Мониторинг метициллинрезистентных штаммов стафилококка в многопрофильном стационаре Москвы с помощью молекулярно-биологических методов

Актуальность. Стафилококки являются одними из самых распространенных патогенов в структуре этиологических агентов госпитальных инфекций. Метициллинрезистентные стафилококки характеризуются устойчивостью к основным группам современных антибиотиков и имеют высокий приоритет по угрозе для здоровья человека по оценкам Всемирной организации здравоохранения. Внедрение современных молекулярно-биологических методов при мониторинге метициллинрезистентных стафилококков необходимо для быстрой и точной идентификации микроорганизмов, контроля за эпидемиологической ситуацией и изучения необходимости проведения противоэпидемических мероприятий.

Цель исследования – анализ результатов мониторинга метициллинрезистентных штаммов стафилококка с помощью молекулярно-биологических методов в многопрофильном стационаре Москвы в течение одного года.

Материалы и методы. Одноцентровое обсервационное исследование с периодом наблюдения – один год (с декабря 2016 г. по декабрь 2017 г.). Исследовался биологический материал от 240 пациентов с признаками инфекции, смывов (n = 250) с объектов внутрибольничной среды стационара. Проведено полногеномное секвенирование 24 изолятов стафилококков, выделенных от больных и из смыва с объекта внутрибольничной среды. Выявление ДНК метициллинрезистентных штаммов выполняли с использованием набора реагентов «АмплиСенс®MRSA-скрин-титр-FL». Секвенирование проводилось на приборе Illumina HiSeq1500 с использованием наборов IlluminaHiSeq PE RapidClusterKit v2 и IlluminaHiSeqRapid SBS Kit v2.

Результаты. Методом ПЦР ДНК метициллинрезистентных стафилококков была выявлена в 6,3% образцов крови от пациентов с признаками инфекции и в 42,4% образцов смывов c объектов внутрибольничной среды. Результаты ПЦР-исследования образцов смывов показали, что ДНК метициллинрезистентных коагулазонегативных стафилококков обнаруживалась гораздо чаще, чем ДНК MRSA (p < 0,001). ДНК метициллинрезистентных стафилококков выявляли чаще в отделениях реанимации и интенсивной терапии по сравнению с отделением гематологии и хирургическими отделениями (p<0,001). Изученные изоляты Staphylococcus aureus относились к 6 различным сиквенс-типам (ST-5, ST-7, ST-8, ST-22, ST-30 и ST-5555) и 8 spa-типам (t008, t021, t091, t1062, t12437, t1544, t223, t4573). В результате мониторинга обнаружен изолят с новым аллельным профилем. На сегодня ему присвоен номер ST5555. Преобладающим типом стафилококковой кассеты mec была SCCmec-кассета IV типа.

Заключение. В связи с широким распространением метициллинрезистентных штаммов и выявлением эпидемиологически значимых генетических линий стафилококков важно проведение регулярного мониторинга с использованием современных молекулярно-биологических методов для их для быстрой и точной идентификации.

1. Yahav D., Shaked H., Goldberg E., et al. Time trends in Staphylococcus aureus bacteremia, 1988–2010, in a tertiary center with high methicillin resistance rates //Infection. 2017. 45. P. 51–57.

2. Olearo F., Albrich W.C., Vernaz N., et al. Staphylococcus aureus and methicillin resistance in Switzerland: regional differences and trends from 2004 to 2014 //Swiss Med Wkly. 2016. Sep 15; 146:w14339. eCollection 2016.

3. Jaganath D., Jorakate P., Makprasert S., et al. Staphylococcus aureus Bacteremia Incidence and Methicillin Resistance in Rural Thailand, 2006–2014. //The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene. 2018. Vol. 99, Issue 1. P. 155–163.

4. Хохлова О.Е., Перьянова О.В., Боброва О.П. и др. Молекулярно-генетические особенности метициллин-резистентных Staphylococcus aureus (MRSA) – возбудителей гнойно-воспалительных заболеваний у онкологических больных. //Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ). 2017. 6. C.15–20.

5. Романов А.В., Дехнич А.В., Сухорукова М.В. и др. Антибиотикорезистентность нозокомиальных штаммов Staphylococcus aureus в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН» в 2013–2014. //КМАХ. 2017. № 1.

6. Дехнич А. Терапия нозокомиальных стафилококковых инфекций в России – время менять стереотипы. //Врач. 2010. 10. C. 18–22.

7. Кузьменков А. Ю., Трушин И. В., Авраменко А. А. и др. AMRmap: интернет-платформа мониторинга антибиотикорезистентности. //Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2017. Т.19, №2. С. 84–90.

8. Zankari E., Hasman H., Cosentino S., et al. Identification of acquired antimicrobial resistance genes. //J Antimicrob Chemother. 2012. 67, 11. P. 2640–2644.

9. Carattoli A., Zankari E., Garcia-Fernandez A., et al. PlasmidFinder and pMLST: in silico detection and typing of plasmids. //Antimicrob Agents Chemother. 2014. 58, 7. P:3895–903.

10. Bartels M.D., Petersen A., Worning P., et al. Comparing whole-genome sequencing with Sanger sequencing for spa typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. //J. Clin. Microbiol. 2014. 52, 12. P.4305–8.

11. Романов А. В., Дехнич А. В., Эйдельштейн М. В. Молекулярная эпидемиология штаммов Staphylococcus aureus в детских стационарах России //КМАХ. 2012. №3. – С.201–208.

12. Афанасьев М. В., Каракашев С. В., Ильина Е. Н., и др. Молекулярно-генетическая характеристика метициллинустойчивых штаммов Staphylococcus aureus, выделенных в стационарах Москвы. //Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2010.2.С.20–24.

13. Ishitobi N., Wan T.W., Khokhlova O.E., et al. Fatal case of ST8/SCCmecIVl community‐associated methicillin‐resistant Staphylococcus aureus infection in Japan. New Microbes New Infect. 2018. 26. P. 30–6.

14. Morgan M.S. Diagnosis and treatment of Panton–Valentine leukocidin (PVL)-associated staphylococcal pneumonia. //International Journal of Antimicrobial Agents. 2007. Vol. 30, №4. P. 289–296.

15. Labandeira-Rey M., Couzon F., Boisset S. Staphylococcus aureus Panton-Valentine Leukocidin Causes Necrotizing Pneumonia //Science 23. 2007. Р 1130–1133.