совпадение RAPD-профилей (КС 100%) было определено для 22 штаммов, относящихся к 6 кластерам в группе А и одному в группе В. A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями были выделены как внутри одного стационара, так и в стационарах, расположенных в разных городах. Заключение. Проведенное исследование продемонстрировало генетическое разнообразие и распространение клонов A. baumannii в гематологических стационарах.

Об авторах

С. А. Хрульнова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России
Россия

Светлана Алексеевна Хрульнова – старший научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и антибиотической терапии

+7 (495)-614-92-72



А. В. Федорова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России
Россия

Анастасия Владимировна Федорова – старший научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и  антибиотической терапии 

+7 (495)-614-92-72 



И. Н. Фролова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России
Россия

Ирина Николаевна Фролова – научный сотрудник лаборатории клинической бактериологии, микологии и  антибиотической терапии 

+7 (495)-614-92-72



Г. А. Клясова
ФГБУ «Национальный медицинский исследовательский центр гематологии» Минздрава России
Россия

Галина Александровна Клясова  – заведующая лабораторией клинической бактериологии, микологии и  антибиотической терапии 

+7 (495)-614-92-72



Список литературы

1. Gedik H., Simşek F., Kantürk A., et al. Bloodstream infections in patients with hematological malignancies: which is more fatal - cancer or resistant pathogens? // Ther Clin Risk Manag. 2014. Vol. 10, P. 743-752. https://doi.org/10.2147/tcrm.s68450.

2. Wang X., Zhang L., Sun A., et al. Acinetobacter baumannii bacteraemia in patients with haematological malignancy: a multicenter retrospective study from the Infection Working Party of Jiangsu Society of Hematology. // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017. Vol. 36, N7. P. 1073–1081. https://doi.org/10.1007/s10096-016-2895-2.

3. Клясова Г. А., Сперанская Л. Л., Миронова А. В., и др. Возбудители сепсиса у иммунокомпрометированных больных: структура и проблемы антибиотикорезистентности (результаты многоцентрового исследования) // Гематология и трансфузиология. 2007. Т. 52, №1. С. 13–18.

4. Клясова Г. А. Охмат В. А. Антимикробная терапия. Под редакцией Савченко В.Г. В кн: Алгоритмы диагностики и протоколы лечения заболеваний системы крови. М.: Практика; 2018. С. 1067–1113.

5. Ballouz T., Aridi J., Afif C., et al. Risk factors, clinical presentation, and outcome of Acinetobacter baumannii bacteremia. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 156. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00156.

6. Freire M.P., de Oliveira Garcia D., Garcia C.P., et al. Bloodstream infection caused by extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii in cancer patients: high mortality associated with delayed treatment rather than with the degree of neutropenia // Clin Microbiol Infect. 2016. N 22. P. 352–358. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2015.12.010.

7. Shargian-Alon L., Gafter-Gvili A., Ben-Zvi H., et al. Risk factors for mortality due to Acinetobacter baumannii bacteremia in patients with hematological malignancies - a retrospective study. // Leuk Lymphoma. 2019. Vol. 60, N11. P. 2787–2792. https://doi.org/10.1080/10428194.2019.1599113.

8. Lee C.R., Lee J.H., Park M., et al. Biology of Acinetobacter baumannii: Pathogenesis, Antibiotic Resistance Mechanisms, and Prospective Treatment Options. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 55. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00055.

9. Хрульнова С. А., Коробова А. Г., Федорова А. В. и др. Детекция генов приобретенных карбапенемаз у изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 1. С. 50–55. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.1.56-60.

10. Chung D.R., Song J.H., Kim S.H., et al. High prevalence of multidrug-resistant nonfermenters in hospital-acquired pneumonia in Asia. // Am J Respir Crit Care Med. 2011. N184. P. 1409–1417. https://doi.org/10.1164/rccm.201102-0349oc.

11. Шек Е. А., Сухорукова М. В., Эйдельштейн М. В. и др. Антибиотикорезистентность, продукция карбапенемаз и генотипы нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т.21, №2. С. 171–180. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.2.171-180.

12. Strateva T., Sirakov I., Stoeva T., et al. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii: Current status of the problem in four Bulgarian university hospitals (2014–2016). // J Glob Antimicrob Resist. 2019. N16. P. 266-273. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2018.10.027.

13. Evans B.A., Amyes S.G. OXA β-lactamases. // Clin Microbiol Rev. 2014. N27. P. 241–263. https://doi.org/10.1128/cmr.00117-13.

14. Munoz-Price L.S., Namias N., Cleary T., et al. Acinetobacter baumannii: association between environmental contamination of patient rooms and occupant status. // Infect Control Hosp Epidemiol. 2013. Vol. 34, N5. P. 517–20. https://doi.org/10.1086/670209.

15. Morgan D.J., Liang S.Y., Smith C.L., et al. Frequent multidrug-resistant Acinetobacter baumannii contamination of gloves, gowns, and hands of healthcare workers. // Infect Control Hosp Epidemiol. 2010. Vol. 31, N7. P. 716–21. https://doi.org/10.1086/653201.

16. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Seventh Informational Supplement. CLSI document M100-S28. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standarts Institute; 2018.

17. Dahdouh E., Gómez-Gil R., Sanz S., et al. A novel mutation in pmrB mediates colistin resistance during therapy of Acinetobacter baumannii // Int J Antimicrob Agents. 2017. Vol. 49, N6. P. 727–733. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2017.01.031.

18. Heras J., Domínguez C., Mata E., et al. GelJ – a tool for analyzing DNA fingerprint gel images. BMC Bioinformatics. 2015;16:270. https://doi.org/10.1186/s12859-015-0703-0.

19. Hunter PR. Reproducibility and indices of discriminatory power of microbial typing methods // J Clin Microbiol. 1990;28(9):1903–1905. https://doi.org/10.1128/jcm.28.9.1903-1905.1990.

20. Гординская Н. А., Сабирова Е. В., Абрамова Н.В. и др. Антибиотикочувствительность и молекулярные механизмы резистентности Acinetobacter baumanii, возбудителей раневой ожоговой инфекции. // Медицинский альманах. 2015. Т. 5, № 40. С. 99–101.

21. Mayanskiy N., Chebotar I., Alyabieva N., et al. Emergence of the Uncommon Clone ST944/ST78 Carrying blaOXA-40-like and blaCTX-M-like Genes Among Carbapenem-Nonsusceptible Acinetobacter baumannii in Moscow, Russia. // Microb Drug Resist. 2017. Vol. 23, N7. P. 864–870. https://doi.org/10.1089/mdr.2016.0302.

22. Alsultan A.A., Aboulmagd E., Evans B.A., et al. Clonal diversity of Acinetobacter baumannii from diabetic patients in Saudi Arabian hospitals. // J Med Microbiol. 2014. Vol. 63, N11. P. 1460–1466. https://doi.org/10.1099/jmm.0.079640-0.


Для цитирования:


Хрульнова С.А., Федорова А.В., Фролова И.Н., Клясова Г.А. Молекулярно-генетическое типирование Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020;19(4):38-47. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47

For citation:


Khrulnova S.A., Fedorova A.V., Frolova I.N., Klyasova G.A. Genotyping by Random Amplified Polymorphic DNA Assay of Acinetobacter baumannii Isolated from Blood Culture of Patients with Hematological Malignancies. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2020;19(4):38-47. (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073-3046-2020-19-4-38-47

Просмотров: 110


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-3046 (Print)
ISSN 2619-0494 (Online)