Встречаемость и генетическое разнообразие вируса Кемерово в иксодовых клещах Западной Сибири

Вирус Кемерово (ВК), представитель семейства Reoviridae, род Orbivirus, переносится иксодовыми клещами и может вызывать поражения центральной нервной системы человека. Встречаемость и генетическое разнообразие ВК в Западной Сибири остаются слабо изученными, поэтому целью данной работы являлось изучение распространенности и генетической вариабельности ВК в иксодовых клещах в Западной Сибири. На присутствие РНК вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и ВК было проанализировано 1958 клещей Ixodes persulcatus, I. pavlovskyi и их гибридов из Новосибирской и Омской областей и Республики Алтай (Россия) и Восточно-Казахстанской области (Казахстан). Было показано, что ареал ВК в Западной Сибири шире, чем полагали ранее, и включает в себя Северный и Северовосточный Алтай, в дополнение к Омской и Новосибирской областям. Впервые ВК был найден на территории Казахстана. Встречаемость ВК была статистически ниже, чем ВКЭ на большинстве исследуемых территорий Западной Сибири. ВК был найден как в клещах I. persulcatus и I. pavlovskyi, так и их гибридах. Варианты вируса, выявленные в 2010-е годы, генетически отличались от таковых, выделенных в 60-е годы прошлого столетия. Анализ последовательностей фрагментов сегментов 1 и 2 генома выявленных изолятов ВК указывает на возможную реассортацию вируса.

вирус Кемерово, вирус клещевого энцефалита, Ixodes persulcatus, Ixodes pavlovskyi, гибриды, Западная Сибирь, Казахстан, Kemerovo virus, tick-borne encephalitis virus, Ixodes persulcatus, Ixodes pavlovskyi, hybrids, Western Siberia, Kazakhstan

1. Hubаlek Z., Rudolf I. Tick-borne viruses in Europe. Parasitol. Res. 2012; 111(1): 9-36. https://doi.org/10.1007/s00436-012-2910-1.

2. Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-borne encephalitis. Antiviral Res. 2003; 57 (1 - 2): 129 - 146. https://doi.org/10.1016/S0166-3542(02)00206-1.

3. Chumakov M.P. Report on isolation from Ixodes persulcatus ticks and from patients in Western Siberia of a virus differing from agent of tick-borne encephalitis. Acta Virol. 1963; 7 (1): 82 - 83.

4. Libikova H., Mayer V., Kozuch O., Rehacek J., Ernek E., Albrecht P. Isolation from Ixodes persulcatus ticks of cytopathic agents (Kemerovo virus) differing from tick-borne encephalitis virus and some of their properties. Acta Virol. 1964; 8: 289 - 301.

5. Dedkov V.G. Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., et al. Prevalence of Kemerovo virus in ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick Borne Dis. 2014; 5(6): 651-655. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2014.04.01.

6. Tkachev S., Panov V., Dobler G., Tikunova N. First detection of Kemerovo virus in Ixodes pavlovskyi and Ixodes persulcatus ticks collected in Novosibirsk region, Russia. Ticks Tick-Borne Dis. 2014; 5(5): 494 - 496. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2014.03.003.

7. Ткачев С.Е., Ливанова Н.Н. Разработка системы молекулярного видотипирования клещей Ixodes persulcatus и Ixodes pavlovskyi. Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2012; 5(1): 325 - 327.

8. Livanova N.N., Tikunov A.Yu., Kurilshikov A.M., Livanov S.G., Fomenko N.V., Taranenko D.E., et al. Genetic diversity of Ixodes pavlovskyi and I. persulcatus (Acari: Ixodidae) from the sympatric zone in the south of Western Siberia and Kazakhstan. Exp. Appl. Acarol. 2015; 67: 441-456. https://doi.org/10.1007/s10493-015-9947-7.

9. Tkachev S.E., Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Kozlova I.V., Verkhozina M.M., Doroshchenko E.K., et al. Genetic studies of tick-borne encephalitis virus strains from Western and Eastern Siberia. In: Flavivirus encephalitis (Ed. R ek, D.). Croatia: InTech; 2011: 235 - 254.

10. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics. 2012; 28: 1166-1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091.

11. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular evolutionary genetics zanalysis version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30: 27252729. https://doi.org/10.1093/molbev/mst197.