Preview

Эпидемиология и Вакцинопрофилактика

Расширенный поиск

Характеристика Neisseria meningitidis серогруппы W, циркулирующих на территории Москвы, c помощью массового параллельного секвенирования

https://doi.org/10.31631/2073-3046-2017-16-4-33-38

Полный текст:

Аннотация

Получены и проанализированы данные мета- и полногеномного секвенирования четырех образцов ДНК, выделенных из трех образцов спинномозговой жидкости и одного штамма Neisseria meningitidis серогруппы W, полученных от больных генерализованными формами менингококковой инфекции (ГФМИ) и охарактеризованных ранее. Все микроорганизмы обладали следующими антигенными и генетическими характеристиками - W: P1.5,2: F1-1: ST-11 (cc11). Применение современных подходов массового параллельного секвенирования и последующего полногеномного анализа позволило определить дополнительные антигенные и генетические характеристики изученных возбудителей и выявить присутствие как минимум двух клонов внутри клонального комплекса ST-11/ET-37, вызвавших ГФМИ на территории Москвы в 2016 году. Использование в практике молекулярно-биологического мониторинга возбудителей ГФМИ массового параллельного секвенирования резко увеличивает объем получаемых данных и дискриминирующую способность генотипирования.

Об авторах

К. О. Миронов
ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия


В. А. Животова
ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия


С. В. Матосова
ФБУН «Центральный НИИ эпидемиологии» Роспотребнадзора
Россия


Список литературы

1. Jolley K.A, Brehony C., Maiden M.C.J. Molecular typing of meningococci: recommendations for target choice and nomenclature. FEMS microbiology reviews. 2007; 31 (1): 89 - 96.

2. Миронов К.О. Клональные комплексы Neisseria meningitidis, циркулирующие на территории России, и их роль в эпидемическом процессе менингококковой инфекции. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016; (6): 52 - 61.

3. Матосова С.В., Миронов К.О., Платонов А.Е., Шипулина О.Ю., Нагибина М.В., Венгеров Ю.Я. и др. Молекулярно-биологический мониторинг Neisseria meningitidis на территории Москвы в период с 2011 по 2015 г. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2016; (2): 4 - 9.

4. Матосова С.В., Миронов К.О., Смирнова В.С., Шипулина О.Ю., Нагибина М.В., Чернышов Д.В. и др. Характеристика серогруппового распределения Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». Москва; 2017. 240 - 241.

5. Миронов К.О., Платонов А.Е., Дрибноходова О.П., Кусева В.И., Шипулин Г.А. Методика для определения серогрупп A, B, C и W Neisseria meningitidis методом ПЦР в режиме реального времени. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2014; (6): 35 - 42.

6. Костюкова Н.Н., Бехало В.А., Чернышева Т.Ф. Менингококковая инфекция в России: прошлое и ближайшие перспективы. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2014; (2): 73 - 79.

7. Иванова М.В., Скрипченко Н.В., Вильниц А.А., Горелик Е.Ю., Матюнина Н.В., Середняков К.В. Особенности течения генерализованной менингококковой инфекции, вызванной менингококком серогруппы W135. Детские инфекции. 2016; 15 (4): 57 - 60.

8. Миронов К.О., Животова В.А., Матосова С.В., Шипулина О.Ю., Маркелов М.Л., Гоптарь И.А. и др. Генотипирование Neisseria meningitidis, вызвавших генерализованные формы менингококковой инфекции на территории Москвы в 2016 году. Материалы IX Всероссийской научно-практической конференции с международным участием «Молекулярная диагностика 2017». Москва; 2017. 223 - 225.

9. Bratcher H.B., Corton C., Jolley K.A., Parkhill J., Maiden M. C.J. A gene-by-gene population genomics platform: de novo assembly, annotation and genealogical analysis of 108 representative Neisseria meningitidis genomes. BMC genomics. 2014; 15: 1138.

10. Mustapha M.M., Marsh J.W., Harrison L.H. Global epidemiology of capsular group W meningococcal disease (1970 - 2015): Multifocal emergence and persistence of hypervirulent sequence type (ST)-11 clonal complex. Vaccine. 2016; 34 (13): 1515 - 1523.

11. Okonechnikov K., Conesa A., Garca-Alcalde F. Qualimap 2: advanced multi-sample quality control for high-throughput sequencing data. Bioinformatics. 2015; btv566.

12. Garc a-Alcalde F., Okonechnikov K., Carbonell J., Cruz L. M., G tz S., Tarazona S. et al. Qualimap: evaluating next-generation sequencing alignment data. Bioinformatics. 2012; 28 (20): 2678 - 2679.

13. Fiebelkorn K.R., Crawford S.A., Jorgensen J.H. Mutations in folP Associated with Elevated Sulfonamide MICs for Neisseria meningitidis Clinical Isolates from Five Continents. Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 2005; 49 (2): 536 - 540.

14. Jolley K.A., Maiden M.C.J. BIGSdb: Scalable analysis of bacterial genome variation at the population level. BMC bioinformatics. 2010; 11: 595.

15. Inouye M., Dashnow H., Raven L.-A., Schultz M.B., Pope B.J., Tomita T. et al. SRST2: Rapid genomic surveillance for public health and hospital microbiology labs. Genome Medicine. 2014; 6 (11): 90.

16. Maiden M.C., Bygraves J.A., Feil E., Morelli G., Russell J. E., Urwin R. et al. Multilocus sequence typing: a portable approach to the identification of clones within populations of pathogenic microorganisms. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 1998; 95 (6): 3140 - 3145.

17. Черкасский Б. Л. Глобальная эпидемиология. Москва: Практическая медицина; 2008. 447.


Для цитирования:


Миронов К.О., Животова В.А., Матосова С.В. Характеристика Neisseria meningitidis серогруппы W, циркулирующих на территории Москвы, c помощью массового параллельного секвенирования. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2017;16(4):33-38. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2017-16-4-33-38

For citation:


Mironov K.O., Zhivotova V.A., Matosova S.V. Whole genome characterization of Neisseria meningitidis serogroup W isolates, circulating in Moscow. Epidemiology and Vaccinal Prevention. 2017;16(4):33-38. (In Russ.) https://doi.org/10.31631/2073-3046-2017-16-4-33-38

Просмотров: 77


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2073-3046 (Print)
ISSN 2619-0494 (Online)