Оценка эпидемиологических проявлений туберкулеза и генетического разнообразия штаммов Мycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью в Омской области

Актуальность. Распространенность туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ) представляет серьезную проблему для общественного здравоохранения, препятствующую успешной реализации противотуберкулезных программ в мире.
Цель. Оценка эпидемиологических проявлений туберкулеза и молекулярно-генетическая характеристика штаммов Mycobacterium tuberculosis с множественной лекарственной устойчивостью, циркулирующих в Омской области.
Материалы и методы. В соответствии с общепринятым алгоритмом описательно-оценочного эпидемиологического исследования анализировалась заболеваемость и распространенность туберкулеза в Омской области в 2009–2023 гг. Материалом для исследования явились сведения форм официального статистического наблюдения. Изучено 595 штаммов M. tuberculosis, выделенных от впервые выявленных Омской области больных ТБ в период с 2019–2022 гг. Культивирование M. tuberculosis, определение лекарственной чувствительности, выделение ДНК проведено стандартными методами. Принадлежность штаммов к генотипу Beijing, его сублиниям и кластерам определяли с помощью ПЦР на основе анализа специфических маркеров. Штаммы non-Beijing сполиготипированы.
Результаты. В Омской области динамика заболеваемости населения туберкулезом и его распространенность характеризовались выраженной тенденцией к снижению, достигнув в 2023 г. 43,7 и 66,8 на 100 тыс. населения соответственно. Распространенность МЛУ-ТБ остается значительной (22,6 на 100 тыс. населения), а доля в МЛУ-ТБ среди впервые выявленных больных возросла с 13,1% в 2009 г. до 28,4% в 2023 г. В выборочной совокупности штаммов 40,5% обладали МЛУ, 13,2% – пре-ШЛУ. Генотипирование МЛУ (включая пре-ШЛУ) штаммов M. tuberculosis выявило преобладание генотипа Beijing (86,3%), в частности субтипов: B0/W148 (38,2%), Central-Asian/Russian (34,4%), а также кластеров 1071-32 (10,0%) и 14717-15 (2,1%) древней сублинии. Наиболее многочисленным среди non-Beijing был сполигокластер SIT262 (5,0%) генотипа Ural.
Заключение. На фоне значительного снижения распространенности и заболеваемости туберкулезом возросла доля впервые выявленных бактериовыделителей МЛУ штаммов. При этом молекулярно-генетический мониторинг M. tuberculosis выявил ключевую роль штаммов субтипов B0/W148 и Central-Asian/Russian Beijing в распространении МЛУ-ТБ. Полученные результаты демонстрируют распространение штаммов с множественной лекарственной устойчивостью, предоставляя информацию для принятия клинических и управленческих решений в реализации региональных программ борьбы с туберкулезом.

1. Dean A.S., Tosas Auguet O., Glaziou P., et al. 25 years of surveillance of drug-resistant tuberculosis: achievements, challenges, and way forward. Lancet Infect Dis. 2022. Vol.22, №7:e191–e196.

2. Global tuberculosis report 2024. Доступно на: https:.iris.who.int/bitstream/handle/10665/379339/9789240101531-eng.pdf?sequence=1. Ссылка активна на: 28 декабря 2024.

3. Кукурика А. В., Веселова Е. И., Перегудова А. Б. Генетические аспекты лекарственной устойчивости микобактерий туберкулеза к новым препаратам с противотуберкулезной активностью. Туберкулез и болезни легких. 2023. Т. 101, № 4. С. 87–93.

4. Viney K., Linh N.N., Gegia M., et al. New definitions of pre-extensively and extensively drug-resistant tuberculosis: update from the World Health Organization. Eur Respir J. 2021. Vol.57, №4 :2100361.

5. World Health Organization. WHO announces updated definitions of extensively drug-resistant tuberculosis. Доступно на: https:.www.who.int/news/item/27-01-2021-whoannounces- updated-definitions-of-extensively-drug-resistant-tuberculosis. Ссылка активна на 28 декабря 2024.

6. Zürcher K., Reichmuth M.L., Ballif M., et al. Mortality from drug-resistant tuberculosis in high-burden countries comparing routine drug susceptibility testing with wholegenome sequencing: a multicentre cohort study. Lancet Microbe. 2021. Vol.2, №7:e320–e330.

7. Sinulingga H.E., Sinaga B.Y., Siagian P., et al. Profile and risk factors of pre-XDR-TB and XDR-TB patients in a national reference hospital for Sumatra region of Indonesia. Narra J. 2023. Vol.3, №3:e407.

8. Kostyukova I., Pasechnik, O., Mokrousov, I., Epidemiology and drug resistance patterns of Mycobacterium tuberculosis in high-burden area in Western Siberia, Russia. Microorganisms. 2023. Vol. 11, №2. P.425.

9. Pasechnik O., Vyazovaya A., Vitriv S., et al. Major genotype families and epidemic clones of Mycobacterium tuberculosis in Omsk region, Western Siberia, Russia, marked by a high burden of tuberculosis-HIV coinfection. Tuberculosis (Edinb). 2018. Vol.108:163–168.

10. Mokrousov I., Vyazovaya A., Pasechnik O., et al. Early ancient sublineages of Mycobacterium tuberculosis Beijing genotype: unexpected clues from phylogenomics of the pathogen and human history. Clin Microbiol Infect. 2019. Vol.25, №8. P.1039.e1–1039.e6.

11. О совершенствовании противотуберкулёзных мероприятий в Российской Федерации: Приказ Министерства здравоохранения Российской Федерации от 21.03.2003 № 109. Доступно на: http:.www.consultant.ru/document/cons_doc_ LAW_100829/ Ссылка активна на 28 декабря 2024.

12. Vyazovaya A., Gerasimova A., Mudarisova R., et al. Genetic Diversity and Primary Drug Resistance of Mycobacterium tuberculosis Beijing Genotype Strains in Northwestern Russia. Microorganisms. 2023. Vol.11, №(2). P.255.

13. Vinogradova T., Yarusova I., Vyazovaya A., et al. Extremely lethal and hypervirulent Mycobacterium tuberculosis strain cluster emerging in Far East, Russia. Emerging Microbes and Infections. 2021. Vol. 10, №. 1. P. 1691–1701.

14. Couvin D, David A, Zozio T, et al. Macro-geographical specificities of the prevailing tuberculosis epidemic as seen through SITVIT2, an updated version of the Mycobacterium tuberculosis genotyping database. Infect Genet Evol. 2019 Vol.72. P.31–43. doi: 10.1016/j.meegid.2018.12.030.

15. Основные показатели противотуберкулезной деятельности в Сибирском и Дальневосточном федеральном округе (статистические материалы). Новосибирск: 2024. – 158 с.

16. Tiberi S., Utjesanovic N., Galvin J., et al. Drug resistant TB - latest developments in epidemiology, diagnostics and management. Int J Infect Dis. 2022.Vol.124 Suppl.1:S20–S25.

17. Nehru V.J., Jose Vandakunnel M., Brammacharry U., et al. Risk assessment and transmission of fluoroquinolone resistance in drug-resistant pulmonary tuberculosis: a retrospective genomic epidemiology study. Sci Rep. 2024.Vol. 14, 19719.

18. Umpeleva T., Chetverikova E., Belyaev D., et al. Identification of genetic determinants of bedaquiline resistance in Mycobacterium tuberculosis in Ural region, Russia. Microbiol Spectr. 2024.12:e03749–23.

19. Огарков О. Б., Савилов Е. Д., Жданова С. Н. Эпидемиологический надзор за туберкулезом: от молекулярных методов к геномным исследованиям. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2023. T.22, №6. C.155–161.

20. Torres Ortiz A., Coronel J., Vidal J.R., et al. Genomic signatures of pre-resistance in Mycobacterium tuberculosis. Nat Commun.2021. Vol. 12., 7312.

21. Пасечник О. А., Дымова М. А., Стасенко В. Л. и др. Генетическое разнообразие лекарственно-устойчивых штаммов Mycobacterium tuberculosis в Омской области. Туберкулез и болезни легких. 2017. Т. 95, № 7. С. 33–39.

22. Хромова П. А., Синьков В. В., Савилов Е. Д. и др. Распространение эндемичных субклонов Beijing B0/W148 M. tuberculosis на территориях Сибирского и Дальневосточного федеральных округов по результатам полногеномного секвенирования. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2020. Т.19, №3, C.41–45.

23. Mokrousov I. Insights into the origin, emergence, and current spread of a successful Russian clone of Mycobacterium tuberculosis. Clin Microbiol Rev. 2013. Vol. 26, №2. P.342–60.

24. Merker M., Rasigade J.P., Barbier M., et al. Transcontinental spread and evolution of Mycobacterium tuberculosis W148 European/Russian clade toward extensively drug resistant tuberculosis. Nat Commun. 2022. Vol.13, №1. P.5105.

25. Жданова С. Н., Огарков О. Б., Савилов Е. Д. и др. Применение молекулярно-генетических инструментов для оценки трансграничной передачи туберкулеза в Иркутской области. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2022. Т.21, №2. С.59–65.