Молекулярно-генетическое типирование Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК

Актуальность. Acinetobacter baumannii относятся к значимым нозокомиальным возбудителям, способным вызывать тяжелые инфекции, особенно у иммунокомпрометированных больных. Цель исследования. Изучить генетическое разнообразие A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови, методом ПЦР случайных полиморфных фрагментов ДНК (RAPD-ПЦР). Материалы и методы. Генотипирование A. baumannii, выделенных из гемокультуры больных из 7 лечебных учреждений России (2003–2017 гг.), осуществляли методом RAPD-ПЦР с использованием праймера OPA-2. Кластерный анализ RAPD-профилей проводили с помощью программного обеспечения GelJ с использованием метода невзвешенного попарного среднего (UPGMA) и коэффициента Dice. Для объединения штаммов в группы использовали коэффициент сходства (КС) ≥65%. Генетически подобные A. baumannii имели КС≥80%, штаммы с полностью совпадающими RAPD-профилями – КС 100%. Результаты и обсуждение. Всего было исследовано 96 A. baumannii, из которых 77 (80,2%) штаммов были карбапенем-нечувствительными. Гены приобретенных OXA-карбапенемаз были детектированы у 79,2% карбапенем-нечувствительных A. baumannii. По результатам RAPD-генотипирования было выявлено 84 RAPD-профиля. На основании кластерного анализа RAPD-профилей 98% штаммов A. baumannii были объединены в 4 группы (A-D) c КС ≥ 65%. Доминирующая по числу штаммов группа A включала 58 (60,4%) A. baumannii, группы С и B - по 15 штаммов (по 15,6%), группа D – 6 штаммов (6,3%). Генетически подобные A. baumannii (КС ≥ 80%) были объединены в 20 кластеров (клонов), включавших 82 (85,4%) штамма. Полное совпадение RAPD-профилей (КС 100%) было определено для 22 штаммов, относящихся к 6 кластерам в группе А и одному в группе В. A. baumannii с полностью совпадающими RAPD-профилями были выделены как внутри одного стационара, так и в стационарах, расположенных в разных городах. Заключение. Проведенное исследование продемонстрировало генетическое разнообразие и распространение клонов A. baumannii в гематологических стационарах.

Acinetobacter baumannii, гемокультура, опухоли системы крови, RAPD-ПЦР, генотипирование, устойчивость к карбапенемам, OXA-карбапенемазы

1. Gedik H., Simşek F., Kantürk A., et al. Bloodstream infections in patients with hematological malignancies: which is more fatal - cancer or resistant pathogens? // Ther Clin Risk Manag. 2014. Vol. 10, P. 743-752. https://doi.org/10.2147/tcrm.s68450.

2. Wang X., Zhang L., Sun A., et al. Acinetobacter baumannii bacteraemia in patients with haematological malignancy: a multicenter retrospective study from the Infection Working Party of Jiangsu Society of Hematology. // Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2017. Vol. 36, N7. P. 1073–1081. https://doi.org/10.1007/s10096-016-2895-2.

3. Клясова Г. А., Сперанская Л. Л., Миронова А. В., и др. Возбудители сепсиса у иммунокомпрометированных больных: структура и проблемы антибиотикорезистентности (результаты многоцентрового исследования) // Гематология и трансфузиология. 2007. Т. 52, №1. С. 13–18.

4. Клясова Г. А. Охмат В. А. Антимикробная терапия. Под редакцией Савченко В.Г. В кн: Алгоритмы диагностики и протоколы лечения заболеваний системы крови. М.: Практика; 2018. С. 1067–1113.

5. Ballouz T., Aridi J., Afif C., et al. Risk factors, clinical presentation, and outcome of Acinetobacter baumannii bacteremia. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 156. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00156.

6. Freire M.P., de Oliveira Garcia D., Garcia C.P., et al. Bloodstream infection caused by extensively drug-resistant Acinetobacter baumannii in cancer patients: high mortality associated with delayed treatment rather than with the degree of neutropenia // Clin Microbiol Infect. 2016. N 22. P. 352–358. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2015.12.010.

7. Shargian-Alon L., Gafter-Gvili A., Ben-Zvi H., et al. Risk factors for mortality due to Acinetobacter baumannii bacteremia in patients with hematological malignancies - a retrospective study. // Leuk Lymphoma. 2019. Vol. 60, N11. P. 2787–2792. https://doi.org/10.1080/10428194.2019.1599113.

8. Lee C.R., Lee J.H., Park M., et al. Biology of Acinetobacter baumannii: Pathogenesis, Antibiotic Resistance Mechanisms, and Prospective Treatment Options. // Front Cell Infect Microbiol. 2017. N7. P. 55. https://doi.org/10.3389/fcimb.2017.00055.

9. Хрульнова С. А., Коробова А. Г., Федорова А. В. и др. Детекция генов приобретенных карбапенемаз у изолятов Acinetobacter baumannii, выделенных из гемокультуры больных опухолями системы крови. // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 1. С. 50–55. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.1.56-60.

10. Chung D.R., Song J.H., Kim S.H., et al. High prevalence of multidrug-resistant nonfermenters in hospital-acquired pneumonia in Asia. // Am J Respir Crit Care Med. 2011. N184. P. 1409–1417. https://doi.org/10.1164/rccm.201102-0349oc.

11. Шек Е. А., Сухорукова М. В., Эйдельштейн М. В. и др. Антибиотикорезистентность, продукция карбапенемаз и генотипы нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т.21, №2. С. 171–180. https://doi.org/10.36488/cmac.2019.2.171-180.

12. Strateva T., Sirakov I., Stoeva T., et al. Carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii: Current status of the problem in four Bulgarian university hospitals (2014–2016). // J Glob Antimicrob Resist. 2019. N16. P. 266-273. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2018.10.027.

13. Evans B.A., Amyes S.G. OXA β-lactamases. // Clin Microbiol Rev. 2014. N27. P. 241–263. https://doi.org/10.1128/cmr.00117-13.

14. Munoz-Price L.S., Namias N., Cleary T., et al. Acinetobacter baumannii: association between environmental contamination of patient rooms and occupant status. // Infect Control Hosp Epidemiol. 2013. Vol. 34, N5. P. 517–20. https://doi.org/10.1086/670209.

15. Morgan D.J., Liang S.Y., Smith C.L., et al. Frequent multidrug-resistant Acinetobacter baumannii contamination of gloves, gowns, and hands of healthcare workers. // Infect Control Hosp Epidemiol. 2010. Vol. 31, N7. P. 716–21. https://doi.org/10.1086/653201.

16. Clinical and Laboratory Standards Institute. Performance Standards for Antimicrobial Susceptibility Testing; Twenty-Seventh Informational Supplement. CLSI document M100-S28. Wayne, PA: Clinical and Laboratory Standarts Institute; 2018.

17. Dahdouh E., Gómez-Gil R., Sanz S., et al. A novel mutation in pmrB mediates colistin resistance during therapy of Acinetobacter baumannii // Int J Antimicrob Agents. 2017. Vol. 49, N6. P. 727–733. https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2017.01.031.

18. Heras J., Domínguez C., Mata E., et al. GelJ – a tool for analyzing DNA fingerprint gel images. BMC Bioinformatics. 2015;16:270. https://doi.org/10.1186/s12859-015-0703-0.

19. Hunter PR. Reproducibility and indices of discriminatory power of microbial typing methods // J Clin Microbiol. 1990;28(9):1903–1905. https://doi.org/10.1128/jcm.28.9.1903-1905.1990.

20. Гординская Н. А., Сабирова Е. В., Абрамова Н.В. и др. Антибиотикочувствительность и молекулярные механизмы резистентности Acinetobacter baumanii, возбудителей раневой ожоговой инфекции. // Медицинский альманах. 2015. Т. 5, № 40. С. 99–101.

21. Mayanskiy N., Chebotar I., Alyabieva N., et al. Emergence of the Uncommon Clone ST944/ST78 Carrying blaOXA-40-like and blaCTX-M-like Genes Among Carbapenem-Nonsusceptible Acinetobacter baumannii in Moscow, Russia. // Microb Drug Resist. 2017. Vol. 23, N7. P. 864–870. https://doi.org/10.1089/mdr.2016.0302.

22. Alsultan A.A., Aboulmagd E., Evans B.A., et al. Clonal diversity of Acinetobacter baumannii from diabetic patients in Saudi Arabian hospitals. // J Med Microbiol. 2014. Vol. 63, N11. P. 1460–1466. https://doi.org/10.1099/jmm.0.079640-0.