Дифференциация субтипов 1a и 1b вируса гепатита С на основе анализа последовательностей NS5B и 5′UTR регионов методом ПЦР в реальном времени

Актуальность. Вирус гепатита С обладает высокой генетической вариабельностью и представлен рядом генотипов и субтипов, различающихся по географическому распространению. Своевременное и высокоточное определение вируса гепатита С (ВГС) с последующим генотипированием является обязательным условием для начала анти-ВГС терапии. Молекулярно-биологический метод – полимеразная цепная реакция (ПЦР) в настоящее время признан «золотым стандартом» для проведения генотипирования ВГС. Цель. Изучить нуклеотидные последовательности NS5B и 5’UTR регионов ВГС для дифференциации субтипов 1a, 1b генотипа 1 (ГТ) с последующей апробацией разрабатываемой тест-системы, основанной на ПЦР в режиме реального времени (ПЦР-РВ). Материалы и методы. В исследовании было использовано 270 образцов плазмы крови пациентов инфицированных вирусом гепатита С. Подтверждение результатов ПЦР осуществляли путем сравнения группы исследуемых образцов с данными, полученными с использованием коммерчески доступных на рынке генотипирующих ПЦР-наборов, которые позволяют дифференцировать субтипы 1a и 1b. Специфичность ПЦР-системы оценивалась на 150 образцах вируса гепатита С, 100 из которых относятся к ГТ 3, оставшиеся 50 к ГТ 2. Результаты и обсуждение. Из проверенных 120 образцов плазмы крови большой процент образцов был определен как субтип 1b – 95 %, а 1a – 5 %, что соотносится с данными по определению субтипов 1a и 1b генотипирующими наборами, используемыми в данном исследовании. Также при секвенировании участков NS5B и 5’UTR было выявлено, что три образца содержали рекомбинантную форму ВГС 2k/1b, при этом один из них ранее был идентифицирован как ГТ 2. Проводимый тест на специфичность показал, что разрабатываемая ПЦР-система, использующая области NS5B и 5’UTR, не имела перекрестного взаимодействия со 100 образцами ГТ 3 и 49 образцами ГТ 2. Выводы. Полученные данные подтверждают возможность проведения анализа с использованием NS5B/5’UTR регионов и эффективность методики определения субтипов 1a, 1b ГТ 1 вируса гепатита С в клинической практике. В дополнение, применение предложенной ПЦР-системы позволило идентифицировать рекомбинантный вариант ВГС 2k/1b.

1. Maness D.L, Riley E, Studebaker G. Hepatitis C: Diagnosis and Management // American family physician. 2021. Vol. 104, N6. P. 626–635.

2. Liu C.H., Kao J.H. Acute hepatitis C virus infection: clinical update and remaining challenges // Clinical and molecular hepatology. 2023. Vol. 29, N3. P. 623–642.

3. Liu J., Yuan T., Xue L., et al. Pathogenesis, prevention, and therapeutic advances in hepatitis B, C, and D // Virology Journal. 2025. Vol. 22, N274. P. 1–22.

4. Martinello M, Solomon S.S, Terrault N.A. et al. Hepatitis C // The Lancet. 2023. Vol. 402, №10407. P.1085–1096.

5. Hepatitis number of persons living with chronic hepatitis [Internet]. World Health Organization. Доступно по: https://www.who.int/data/gho/data/indicators/indicator-details/GHO/hepatitis---number-of-persons-living-with-chronic-hepatitis. Ссылка активна на 12 сентября 2025.

6. Государственный доклад «О состоянии санитарно-эпидемиологического благополучия населения в Российской Федерации в 2023 году» [Internet]. Роспотребнадзор. Доступно по: https://www.rospotrebnadzor.ru/upload/iblock/fbc/sd3prfszlc9c2r4xbmsb7o3us38nrvpk/Gosudarstvennyy-doklad-_O-sostoyanii-sanitarno_epidemiologicheskogo-blagopoluchiya-naseleniya-v-Rossiyskoy-Federatsii-v-2023-godu_..pdf. Ссылка активна на 10 сентября 2025.

7. Tan SL. editor. Hepatitis C Viruses: Genomes and Molecular Biology. Norfolk: Horizon Bioscience; 2006.

8. Reed K.E, Rice C.M. Overview of Hepatitis C Virus Genome Structure, Polyprotein Processing, and Protein Properties // Current topics in microbiology and immunology. 2000. Vol. 242. P. 55–84.

9. Fishman S.L, Branch A.D. The quasispecies nature and biological implications of the hepatitis C virus // Infection, genetics and evolution: journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases. 2009. Vol. 9, N6. P. 1158–1167.

10. Candelas F.G, López-Labrador F.X. Clinical relevance of genetic heterogeneity in HCV // Future Virology. 2010. Vol.5, N1. P. 33–49.

11. Лейбман Е.А., Николаева Л.И., Самохвалов Е.И. и др. Особенности течения гепатита C у детей в зависимости от субтипа вируса // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2015. Т.14, №1. С. 49–55.

12. Flaviviridae: Hepacivirus C Classification [Internet]. International Committee on Taxonomy of Viruses. Доступно по: https://ictv.global/sg_wiki/flaviviridae/hepacivirus. Ссылка активна на 10 апреля 2025.

13. Pimenov N, Kostyushev D, Komarova S. et al. Epidemiology and Genotype Distribution of Hepatitis C Virus in Russia // Pathogens. 2022. Vol.11, N12. P. 1–11.

14. Пименов Н.Н., Комарова С.В., Карандашова И.В., и др. Гепатит С и его исходы в России: анализ заболеваемости, распространенности и смертности до начала программы элиминации инфекции // Инфекционные болезни. 2018. Т.16, №3. С. 37–45.

15. Хронический вирусный гепатит С [Internet]. Рубрикатор клинических рекомендаций. Доступно по: https://cr.minzdrav.gov.ru/preview-cr/516_2. Ссылка активна на 10 января 2025.

16. Stelzl E, Appel H, Mehta R, et al. Evaluation of the new cobas® HCV genotyping test based on real-time PCRs of three different HCV genome regions // Clinical Chemistry and Laboratory Medicine. 2017. Vol.55, N4. P. 517–521.

17. Жигалева О.Н., Марданлы С.Г., Гашенко Т.Ю. и др. Диагностика вируса гепатита C: разработка набора реагентов для качественного выявления и количественного определения РНК методом ПЦР // Известия ГГТУ. Медицина, фармация. 2023. №4. С. 6–11.

18. Жигалева О.Н., Марданлы С.Г., Гашенко Т.Ю. и др. Разработка набора реагентов для качественного выявления РНК вируса гепатита С в клиническом материале методом ПЦР в режиме реального времени с гибридизационно-флуоресцентной детекцией // Клиническая лабораторная диагностика. 2023. Т.68, №7. С. 437–442.

19. Николаева Л.И., Сапронов Г.В., Колотвин А.В. и др. Гепатит С при инфицировании рекомбенантной формой вируса 2k/1b: течение и терапия // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2023. Т.19, №3. С. 9–15.

20. Эсауленко Е.В., Ковеленов А.Ю., Новак К.Е. и др. Вирусный гепатит с в эпоху элиминации: выбор терапевтических схем с учетом фармакоэкономики на примере Ленинградской области // Инфекционные болезни. 2023. Т.21, №3. С. 27–37.

21. Susser S, Dietz J, Schlevogt B, et al. Origin, prevalence and response to therapy of hepatitis C virus genotype 2k/1b chimeras // Journal of hepatology. 2017. Vol. 67, N4. P. 680–686.

22. Акимов И.А., Тимофеев Д.И., Мавзютов А.Р. и др. Выявление циркулирующей рекомбинантной формы RF1_2k/1b вируса гепатита С в сыворотке крови пациентов методом ОТ-ПЦР в режиме реального времени // Клиническая лабораторная диагностика. 2021. Т.66, №2. С. 122–128.

23. Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О. и др. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т.8, №1. С. 42–52.

24. Жигалева О.Н., Ильин И.И., Марданлы С.Г. и др. Разработка набора реагентов для выделения нуклеиновых кислот из клинического материала на основе магнитной адсорбции // Клиническая лабораторная диагностика. 2023. Т.68, №10. С. 654–661.

25. LANL resources [Internet]. Los Alamos National Laboratory. Доступно по: https://www.lanl.gov/lanl-resources. Ссылка активна на 10 мая 2025.

26. Жигалева О.Н., Ермолаев И.И., Марданлы С.Г. и др. Разработка набора реагентов для качественного обнаружения РНК вируса ВИЧ-1 методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени // Клиническая лабораторная диагностика. 2023. Т.68, №5. С. 298–304.

27. In Vitro Diagnostics EUAs Molecular Diagnostic Tests for SARS-CoV-2 [Internet]. U.S. Food and Drug Administration. Доступно по: https://www.fda.gov/medical-devices/covid-19-emergency-use-authorizations-medical-devices/in-vitro-diagnostics-euas-molecular-diagnostic-tests-sars-cov-2?utm_source=chatgpt.com.Ссылка активна на 10 октября 2025.

28. Methods for the detection and characterisation of SARS-CoV-2 variants – first update [Internet]. European Centre for Disease Prevention and Control – Ecdc. Доступно по: https://www.ecdc.europa.eu/sites/default/files/documents/Methods-for-the-detection-and-characterisation-of-SARS-CoV-2-variants-first-update.pdf?utm_source=chatgpt.com. Ссылка активна на 10 октября 2025.