Характеристика Neisseria meningitidis серогруппы W, циркулирующих на территории Москвы, c помощью массового параллельного секвенирования

Получены и проанализированы данные мета- и полногеномного секвенирования четырех образцов ДНК, выделенных из трех образцов спинномозговой жидкости и одного штамма Neisseria meningitidis серогруппы W, полученных от больных генерализованными формами менингококковой инфекции (ГФМИ) и охарактеризованных ранее. Все микроорганизмы обладали следующими антигенными и генетическими характеристиками - W: P1.5,2: F1-1: ST-11 (cc11). Применение современных подходов массового параллельного секвенирования и последующего полногеномного анализа позволило определить дополнительные антигенные и генетические характеристики изученных возбудителей и выявить присутствие как минимум двух клонов внутри клонального комплекса ST-11/ET-37, вызвавших ГФМИ на территории Москвы в 2016 году. Использование в практике молекулярно-биологического мониторинга возбудителей ГФМИ массового параллельного секвенирования резко увеличивает объем получаемых данных и дискриминирующую способность генотипирования.

Neisseria meningitidis, серогруппа W, менингококковая инфекция, генерализованные формы менингококковой инфекции, мультилокусное секвенирование-типирование, клональный комплекс, массовое параллельное секвенирование, расширенное МЛСТ, Neisseria meningitidis, serogroup W, meningococcal infection, multilocus sequence typing, clonal complex, next-generation sequencing, core genome, extended MLST

1. Jolley K.A, Brehony C., Maiden M.C.J. Molecular typing of meningococci: recommendations for target choice and nomenclature. FEMS microbiology reviews. 2007; 31 (1): 89 - 96.

2. Миронов К.О. Клональные комплексы Neisseria meningitidis, циркулирующие на территории России, и их роль в эпидемическом процессе менингококковой инфекции. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016; (6): 52 - 61.

3. Матосова С.В., Миронов К.О., Платонов А.Е., Шипулина О.Ю., Нагибина М.В., Венгеров Ю.Я. и др. Молекулярно-биологический мониторинг Neisseria meningitidis на территории Москвы в период с 2011 по 2015 г. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016; (2): 4 - 9.

4. Матосова С.В., Миронов К.О., Смирнова В.С., Шипулина О.Ю., Нагибина М.В., Чернышов Д.В. и др. Характеристика серогруппового распределения Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». Москва; 2017. 240 - 241.

5. Миронов К.О., Платонов А.Е., Дрибноходова О.П., Кусева В.И., Шипулин Г.А. Методика для определения серогрупп A, B, C и W Neisseria meningitidis методом ПЦР в режиме реального времени. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014; (6): 35 - 42.

6. Костюкова Н.Н., Бехало В.А., Чернышева Т.Ф. Менингококковая инфекция в России: прошлое и ближайшие перспективы. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2014; (2): 73 - 79.

7. Иванова М.В., Скрипченко Н.В., Вильниц А.А., Горелик Е.Ю., Матюнина Н.В., Середняков К.В. Особенности течения генерализованной менингококковой инфекции, вызванной менингококком серогруппы W135. Детские инфекции. 2016; 15 (4): 57 - 60.

8. Миронов К.О., Животова В.А., Матосова С.В., Шипулина О.Ю., Маркелов М.Л., Гоптарь И.А. и др. Генотипирование Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». Москва; 2017. 223 - 225.

9. Bratcher H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M. C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes. BMC genomics. 2014; 15: 1138.

10. Mustapha M.M., Marsh J.W., Harrison L.H. Global epidemiology of capsular group W meningococcal disease (1970 - 2015): Multifocal emergence and persistence of hypervirulent sequence type (ST)-11 clonal complex. Vaccine. 2016; 34 (13): 1515 - 1523.

11. Okonechnikov K., Conesa A., Garca-Alcalde F. Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data. Bioinformatics. 2015; btv566.

12. Garc a-Alcalde F., Okonechnikov K., Carbonell J., Cruz L. M., G tz S., Tarazona S. et al. Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data. Bioinformatics. 2012; 28 (20): 2678 - 2679.

13. Fiebelkorn K.R., Crawford S.A., Jorgensen J.H. Mutations in folP Associated with Elevated Sulfonamide MICs for Neisseria meningitidis Clinical Isolates from Five Continents. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005; 49 (2): 536 - 540.

14. Jolley K.A., Maiden M.C.J. BIGSdb: Scalable analysis of bacterial genome variation at the population level. BMC bioinformatics. 2010; 11: 595.

15. Inouye M., Dashnow H., Raven L.-A., Schultz M.B., Pope B.J., Tomita T. et al. SRST2: Rapid genomic surveillance for public health and hospital microbiology labs. Genome Medicine. 2014; 6 (11): 90.

16. Maiden M.C., Bygraves J.A., Feil E., Morelli G., Russell J. E., Urwin R. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1998; 95 (6): 3140 - 3145.

17. Черкасский Б. Л. Глобальная эпидемиология. Москва: Практическая медицина; 2008. 447.