Эволюция и изменчивость вируса гепатита С и особенности современной лабораторной диагностики маркеров гепатита С

Вирус гепатита С (ВГС), идентифицированный в 1989 -1990 годах, был включен в новый род Hepacivirus семейства Flaviviridae. Из-за генетической гетерогенности классификацию изолятов ВГС было решено проводить по последовательности нуклеотидов в определенной зоне генома на генотипы и субтипы. Было установлено, что вирус поражает только человека и шимпанзе. Современные молекулярно-эпидемиологические данные, полученные после 2000 года, свидетельствуют о моноцентричном происхождении ВГС из Африки, вероятнее всего - из центральной части. Очевидно, в Африке сформировались условия для проникновения вируса от неизвестного млекопитающего, не относящегося к приматам, к человеку. К настоящему моменту обнаружены родственные вирусы у домашних и диких животных: собак, лошадей, летучих мышей и грызунов. Наиболее распространенная гипотеза происхождения ВГС - от неустановленного пока вируса рода Hepacivirus, который не поражает приматов, поэтому его включают в группу неприматных гепацивирусов (NPHV). В прошлом веке в нашей стране возник межгенотипный рекомбинант вируса - RF_2k/1b. Изменчивость ВГС на современном этапе характеризуется появлением серологически слабовыраженных форм вируса. На фоне противовирусной терапии могут накапливаться и распространяться устойчивые к лекарственным препаратам варианты ВГС.

вирус гепатита С, происхождение, изменчивость, резистентные варианты вируса, hepatitis C virus, origin, diversity, viral resistant variants

1. Feinstone S., Kapikian A.Z., Purcell R.H., Alter H.J., Holland, P. Transfusion-associated hepatitis not due to viral hepatitis type A or B. N. Engl. J. Med. 1975; 292: 767 - 70.

2. Prince A. M. Nature of non-A, non-B hepatitis viruses. Lancet. 1982; 1: 1181 - 1187.

3. Choo Q.-L., Kuo G., Weiner A.J., Overby L.R., Bradley D.W., Houghton M. Isolation of a cDNA clone derived from blood-borne non-A, non-B viral hepatitis genome. Sci. 1989; 244: 359 - 362.

4. Choo Q.-L., Weiner A.J., Overby L.R., Kuo G. Houghton M., Bradley D.W. Hepatitis С virus: the major causative agent of non-A, non-B viral hepatitis. British Medic. Bulletin. 1990; 46: 423 - 441.

5. Miller R.H., Purcell R.H. Hepatitis С virus shares amino acid sequence similarity with pestivises and flaviviruses as well as members of two plant virus supergroups. PNAS (USA). 1990; 87: 2057 - 2061.

6. Choo Q.-L., Richman H., Han J.H., Berger K., Lee C., Dong C. et al. Genetic organization and diversity of the hepatitis C virus. PNAS (USA). 1991; 88: 2451 - 2455.

7. Robertson B., Myers G.C., Howard T., Brettin J., Bukh B., Gaschen et al. Classification, nomenclature, and database development for hepatitis С virus (HCV) and related viruses: proposal for standardization. International Committee on virus taxonomy. Arch. Virol. 1998; 143: 2493 - 2503.

8. Garry R.F., Dash S. Proteomic computational analyses suggest that hepatitis C virus E1 and pestivirus E2 envelope glycoproteins are truncated class II fusion proteins. Virology. 2003; 307: 255 - 265.

9. Bukh J., Miller R.H., Purcell R.H. Genetic heterogeneity of hepatitis C virus: quasispecies and genotypes. Semin. Liver Dis. 1995; 15: 41 - 63.

10. Simmonds P., Holmes E.C., Cha T.A., Chan S.W., McOmish F., Irvine B. et al. Classification of hepatitis C virus into six major genotypes and a series of subtypes by phylogenetic analysis of the NS-5 region. J. Gen. Virol. 1993; 74: 2391 - 2399.

11. Simmonds P, Bukh J., Combet C., Delæge G., Enomoto N., Feinstone S. et al. Consensus proposal for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology. 2005; 42: 962 - 973.

12. Simmonds P. Reconstructing the origins of human hepatitis viruses. Phil. Trans. R. Soc. Lond. 2001; 356: 1013 - 1026.

13. Smith D.B., Pathirana S., Davidson F., Lawlor E., Power J., Yap PL. et al. The origin of hepatitis C virus genotypes. J. Gen. Virology. 1997; 78: 321 - 328.

14. Bassett S.E., Brasky K.M., lanford R.E. Analysis of hepatitis C virus-inoculated chimpanzees reveals unexpected clinical profiles. J. Virol. 1998; 72: 2589 - 2599.

15. Pybus O.G., Drummond T., Nakano T., Robertson B.H., Rambaut A. The epidemiology and iatrogenic transmission of hepatitis C virus in Egypt: a Bayesian coalescent approach. Mol. Biol. Evol. 2003; 20: 381 - 387.

16. Sarwar M.T., Kausar H., Ljaz B., Ahmad W., Ansar M., Sumrin A. et al. NS4A protein as a marker of HCV history suggests that different HCV genotypes originally evolved from genotype 1b. Virology J. 2011; 8: 317 - 335.

17. Simmonds P. The origin of hepatitis C virus. Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2013; 369: 1 - 15.

18. Forbi J.C., Purdy M.A., Campo D.S., Vaughan G., Dimitrova Z.E., Ganova-Raeva L.M. et al. Epidemic history of hepatitis C virus infection in two remote communities in Nigeria, West Africa. J. Gen. Virol. 2012; 93: 1410 - 1421.

19. Markov P.V., Penin J., Frost E., Deslandes S., Labb A.C., Pybus O.G. Phylogeography and molecular epidemiology of hepatitis C virus genotype 2 in Africa. J. Gen. Virol. 2009; 90: 2086 - 2096.

20. Pybus O.G., Barnes E., Taggart R., Lemey, P., Markov, P. V., Rasachak B., Syhavong B. et al. Genetic history of hepatitis C virus in East Asia. J. Virol. 2009; 83: 1071 - 1082.

21. Li C., Lu L., Murphy D.G., Negro F., Okamoto H. Origin of hepatitis C virus in Africa as estimated through an evolutionary analysis of the full-length genome of nine subtypes, including the new sequenced 3d and 3e. J. Gen. Virol. 2014; 95: 1677 - 1688.

22. Iles J.C., Raghwani J., Harrison G., Pepin J., Djoko C.F., Tamoufe U. et al. Phylogeography and epidemic history of hepatitis C virus genotype 4 in Africa. Virology. 2014; 464 - 465: 233 - 243.

23. Smith D.B., Bukh J., Kuiken K., Muerhoff A.S., Rice C.M., Stapleton J.T. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology. 2014; 59: 318 - 327.

24. Stapleton J.T., Foung S., Muerhoff A.S., Bukh J., Simmonds P The GB viruses: a review and proposal classification of GBV-A, GBV-C (HGV), and GBV-D in genus Pegivirus within family Flaviviridae. J. Gen. Virol. 2011; 92: 233 - 246.

25. Kapoor A., Simmonds P, Gerold G., Qaisar K., Jain J.A., Henriquez C. Charakterization of a canine homolog of hepatitis C virus. PNAS (USA). 2011; 108: 11608 - 11613.

26. Pfaender S., Brown R.J., Pietschmann T., Steinmann E. Natural reservoirs for homologs of hepatitis C virus. Emerging Microbes and Infection. 2014; 3: e21.

27. Quan P-L., Firth C., Conte J. M. Williams S.H., Zambrana-Torrelio C.M., Anthony S.J. et al. Bats are a major natural reservoir for hepaciviruses and pegiviruses. PNAS (USA). 2013; 110: 8195 - 8199.

28. Chandriani S., Skewes-Cox P., Zhong W., Medina J.L., Giannitti F., Nishiuchi E. et al. Identification of a previously undescribed divergent virus from the Flaviviridae family in an outbreak of equine serum hepatitis. PNAS (USA). 2013; 110: E1407 - E1415.

29. Kapoor A., Simmonds P., Scheel T.K., Hjelle B., Cullen J.M., Burbelo P.D. et al. Identification of rodent homologs of hepatitis C virus and pegiviruses. mBio. 2013; 4 (2): e00216 - 13.

30. Park Y., Lee J.H., Kim B.S., Kim do Y., Han K.H., Kim H.S. New automated hepatitis C virus (HCV) core antigen assay as an alternative to real-time PCR for HCV RNA quantification. Clin. Microbiol. 2010; 48: 2253 - 2256.

31. Лейбман Е.А., Николаева Л.И., Сапронов Г.В., Шестакова Е.И., Самохвалов О.Б., Ковалев А.Г. и др. Значение количественного определения core-антигена в сыворотке крови у детей с гепатитом С. Детские инфекции. 2014; 2: 8 - 12.

32. Budkowska A., Kakkanas A., Nerrienet E. et al. Synonymous mutations in the core gene are linked to unusual serological profile in hepatitis C virus infection. PLoS One. 2011; 6: e15871.

33. Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg. J. Virol. 2002; 76:4034 - 4043.

34. Лейбман Е.А., Николаева Л.И., Самохвалов Е.И., Кюрегян К.К., Исаева О.В., Сапронов Г.В. и др. Особенности течения гепатита С у детей в зависимости от субтипа вируса. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2015; 1: 19 - 25.

35. Thomas D.L. Global control of hepatitis C: where challenge meets opportunity. 2013; 19: 850 - 858.

36. Alesting E., Arnhold B., Eilard A., Lagging M., Nilsson S., Norkrans G. et al. Core mutation, IL-28B polymorphisms and response to peginterferon/ribavirin treatment in Swedish patients, infected with hepatitis C virus genotype 1 infection. BMC Infec. Dis. 2011; 11: 124 - 130.

37. Kwo P.Y., Vinayek R. The therapeutic approaches for hepatitis C virus: protease inhibitors and polymerase inhibitors. Gut Liver. 2011; 5: 406 - 417.

38. Enomoto N., Sakuma I., Asahira Y., Kurosaki M., Murakami T., Yamamoto C. et al. Comparison of full-length sequences of interferon-sensitive and resistant hepatitis C virus 1b. Sensitive to interferon is conferred by amino acid substitution in the NS5A region. J. Clin. Invest. 1995; 96: 224 - 230.